L’enquête conjointe des trois bureaux du NCIS conduit les agents à Hawaï, où leur ancien instructeur avait prévu de se rendre, pour traquer leur suspect : Simon Williams. Kidnappés à Washington et transportés à Hawaï, Tennant, Palmer et Hanna sont aux prises avec un agent de la CIA, Melina Devlin, en quête de réponses sur leur suspect... 2ème volet d'un crossover en trois parties avec NCIS et NCIS : Los Angeles.

Après avoir réussi son évaluation médicale et psychologique, Tennant est surprise par son entretien final avec Sam Hanna, qui la remet en service. L'équipe hawaïenne doit ensuite retrouver un hacker qui a exposé l'intégralité de la base de données de l'U.S. Marshal Service. Jane et Sam partent à sa poursuite à Las Vegas.

L'équipe doit retrouver les détenus évadés d'un avion de transports de prisonniers qui s'est écrasé. Jane Tennant et Sam Hanna sont aussi à la recherche d'un prisonnier russe.

Après un casse en plein jour à la Navy Federal Credit Union, l'équipe du NCIS remonte la piste d'un groupe de voleurs en manque d'adrénaline. Pendant ce temps, Jane doute des raisons de la présence de Sam Hanna à Hawaii.

Un pilote de la marine est retrouvé mort dans un hôtel militaire. L'équipe doit mener une opération sous couverture pour mettre au jour un réseau criminel.

NCIS is tasked to protect the daughter of a Russian oligarch carrying a deadly secret. Meanwhile, Sam asks Tennant for a favor.

When the fiancée of a vanished naval officer seeks the help of NCIS, the team reveals his secrets go much deeper than she suspected. Meanwhile, Sam recruits Kai to be his wingman.

When a Marine is murdered during training on the Big Island, the NCIS team tracks the suspect deep into the woods and discovers a disturbing secret.

After a Marine's wife is kidnapped for ransom, the NCIS team uncovers dark secrets as they race to track down her abductor before it's too late. Meanwhile, Sam seeks Ernie's expertise decrypting a computer program that may have deadly ramifications.

When a high-value bioweapons expert is murdered in a secure facility on Hawai'i, NCIS and the NCIS Elite team join forces to track down the killer and discover an even deadlier threat.