'신교토'의 붕괴로부터 3년의 시간이 흘렀다. 도시는 완전히 모습을 바꾸어 KUGE라고 불리는 왕의 종자들이 도시에 만연해 있었다. 그리고, KUGE에게서 도망치는 한 명의 소녀가 있었다. 소녀는 공격당해도 반격하지 않았다. 3년 전까지 신교토에서 가장 강하다고 일컬어졌던 소녀였지만...... 궁지에 몰려 절체절명의 위기에 처한 소녀. 그곳에 또 한 명 후드를 쓴 소녀가 나타난다. 그녀는 말한다. '3년 만이네.... 드디어 찾았다' 소녀를 향해 손을 내미는 그녀는 테루토의 제자 히요리였다.

히요리에게서 힘을 빌려 달라는 말을 들은 킷카. 다시 앞을 향해 나아가는 일을 불가능할 것이라고 생각했던 킷카였지만, 히요리의 마음을 받아들이고 따라가게 된다. 그리고 히요리의 안내를 받아서 도착한 곳이 히요리가 같은 학교 친구들과 생활하고 있는 아지트였다. 히요리의 소개로 새로운 멤버로서 따뜻한 환영을 받는 킷카. 하지만, 이전 왕이었다는 사실을 들키고 싶지 않았기에 이름을 말하는 것을 주저한다. 어떻게든 가명을 말해서 해결했지만, 식사 중에 눈물을 흘리던 킷카를 위로해준 멤버들이 신교토가 붕괴한 원인은 이전 왕이었던 '킷카'에게 있다고 말하는 것을 듣게 되는데.

히요리와 동료들의 아지트에 나타난 KUGE들은 킷카를 뒤쫓아 온 것이었다. 더 이상 자신 때문에 희생자를 만들고 싶지 않았던 킷카는 드디어 덱을 손에 쥐고 싸울 결심을 한다. 하지만 3년 만의 배틀이었기 때문에 싸우는 법을 잊어버린 킷카는 초보적인 실수를 해서 궁지에 몰리는데...... '역시 내가 싸우는 건 무리였을까......'라고 생각하는 킷카였지만 그때, 킷카의 뇌리에 어떤 추억이 되살아난다. 그것은 어렸을 적 테루토에게 빌디바이드를 배울 때 있었던 일이었는데.

아침 해가 떴을 때 킷카가 자리에 없는 것을 본 히요리. 찾으러 나와보니 킷카는 다른 방에서 자고 있었다. 게다가 눈에는 눈물이 맺혀 있었고 발바닥은 흙투성이였다. 신경이 쓰이는 히요리였지만 어째선지 킷카에게 말을 거는 게 어려웠다. 일을 하다가 킷카가 넘어져도 그 손을 잡아주는 게 한 박자 느렸다. 그러던 중 이시노메에게서 킷카와 잘 지내냐는 물음을 받는 히요리. 거짓말을 하면서 '보통'이라고 대답하지만 두 사람 사이를 떠도는 '꽃잎'이 보인다는 지적을 받는데.

도시를 습격한 새로운 적의 정체는 나오미츠와 린푸였다. 게다가 두 사람은 히요리와 킷카에 대해 기억하지 못하고 있었다. 결계에 갇혀 나오미츠, 린푸와 태그 배틀을 하게 된 히요리와 킷카. 하지만 처음 해보는 태그 배틀에 히요리는 고전을 면치 못한다. 어떻게든 킷카와 연계해서 나오미츠와 린푸를 구하고 싶은 히요리. 하지만 킷카에게 협력을 요청하자 킷카는 그저 '전부 나한테 맡겨 줘'라고 말하며 히요리를 밀쳐 내는 듯한 말을 하는데.

나오미츠, 린푸와의 태그 배틀에서 승리한 히요리와 킷카. 둘을 구하려고 이름을 불러보지만 둘의 상태는 변함이 없었다. 하지만 그때 수수께끼의 인물이 나타나 나오미츠와 린푸를 공격한다. 잠깐 그 인물을 경계했던 히요리와 킷카였지만 그 공격 덕분에 두 사람이 원래대로 돌아온다. 수수께끼의 인물이 말하길 나오미츠와 린푸는 세뇌 당해 있었다고 한다. 그리고 아지트로 돌아가 나오미츠에게 그간의 사정을 묻는 히요리. 지금까지 대체 무슨 일이 있었던 것일까? 나오미츠는 그의 출신에 대해서 이야기하기 시작하는데.

의용단의 경호원으로서 나타난 인물은 사이키 미하일이었다. 재회에 놀라는 히요리였지만 그 자리에서 미하일과 대결을 시작하게 된다. 3년 전과는 달리 자포자기한 듯이 보이는 미하일에게 무슨 일이 있었냐고 묻는 히요리. 미하일도 지금까지 겪었던 일에 대해 조용히 말하기 시작했지만 히요리는 그 내용을 납득할 수 없었다. 이전의 미하일이 진정한 강인함을 가지고 있었다고 호소한다. 그리고 '쓰러뜨리고 싶은 사람이 있다'라고 말했던 일은 어떻게 됐냐고 묻자 미하일의 입에서 의외의 인물의 이름이 튀어나왔는데.

갑자기 히요리 일행 앞에 나타난 것은 신체를 바꿔 바이오 토큰 9호의 모습이 된 히구마였다. 그런 히구마의 앞을 막아서는 에클레어. 그 정체는 린푸의 언니이자 미하일이 쓰러뜨리고 싶다고 말했던 카나기 레이라였다. 나오미츠 일행이 저지하는 가운데 과감하게 히구마에게 배틀을 제안하는 레이라. 하지만 린푸는 어째서 레이라가 히구마에게 싸움을 거는지 알지 못했다. 게다가 히구마의 말을 들어보니 레이라는 이전에도 히구마와 싸운 적이 있는 듯했는데? 히구마와의 싸움 중에 레이라는 수호의 진실과 히구마와의 악연에 대해서 이야기하기 시작하는데.

타워에 도착한 히요리 일행을 기다리고 있던 것은 2개의 거대한 KUGE 석상이었다. 킷카와 나오미츠는 히요리를 테루토가 있는 곳으로 먼저 보내고 석상을 쓰러뜨리려 한다. 하지만 나오미츠의 앞에는 '형제'가 킷카의 앞에는 왕이었던 시절의 킷카가 나타나 앞을 가로막는다. 환각이라고 해도 '형제'와 싸우고 싶지 않은 나오미츠는 아무것도 할 수 없었다. 킷카도 왕이었던 시절의 행동을 지적 받아 평소 실력을 발휘하지 못했다. 이대로 속수무책으로 두 사람 다 패배하는 것인가? 하지만 그때, 나오미츠의 앞에 나타난 것은? 킷카의 뇌리에 떠오른 것은?

드디어 테루토와 재회한 히요리. 하지만 테루토는 상태가 이상했고 히요리의 노력을 칭찬했지만 히요리의 힘이 필요하다고 말한다. '이건 킷카 때와 똑같은?!' 그렇게 생각한 히요리는 테루토와의 배틀을 수락한다. 요 3년 간 되찾고 싶었던 날들을 가슴에 품고 히요리는 테루토를 구하려 한다. 하지만 테루토는 필요 없다고 말하는데. 눈앞에 있는 것은 진짜 테루토인가? 그때 히요리는 자신에게 어떤 물음을 던지는데.

테루토를 구하고 사쿠라와 재회한 히요리의 앞에 나타난 히구마. 히구마는 히요리가 '왕'을 쓰러뜨려 준 것을 감사한다. 그리고 히요리 일행의 앞에 자신의 '수확물'을 들이미는 히구마. 그것은 나오미츠와 킷카였다. '또 킷카의 주력을 뺏은 거냐?!'라고 말하며 분노하는 테루토에게 히구마는 주력을 빼앗는 이유를 말하기 시작한다. 어째서 리빌드 배틀을 개최한 것인가. 어째서 인주를 왕으로 세우지 않으면 안 되었던 것인가. 그리고 히구마의 목적은 무엇인가. 신교토의 재구축이 진행되는 가운데, 최후의 싸움이 시작된다!

히구마의 목적은 고차원의 존재 '윌'이 되는 것이었다. 그를 위해서는 신교토 시민을 빌디바이드로 경쟁하게 만들어 주력을 높여서 주력과 빌디바이드 실력이 강한 자를 왕으로 뽑아 '왕'을 최상의 존재로 만들고, '왕'과 히구마 자신이 융합할 필요가 있었다. 그리고 마무리로 테루토와의 싸움을 즐기는 히구마. 그는 테루토의 힘을 끌어내 자신과 싸우고 대결하는 과정을 통해 '윌'이 되려고 했다. 하지만, 과감하게 저항하는 테루토. 절체절명의 위기를 맞이했지만 그때, 누군가 테루토를 부르는 소리가 들려오는데.