「新京都」が崩壊してから３年の時が流れていた。街はすっかり様子を変え、ＫＵＧＥと呼ばれる王の使いが街中を蔓延っていた。そんな中、ＫＵＧＥから逃げて行く少女がひとり。少女は攻撃をされても反撃しない。３年前まで、新京都で一番強いとされていた少女なのだが……。追い詰められ絶対絶命になる少女。そこにもう一人、フードを被った少女が現れる。彼女は言う。「３年ぶりね……やっと見つけた」少女に向けて手を差し伸べる彼女は、照人の弟子のひよりだった。

ひよりから力を貸してほしいと言われる菊花。二度と前を向くことができないと思っていた菊花だったが、ひよりの思いを受けて付いていくことに。そこで案内されてやってきた場所は、ひよりが同級生らとともに暮らしているアジトだった。ひよりから新メンバーだと紹介され、あたたかく迎え入れられる菊花。しかし、前の王だと気づかれたくないため名乗ることをためらってしまう。なんとか偽名で乗り切ったものの、食事中に涙した菊花を慰めてくれたメンバーに、新京都が崩壊した原因は前の王の”菊花”にあると言われてしまって……。

ひよりらのアジトに現れたＫＵＧＥ衆は菊花を追いかけてきてのものだった。これ以上自分のせいで犠牲者を出したくない菊花は、ついにデッキを手に取り戦う決心をする。しかし３年ぶりのバトルのため、戦い方を忘れてしまっている菊花は、初歩的なミスをしてしまいピンチに……。「やっぱり私が戦うなんて無謀だったのかな……」そう思う菊花だったが、その時、菊花の脳裏にある思い出が蘇る。それは子どもの頃、照人にビルディバイドを教えてもらっていた時のことだった――。

朝目が覚めると、菊花の姿がないことに気づくひより。探しに行ってみると、菊花は別の部屋でひとり寝ていた。しかも目には涙が見え、足元には土汚れがある。気になるひよりだったが、なぜか菊花にうまく話しかけられない。仕事中、菊花が躓いてしまっても、その手をとるのに一拍遅れてしまう。そんな時、石乃目から菊花とはどうかと尋ねられるひより。虚をつかれつつも「ふつう」だと答えるが、ふたりの間に“花びら”が見えると指摘されて……。

街を襲う新たな敵の正体は、直光と凛風だった。しかもふたりはひよりたちのことを覚えていないという。結界に入れられてしまい、直光らとタッグバトルをすることになるひよりたち。しかし初めてのタッグバトルにひよりは苦戦を強いられてしまう。なんとか菊花と連携し、直光らを救いたいと思うひより。しかし菊花に協力を求めると、菊花はただ「全部私に任せて」と、ひよりを突き放すようなことを言ってきて……。

直光らとのタッグバトルに勝利したひよりたち。ふたりを救おうと呼びかけるも、直光ら の様子は変わらない。しかしそこに謎の人物が現れて、直光らに攻撃をしかけてくる。一瞬は警戒したひよりたちだったが、その攻撃のおかげでふたりの様子が元に戻る。謎の人物曰く、直光らは洗脳されていたという。そこでアジトに戻って直光に事情を尋ねるひより。今までいったい何があったのか？直光は、彼の出自について語りだしたのだった……。

大蔵が助っ人として呼んだのは斉木ミハイルだった。再会に驚くひよりだったが、その場を引き受けミハイルとの対戦を始める。３年前とは違ってやさぐれたように見えるミハイルに、何があったのかと尋ねるひより。ミハイルもこれまでについて粛々と語りだすが、ひよりはその内容に納得がいかない。以前のミハイルの方が本当の強さを持っていたと訴える。そして”倒したい人がいる”と言っていた件はどうなったのかと尋ねると、ミハイルの口からは意外な人物の名前が飛び出して……。

タワーに辿り着いたひよりたちを待っていたのは２体の巨大なKUGEの像。菊花と直光は先にひよりを照人の元へと向かわせ、像を倒すと構える。しかし直光の前には”兄弟”が、菊花の前には王だった頃の菊花が立ちはだかる。幻覚とはいえ”兄弟”とは戦いたくない直光は何もすることができない。菊花も王だった頃の行いを責められ、いつもの力を発揮できない。このままなすすべなくふたりとも敗北してしまうのか？そんな時、直光の前に現れたのは……？ 菊花の脳裏に浮かんだのは……？

とうとう照人と再会したひより。しかし照人は様子がおかしく、ひよりを労いはしたものの、ひよりの力が欲しいと言ってくる。「これって菊花の時と同じ……!?」そう思ったひよりは照人とのバトルを受けることに。この３年間、取り戻したかった日々を胸に、ひよりは照人を助けようとする。しかし、照人は助けなど求めてはいないと言ってきて……。目の前にいるのは本当に照人なのか？その時ひよりは、ある問いかけをする――。

照人を救い、桜良と再会したひよりの前に現れる樋熊。樋熊はひよりが”王”を倒したことを感謝してくる。さらに、ひよりらの前に“得たもの”を突き出してくる樋熊。そこには直光と菊花の姿が……。「また菊花の呪力を奪ったのか!?」怒りを露にする照人に、樋熊は呪力を奪う理由を語る。なぜリビルドバトルを開催していたのか。なぜ人柱を王に据えなくてはいけなかったのか。そして樋熊の目的とは何なのか。新京都の再構築が進む中、最後の戦いが始まる――！

樋熊の目的とは、高次元の存在“ウィル”になることだった。そのために新京都市民をビルディバイドで競わせ呪力を高め、より呪力とビルディバイドの強い者を王に据えることで“王”を最上のものにし、“王”と樋熊自身が融合することが必要なのだった。そして最後の仕上げとして照人との戦いを楽しむ樋熊。照人の力を引き出し、自身と戦い、掛け合わせることで“ウィル”になろうとしている。しかし、果敢に抗う照人。絶体絶命のピンチを迎えるが、その時、照人に呼びかけたのは――。