Στις ακτές της Χαβάης, η Τζέιν Τέναντ, η πρώτη γυναίκα επικεφαλής της τοπικής Εγκληματολογικής Υπηρεσίας του Πολεμικού Ναυτικού, και η ομάδα της καλούνται να εξιχνιάσουν τη συντριβή ενός πειραματικού στρατιωτικού αεροσκάφους.

Η Τέναντ και η επίλεκτη ομάδα της καλούνται να εντοπίσουν μια διεθνή συμμορία ληστών που προτίθεται να χρησιμοποιήσει εκρηκτικά του Β’ Παγκοσμίου σε τεθωρακισμένα οχήματα, προκειμένου να φέρει σε πέρας ένα τελευταίο μεγάλο κόλπο.

Όταν ανακαλύπτεται το πτώμα ενός κελευστή που βοηθούσε παραστρατημένα παιδιά να κάνουν μια νέα αρχή στο σώμα των πεζοναυτών, ο Κάι αποκρύπτει την αληθινή ταυτότητά του και διεισδύει στην αρχαιότερη συμμορία σέρφερ της Χαβάης.

Όταν ένας αγαπητός Χαβανέζος καουμπόης πυροβολείται στο άλογό του, η ομάδα καλείται να κερδίσει την εμπιστοσύνη της κοινότητας των καουμπόηδων, προκειμένου να εντοπίσει τους δράστες και να προστατεύσει τη ζωή των ανθρώπων.

Όταν ένας Ιάπωνας ναυτικός σκοτώνεται σε αμερικανικό έδαφος και τα στοιχεία συνδέουν την υπόθεση με τον προγενέστερο φόνο της συντρόφου του στην Ιαπωνία, η ομάδα πρέπει να βρει τον ένοχο... πριν δημιουργηθεί διπλωματικό επεισόδιο.

Όταν μια σταρ των μέσων κοινωνικής δικτύωσης πέφτει θύμα απαγωγής, η Τέναντ και η ομάδα της ανακαλύπτουν πως η επιτυχημένη γυναίκα δεν είναι τελικά αυτή που έδειχνε. Στο μεταξύ, η Γουίστλερ φαίνεται να έχει τη δική της ατζέντα.

Όταν ένας κελευστής του Πολεμικού Ναυτικού βρίσκεται δολοφονημένος, η Τζέιν και η έμπειρη ομάδα της αναλαμβάνουν να εξιχνιάσουν την υπόθεση, προστατεύοντας παράλληλα τον συνάδελφο του θύματος.

Η ομάδα προσπαθεί να εξιχνιάσει τη δολοφονία ενός αντικαπιταλιστή διαδηλωτή και βρίσκεται μπλεγμένη σε έναν 'πόλεμο' μεταξύ οικολόγων ακτιβιστών και ενός μεγιστάνα της τεχνολογίας. Αργότερα, η Τζέιν βγαίνει ραντεβού με τον Τζο.

Κατά την 80ή επέτειο των βομβαρδισμών στο Περλ Χάρμπορ, η Τζέιν κι η ομάδα της ερευνούν μια παλιά υπόθεση που αφορά σε ανθρώπινα οστά από την περίοδο του Β' Παγκοσμίου Πολέμου. Η ανακάλυψη που θα κάνουν θα συγκλονίσει τους πάντες.

H ομάδα καλείται να ερευνήσει ένα κοντέινερ με λαθραία όπλα... μια αποστολή που έχει ήδη αναλάβει και η ομάδα της Γουίστλερ. Παράλληλα, η Τέναντ καλείται να πάρει μια δύσκολη επαγγελματική απόφαση που θα επηρεάσει τη ζωή του Άλεξ.

Οι αποδείξεις για την ενοχή ενός βαρόνου ναρκωτικών εξαφανίζονται, και η Λούσι διεισδύει σε ένα τουρνουά πόκερ για να ανακαλύψει ποιος παίκτης κρύβεται πίσω από το έγκλημα. Αργότερα, η πρώην φίλη της Γουίστλερ φτάνει στην πόλη.

When NCIS investigates the mysterious death of a Navy engineer, Joseph Chan, they learn the last person he met with was his colleague, Maggie Shaw, Jane’s mentor and friend, who’s been kidnapped. Also, David Sola, a New Zealand intelligence service case officer arrives in Hawai’i, following a lead that connects Joseph’s death to a Chinese black op secret agent.

While Jane investigates Maggie’s kidnapping, she’s shocked when she learns the truth and enlists her team and Whistler to prove her findings.

While Jane is questioned following Maggie Shaw’s arrest, the rest of the team investigates a mysterious case of Marines with damaged ear canals from a weapon that emits ultrasonic waves. Also, Ernie visits his friend, Dr. Tony Lee (Alec Mapa), to identify possible suspects who had access to his classified weapon.

As Jesse enjoys a day sailing with his daughter, pirates suddenly seize their yacht, take all the passengers hostage and attack Jesse, leaving it up to his team to quickly locate and rescue his daughter.

Kai goes undercover as a chef in a local restaurant to gather intel on a notorious criminal kingpin who has a connection to the eatery. Also, Jane discovers that a school on the mainland has recruited Alex on a baseball scholarship, which he's kept secret from his family.

When a ransomware attempt causes a dam to malfunction, Ernie and a team of hackers are tasked to find the culprit quickly, before all power and water is cut off on the island. Also, Lucy and Whistler work together, giving Whistler a chance to apologize to Lucy and mend their relationship.

NCIS Agents Nick Torres and Jessica Knight travel to Hawai'i when they learn a key witness in one of their old cases has turned up there with crucial evidence.

The crossover starts on NCIS S19E17 Starting Over (I).

The NCIS team investigates a shipwreck carrying exotic animals that now threaten the native wildlife on Oahu. Also, Alex sustains a career-ending injury and Kai asks Melanie, a fish and wildlife agent, out on a date.

When a navy seaman is involved in a murder, the NCIS team is called to work the case on their day off. Also, Lucy finds out Whistler turned down a promotion in D.C. to stay in Hawai'i.

Captain Milius returns to Hawai'i for a secret prisoner exchange operation and brings in Jane to be his personal security escort in the Philippines, where the exchange will take place.

Captain Milius continues to work with Tennant and her team in the aftermath of the prisoner exchange between U.S. and eastern Europe. Also, Whistler takes Ernie's advice and makes a grand gesture in the hope of winning back Lucy.