Drei Jahre nach der Handlung der ersten Staffel flieht Kikka durch die Ruinen von Neo-Kyoto. Der Hofadel steckt jeden, den sie finden, in Fässer, und ist ihr auf der Spur, um den Wiederaufbau der Stadt zu ermöglichen. Als sie in die Enge getrieben wird, kommt ihr überraschend jemand zu Hilfe.

Um Kikka vor dem Hofadel zu schützen, bringt Hiyori sie zu ihrem Versteck. Dort lernt Kikka eine Gruppe von Jugendlichen kennen, die Hiyori als ihre Anführerin ansehen und Kikka ihren Schutz anbieten. Doch bei dieser Gelegenheit verschleiert Hiyori Kikkas wahre Identität, denn ihre Anhänger hassen den ehemaligen König, der ihre Leben ruiniert hat. Im Versteck trifft Kikka auch auf einen alten Bekannten, der einst mit Hiyori aus dem Turm geflohen ist.

Der Battle zwischen Kikka und Dayu beginnt. Trotz Kikkas anfänglichem Selbstvertrauen fällt es ihr schwer, Dayus hartnäckiges Ass ein für alle Mal loszuwerden. Sie denkt zurück an Battles, die sie in ihrer Kindheit gegen Teruto spielte, und Worte, die er ihr damals mit auf den Weg gab.

Kikka freundet sich langsam mit den anderen im Unterschlupf an, doch Hiyori scheint aus irgendeinem Grund nicht ganz zufrieden zu sein. Sie nimmt Kikka mit in Sakuras ehemalige Wohnung, wo die beiden auf ein Geheimnis stoßen. Plötzlich rufen ihre Verbündeten sie zurück, denn der Hofadel greift an. Als sie auf dem Schlachtfeld ankommen, begegnen sie jedoch alten Bekannten …

Hiyori und Kikka treten im Tag-Battle gegen Naomitsu und Rinpu an, die ein eingespieltes Team sind. Nachdem Kikka verkündet, dass sie den Kampf im Alleingang gewinnen wird, leidet die Teamarbeit zwischen ihr und Hiyori, und das gegnerische Team baut immer mehr Druck auf. Hiyori will herausfinden, was hinter Kikkas merkwürdigem Verhalten steckt und stellt sie zur Rede.

Rinpu und Naomitsu sind wieder bei Verstand. Zusammen mit ihnen und Eclair, dem neuesten Mitglied der Gruppe, wagen Kikka und Hiyori einen Angriff auf den Turm. Dabei müssen sie durch umkämpftes Gebiet, wo sie auf Wegelagerer und auch auf eine alte Bekannte treffen. Doch wer ist der Anführer der Räubergruppe?

Hiyori liefert sich einen Battle gegen Mikhail, der sich in den letzten drei Jahren stark verändert hat. Er erzählt ihr von seiner Familie und seinem Schicksal. Später greift Higuma die Truppe an, während diese eine Kaffeepause macht. Eclair stellt sich ihm in den Weg und enthüllt ihre Absichten.

Reira tritt im Battle gegen Higuma an, mit dem sie noch eine Rechnung offen hat. Dieser ist dank seinem neuen Körper mächtiger denn je und Reiras Fähigkeiten werden auf die Probe gestellt. Sie enthüllt, wie es dazu kam, dass sie vor Jahren spurlos verschwand und Rinpu zur Beschützerin ernannt wurde.

Naomitsu und Kikka stehen sich jeweils selbst im Battle gegenüber. Naomitsu muss mit seinen Reuegefühlen als einziger überlebender Bio-Token kämpfen und erkennen, was wirklich hinter seinem Verlangen nach Rache steckt. Die Kikka aus der Zeit, als sie König war, verhöhnt unterdessen die Kikka der Gegenwart und konfrontiert sie mit ihren Sünden. Um diese Battles zu gewinnen, müssen Naomitsu und Kikka nicht nur ihre Gegner, sondern auch ihre Selbstzweifel und Schuldgefühle bezwingen.

Hiyori muss sich ihrem geliebten Meister Teruto im Battle stellen. Dieser verhält sich merkwürdig und Hiyori ist überzeugt, dass er unter der Kontrolle des Hauptservers von Neo-Kyoto steht. Um ihn zu befreien, muss sie ihn in Build Divide besiegen, doch kann die Schülerin ihren Meister übertreffen?

Teruto fordert Higuma zu einem Battle heraus, bei dem alles auf dem Spiel steht. Falls er verliert, wird ganz Neo-Kyoto mitsamt allen Überlebenden vernichtet. Higuma verrät endlich, was sich hinter seinem so lange gehegten Wunsch verbirgt.