Na ostrově Oahu havaruje experimentální letadlo námořnictva a Tennantová a její tým musí zjistit, kdo za tím stojí, než dojde k odhalení tajných informací.

Tennantová a NCIS musí zneškodnit známý tým mezinárodních zlodějů, kteří používají výbušniny z druhé světové války na obrněných vozech, než dokončí svou poslední velkou zakázku a zmizí. Také Kai hledá nové bydlení; Lucy a Whistler se dohadují o svém předchozím setkání; a Ernieho mise v terénu je znepokojivější, než očekával.

Kai se vydává v utajení do jednoho z nejstarších havajských surfařských gangů, když je zavražděn poddůstojník, který se snaží pomoci svérázným dětem najít novou cestu k námořní pěchotě.

Když je při projížďce na koni zastřelen milovaný paniolo (havajský kovboj), musí Jane a její tým získat důvěru komunity paniolů, aby pomohli najít pachatele a ochránit paniolův život. Také Kai se snaží přesvědčit svého tvrdohlavého otce, aby navštívil lékaře.

Když je na americké půdě zabit japonský námořník a důkazy spojují případ s předchozí vraždou přítelkyně oběti v Japonsku, musí NCIS najít vraha dříve, než bude obviněna nesprávná osoba a případ vyvolá diplomatickou krizi.

Když Tennant a NCIS dostanou za úkol najít unesenou světovou hvězdu sociálních médií, zjistí, že není tím, za koho ji její manžel nebo sledující považují. Tým se také dostane do rozporu s Whistlerovou, která má své vlastní plány.

Když je zavražděn poddůstojník námořnictva, Jane a tým vyšetřují případ a zároveň chrání přítele a kolegu oběti.

Když je zavražděn protestující antikapitalista, Jane a její tým se při vyšetřování ocitnou ve válce mezi ekologickými aktivisty a technologickým miliardářem, který bojuje o pozemek. Jane a kapitán Joe si také dají rande.

Tým NCIS vyšetřuje odložený případ týkající se kostí z druhé světové války v den 80. výročí bombardování Pearl Harboru a je šokován, když zjistí, že patří 100letému muži, který útok přežil.

NCIS zkříží cestu s Whistlerovým týmem při vyšetřování přepravního kontejneru plného pašovaných zbraní; Tennantová zvažuje zatčení otce Alexiny kamarádky, protože ví, že to způsobí, že se její kamarádka odstěhuje.

Když jsou ukradeny důkazy, které mají usvědčit drogového krále, Lucy se v přestrojení účastní tajného pokerového turnaje, aby zjistila, který z hráčů stojí za zločinem. Také Lucyiny city se zmítají, když do města přijede Whistlerova bývalá přítelkyně.

Zatímco Jane vyšetřuje Maggiin únos, je šokována, když se dozvídá pravdu, a zapojí svůj tým a Whistlera, aby dokázala svá zjištění.

While Jane is questioned following Maggie Shaw’s arrest, the rest of the team investigates a mysterious case of Marines with damaged ear canals from a weapon that emits ultrasonic waves. Also, Ernie visits his friend, Dr. Tony Lee (Alec Mapa), to identify possible suspects who had access to his classified weapon.

As Jesse enjoys a day sailing with his daughter, pirates suddenly seize their yacht, take all the passengers hostage and attack Jesse, leaving it up to his team to quickly locate and rescue his daughter.

Kai goes undercover as a chef in a local restaurant to gather intel on a notorious criminal kingpin who has a connection to the eatery. Also, Jane discovers that a school on the mainland has recruited Alex on a baseball scholarship, which he's kept secret from his family.

When a ransomware attempt causes a dam to malfunction, Ernie and a team of hackers are tasked to find the culprit quickly, before all power and water is cut off on the island. Also, Lucy and Whistler work together, giving Whistler a chance to apologize to Lucy and mend their relationship.

NCIS Agents Nick Torres and Jessica Knight travel to Hawai'i when they learn a key witness in one of their old cases has turned up there with crucial evidence.

The crossover starts on NCIS S19E17 Starting Over (I).

The NCIS team investigates a shipwreck carrying exotic animals that now threaten the native wildlife on Oahu. Also, Alex sustains a career-ending injury and Kai asks Melanie, a fish and wildlife agent, out on a date.

When a navy seaman is involved in a murder, the NCIS team is called to work the case on their day off. Also, Lucy finds out Whistler turned down a promotion in D.C. to stay in Hawai'i.

Captain Milius returns to Hawai'i for a secret prisoner exchange operation and brings in Jane to be his personal security escort in the Philippines, where the exchange will take place.

Captain Milius continues to work with Tennant and her team in the aftermath of the prisoner exchange between U.S. and eastern Europe. Also, Whistler takes Ernie's advice and makes a grand gesture in the hope of winning back Lucy.