Eksperymentalny samolot marynarki wojennej rozbija się na Oahu, a Tennant i jej zespół muszą dowiedzieć się, kto za tym stoi, zanim tajemnice państwowe wyjdą na jaw.

Tennant i NCIS muszą zlikwidować słynny gang międzynarodowych złodziei używających materiałów wybuchowych z czasów II wojny światowej do rabowania opancerzonych ciężarówek.

Kai działa pod przykrywką z jednym z najstarszych hawajskich gangów surfingowych, gdy podoficer, który próbuje pomóc krnąbrnym dzieciom w znalezieniu nowej ścieżki w Marines, zostaje zamordowany.

Gdy marynarz zostaje zastrzelony, zespół prowadzi śledztwo. Tymczasem ojciec Kaia nie spotyka się z lekarzem, Kai musi odłożyć na bok uczucia, aby pomóc ojcu.

Japoński marynarz zostaje zabity, a dowody łączą sprawę z morderstwem dziewczyny ofiary w Japonii. NCIS musi znaleźć mordercę, zanim niewłaściwa osoba zostanie oskarżona, a sprawa wywoła kryzys dyplomatyczny.

Żona oficera marynarki wojennej znika, zespół prowadzi śledztwo. Mężczyzn który ją zabrał zostaje również zabity.

Kiedy podoficer marynarki zostaje zamordowany, Jane i zespół prowadzą śledztwo, jednocześnie chroniąc przyjaciela i kolegę ofiary.

Kiedy antykapitalistyczny protestujący zostaje zamordowany, Jane i jej zespół prowadzą śledztwo. Zostają uwikłani w wojnę między eko-aktywistami a miliarderem walczącym o kawałek ziemi. W międzyczasie Jane i Kapitan Joe idą na randkę.

Zespół NCIS bada sprawę dotyczącą kości z czasów II wojny światowej w 80. rocznicę zamachów na Pearl Harbor i są zszokowana, gdy dowiaduje się, że należą one do 100-letniego ocalałego z ataku.

NCIS krzyżuje ścieżki z zespołem Whistler, badając kontener wypełniony z przemycaną bronią. Ponadto Tennant debatuje nad aresztowaniem taty przyjaciela Alexa, wiedząc że spowoduje to jego wyprowadzkę.

Zostają skradzione dowody potrzebne do zamknięcie bossa narkotykowego. Lucy udaje się pod przykrywką na turnieju tajnego pokera. Tymczasem Lucy nie może poradzić sobie z uczuciami, gdy do miasta przybywa była dziewczyna Whistler.

Zespół NCIS bada tajemniczą śmierć inżyniera marynarki Josepha Chana, dowiadując się że ostatnią osobą z którą się spotkał, była Maggie Shaw – mentorka i przyjaciółka Jane, która została porwana. David Sola nowozelandzki oficer wywiadu, który przybywa na Hawaje by śledzić trop w sprawie, która łączy śmierć Josepha z chińskimi przestępcami.

Podczas gdy Tennant bada sprawę porwania Maggie, dowiaduje się szokującej prawdy o przeszłości jej przyjaciółki. Tennant otrzymuje pomoc od swojego zespołu, aby udowodnić, że to, co odkryła, jest prawdą.

Jane Tennant zostaje przesłuchana w sprawie jej przyjaźni z kretem z CIA, a jej zespół bada ultradźwiękowy atak. Whistler ma nową pracę, dzięki której ponownie nawiązuje kontakt z Lucy.

Gdy Jesse spędza dzień na żeglowaniu ze swoją córką, Gracie, piraci przejmują ich jacht i biorą wszystkich pasażerów jako zakładników.

Kai działa pod przykrywką jako szef kuchni w lokalnej restauracji, aby zebrać informacje na temat znanego kryminalisty, który ma powiązania z knajpką.

Gdy oprogramowania ransomware wpada w awarię, Ernie i zespół hakerów mają za zadanie szybko znaleźć sprawcę, zanim na wyspie zostanie odcięty prąd i woda. Ponadto Lucy pracuje razem z Whistler i daje jej szansę na przeprosiny oraz naprawienie ich związku.

Agenci NCIS, Nick Torres i Jessica Knight, udają się na Hawaje, gdy dowiadują się, że w jednej z ich starych spraw pojawił się kluczowy świadek z ważnymi dowodami.

Kiedy marynarz zostaje zamieszany w morderstwo, zespół NCIS zostaje wezwany do pracy nad sprawą w dniu wolnym od pracy. Lucy dowiaduje się również, że Whistler odrzucił propozycję awansu w Waszyngtonie, by zostać na Hawajach.

Kapitan Milius wraca na Hawaje w związku z tajną operacją wymiany więźniów i sprowadza Jane, która ma być jego osobistą eskortą na Filipinach, gdzie odbędzie się wymiana.

Kapitan Milius kontynuuje współpracę z Tennant i jej zespołem w następstwie wymiany więźniów między Stanami Zjednoczonymi a Europą Wschodnią. Ponadto Whistler korzysta z rady Erniego i wykonuje wielki gest w nadziei na odzyskanie Lucy.