「新京都」が崩壊してから３年の時が流れていた。街はすっかり様子を変え、ＫＵＧＥと呼ばれる王の使いが街中を蔓延っていた。そんな中、ＫＵＧＥから逃げて行く少女がひとり。少女は攻撃をされても反撃しない。３年前まで、新京都で一番強いとされていた少女なのだが……。追い詰められ絶対絶命になる少女。そこにもう一人、フードを被った少女が現れる。彼女は言う。「３年ぶりね……やっと見つけた」少女に向けて手を差し伸べる彼女は、照人の弟子のひよりだった。

ひよりから力を貸してほしいと言われる菊花。二度と前を向くことができないと思っていた菊花だったが、ひよりの思いを受けて付いていくことに。そこで案内されてやってきた場所は、ひよりが同級生らとともに暮らしているアジトだった。ひよりから新メンバーだと紹介され、あたたかく迎え入れられる菊花。しかし、前の王だと気づかれたくないため名乗ることをためらってしまう。なんとか偽名で乗り切ったものの、食事中に涙した菊花を慰めてくれたメンバーに、新京都が崩壊した原因は前の王の”菊花”にあると言われてしまって……。

ひよりらのアジトに現れたＫＵＧＥ衆は菊花を追いかけてきてのものだった。これ以上自分のせいで犠牲者を出したくない菊花は、ついにデッキを手に取り戦う決心をする。しかし３年ぶりのバトルのため、戦い方を忘れてしまっている菊花は、初歩的なミスをしてしまいピンチに……。「やっぱり私が戦うなんて無謀だったのかな……」そう思う菊花だったが、その時、菊花の脳裏にある思い出が蘇る。それは子どもの頃、照人にビルディバイドを教えてもらっていた時のことだった――。

朝目が覚めると、菊花の姿がないことに気づくひより。探しに行ってみると、菊花は別の部屋でひとり寝ていた。しかも目には涙が見え、足元には土汚れがある。気になるひよりだったが、なぜか菊花にうまく話しかけられない。仕事中、菊花が躓いてしまっても、その手をとるのに一拍遅れてしまう。そんな時、石乃目から菊花とはどうかと尋ねられるひより。虚をつかれつつも「ふつう」だと答えるが、ふたりの間に“花びら”が見えると指摘されて……。

街を襲う新たな敵の正体は、直光と凛風だった。しかもふたりはひよりたちのことを覚えていないという。結界に入れられてしまい、直光らとタッグバトルをすることになるひよりたち。しかし初めてのタッグバトルにひよりは苦戦を強いられてしまう。なんとか菊花と連携し、直光らを救いたいと思うひより。しかし菊花に協力を求めると、菊花はただ「全部私に任せて」と、ひよりを突き放すようなことを言ってきて……。

直光らとのタッグバトルに勝利したひよりたち。ふたりを救おうと呼びかけるも、直光ら の様子は変わらない。しかしそこに謎の人物が現れて、直光らに攻撃をしかけてくる。一瞬は警戒したひよりたちだったが、その攻撃のおかげでふたりの様子が元に戻る。謎の人物曰く、直光らは洗脳されていたという。そこでアジトに戻って直光に事情を尋ねるひより。今までいったい何があったのか？直光は、彼の出自について語りだしたのだった……。

大蔵が助っ人として呼んだのは斉木ミハイルだった。再会に驚くひよりだったが、その場を引き受けミハイルとの対戦を始める。３年前とは違ってやさぐれたように見えるミハイルに、何があったのかと尋ねるひより。ミハイルもこれまでについて粛々と語りだすが、ひよりはその内容に納得がいかない。以前のミハイルの方が本当の強さを持っていたと訴える。そして”倒したい人がいる”と言っていた件はどうなったのかと尋ねると、ミハイルの口からは意外な人物の名前が飛び出して……。

突然ひよりらの前に現れたのは、身体を取り替えバイオトークンの９号の姿になった樋熊だった。そんな樋熊の前に立ちはだかるエクレア。その正体は凛風の姉であり、ミハイルが倒したいと言っていた叶木麗雷なのだった。直光らが止める中、果敢に樋熊にバトルを挑む麗雷。しかし凛風はなぜ麗雷が樋熊に戦いを挑むのかわからない。しかも樋熊の口ぶりからすると麗雷は以前も樋熊と戦ったことがあるようで……？ 樋熊との戦いのさなか、麗雷は守護の職の真実と、樋熊との因縁について語り始める。

タワーに辿り着いたひよりたちを待っていたのは２体の巨大なKUGEの像。菊花と直光は先にひよりを照人の元へと向かわせ、像を倒すと構える。しかし直光の前には”兄弟”が、菊花の前には王だった頃の菊花が立ちはだかる。幻覚とはいえ”兄弟”とは戦いたくない直光は何もすることができない。菊花も王だった頃の行いを責められ、いつもの力を発揮できない。このままなすすべなくふたりとも敗北してしまうのか？そんな時、直光の前に現れたのは……？ 菊花の脳裏に浮かんだのは……？

とうとう照人と再会したひより。しかし照人は様子がおかしく、ひよりを労いはしたものの、ひよりの力が欲しいと言ってくる。「これって菊花の時と同じ……!?」そう思ったひよりは照人とのバトルを受けることに。この３年間、取り戻したかった日々を胸に、ひよりは照人を助けようとする。しかし、照人は助けなど求めてはいないと言ってきて……。目の前にいるのは本当に照人なのか？その時ひよりは、ある問いかけをする――。

照人を救い、桜良と再会したひよりの前に現れる樋熊。樋熊はひよりが”王”を倒したことを感謝してくる。さらに、ひよりらの前に“得たもの”を突き出してくる樋熊。そこには直光と菊花の姿が……。「また菊花の呪力を奪ったのか!?」怒りを露にする照人に、樋熊は呪力を奪う理由を語る。なぜリビルドバトルを開催していたのか。なぜ人柱を王に据えなくてはいけなかったのか。そして樋熊の目的とは何なのか。新京都の再構築が進む中、最後の戦いが始まる――！