Ett experimentellt marinflygplan kraschar på ön Oahu och Tennant och hennes team måste hitta vem som ligger bakom det innan hemliga statshemligheter avslöjas.

Tennant och NCIS måste slå ner ett ökänt team av internationella tjuvar som använder sprängämnen från andra världskriget på pansarlastbilar innan de slutför sitt sista stora jobb och försvinner. Kai söker också efter en ny plats att bo; Lucy och Whistler har en konflikt om deras tidigare möte; och Ernies uppdrag på fältet är mer alarmerande än han förväntade sig.

Kai går undercover med ett av Hawaiis äldsta surfgäng när en underofficer som försöker hjälpa egensinniga barn att hitta en ny väg inom marinen mördas.

När en älskad Paniolo (hawaiansk cowboy) blir skjuten när han är ute och rider på sin häst, måste Jane och hennes team vinna Paniolo-gemenskapens förtroende för att hjälpa till att hitta de skyldiga och skydda Paniolos liv. Kai försöker också övertyga sin envisa pappa att träffa en läkare.

När en japansk sjöman dödas på amerikansk mark och bevis kopplar fallet till det tidigare mordet på offrets flickvän i Japan, måste NCIS hitta mördaren innan fel person anklagas och fallet utlöser en diplomatisk kris.

När Tennant och NCIS får i uppdrag att hitta en kidnappad världsomspännande stjärna inom sociala medier, upptäcker de att hon inte är den som hennes man, eller hennes följare, tror att hon är. Laget är också på kant med Whistler, som har en egen agenda.

När en marinofficer mördas undersöker Jane och teamet samtidigt som de skyddar offrets vän och kollega.

När en antikapitalistisk demonstrant mördas undersöker Jane och teamet och hamnar i ett krig mellan ekoaktivister och en teknikmiljardär som slåss om en bit mark. Dessutom går Jane och kapten Joe på en dejt.

NCIS-teamet undersöker ett kallt fall som involverar ben från andra världskriget på 80-årsdagen av Pearl Harbor-bombningarna och blir chockade när de får reda på att de tillhör en 100-årig överlevande från attacken.

NCIS crosses paths with Whistler's team while investigating a shipping container filled with contraband weapons; Tennant debates arresting Alex's friend's dad, knowing it will cause her friend to move away.

When evidence to put away a drug kingpin is stolen, Lucy goes undercover at an underground poker tournament to find out which high-roller is behind the crime. Also, Lucy’s feelings are in turmoil when Whistler’s ex-girlfriend arrives in town.

When NCIS investigates the mysterious death of a Navy engineer, Joseph Chan, they learn the last person he met with was his colleague, Maggie Shaw, Jane’s mentor and friend, who’s been kidnapped. Also, David Sola, a New Zealand intelligence service case officer arrives in Hawai’i, following a lead that connects Joseph’s death to a Chinese black op secret agent.

While Jane investigates Maggie’s kidnapping, she’s shocked when she learns the truth and enlists her team and Whistler to prove her findings.

While Jane is questioned following Maggie Shaw’s arrest, the rest of the team investigates a mysterious case of Marines with damaged ear canals from a weapon that emits ultrasonic waves. Also, Ernie visits his friend, Dr. Tony Lee (Alec Mapa), to identify possible suspects who had access to his classified weapon.

As Jesse enjoys a day sailing with his daughter, pirates suddenly seize their yacht, take all the passengers hostage and attack Jesse, leaving it up to his team to quickly locate and rescue his daughter.

Kai goes undercover as a chef in a local restaurant to gather intel on a notorious criminal kingpin who has a connection to the eatery. Also, Jane discovers that a school on the mainland has recruited Alex on a baseball scholarship, which he's kept secret from his family.

When a ransomware attempt causes a dam to malfunction, Ernie and a team of hackers are tasked to find the culprit quickly, before all power and water is cut off on the island. Also, Lucy and Whistler work together, giving Whistler a chance to apologize to Lucy and mend their relationship.

NCIS Agents Nick Torres and Jessica Knight travel to Hawai'i when they learn a key witness in one of their old cases has turned up there with crucial evidence.

The crossover starts on NCIS S19E17 Starting Over (I).

When a navy seaman is involved in a murder, the NCIS team is called to work the case on their day off. Also, Lucy finds out Whistler turned down a promotion in D.C. to stay in Hawai'i.

Captain Milius returns to Hawai'i for a secret prisoner exchange operation and brings in Jane to be his personal security escort in the Philippines, where the exchange will take place.

Captain Milius continues to work with Tennant and her team in the aftermath of the prisoner exchange between U.S. and eastern Europe. Also, Whistler takes Ernie's advice and makes a grand gesture in the hope of winning back Lucy.