ＡＲインフラが完備された街「新京都」は、「王」と呼ばれる存在に統治され、あらゆる優劣がビルディバイドの強さで決まる理不尽な世界であった。ある日、この街をパンを片手にさまよっていた蔵部照人は、チンピラに追われていた少女、晩華桜良をカードの力で助ける。その威力を見て、桜良は照人のビルディバイドの能力がかなりのものと見込み、その場でバトルを申し出る。彼女は王への挑戦権を得るための「リビルドバトル」を勝ち進むことができる実力者を探していた。しかし照人はほとんどの記憶を失っていて……!?

桜良の申し出を半ば受け入れる形でリビルドバトルに参戦することになった照人。2人は行動を共にすることに。照人の服が桜良の通う小目学園の制服だったことから、桜良は照人が小目学園の生徒ではないかと思い学園へと連れて行く。桜良の思った通り照人の籍は学園にあった。なぜか王と戦う意志だけは強烈な照人。そこで2人は昼休みに学園内に他の挑戦者がいないか探すが、2人が見つける前に中等部２年の棟梨ひよりが突然現れて――！

照人と戦ったことでひよりも押しかけ弟子として照人たちと共に行動することに。さらにチップを得るため、照人たちは挑戦者がたくさんいるという場所に出かける。しかし照人たちがたどり着く前にその挑戦者たちは何者かに先に倒されてしまっていた。仕方なくほかの挑戦者を探しに出かける照人たち。しかしその途中で照人は民衆デモの混雑に巻き込まれて桜良たちとはぐれてしまうことに。そんな中、照人を助けてくれる一人の青年が現れる。円城直光と名乗るその青年は、新京都の体制について不満を抱いているようで……!?

直光に勝利し、照人の獲得したチップは８枚になった。さらなる挑戦者を探そうと照人のところへ向かう桜良。するとひよりが照人に特訓を申し込んでいた。最初は断っていた照人だったが、好物を出されて渋々承諾することに。しかし照人たちが向かった先は学園の購買部で……!?　一方、石乃目はとある少女に照人に会わせてほしいと頼まれる。おもしろくなると言われて引き受けた石乃目は、照人のもとに罠を仕掛けるが、果たしてその少女の目的とは・・・・・？

菊花に敗北した照人は覇気を失い、ぼんやり川で釣り糸を垂れていた。単に「負けた」からではなく、自分の妹である菊花が現在の新京都の王だと知ったからだ。一方、再び照人とのバトルを愉しみたいと願う菊花に、彼女の側近である樋熊はこれ以上の外出は認められないと言う。菊花には休んでもらわなければならない事情があるようで……。照人は桜良やひよりの話も聞かず、ひとりになりたいと出かけて行く。そんな照人の前に一人の男が現れるが……？

ある日、照人がテントで休んでいると、戦いで傷ついた直光が倒れ込んできた。いったい何があったのか、直光から事情を聞く桜良たち。直光は「カード教授」と呼ばれる、呪術医療の研究者である桂川大路と戦ってきたのだという。桂川には研究のために非道な人体実験を重ねているという黒い噂があるためだ。そしてその桂川の裏には何者かの支援もあるようで……。それぞれの思惑を胸に、照人たちは桂川に戦いを挑みに行く。

なんと、新京都にバーチャル海水浴場、上鳥羽ビーチリゾートがオープンした！　物語の中でしか知らない“海”が体験できると知って行ってみたいと言うひより。桜良は桂川の研究所でのお礼も兼ねてひよりや照人を誘って遊びに行くことに。リゾートに着くと、憧れの海を前に大はしゃぎのひより。しかもアイドルのイベントも開催されるという。しかしそこで桜良はひとりの女の子に出会う。その女の子は桜良に終始喧嘩腰で絡んできて――!?

上鳥羽ビーチリゾートで偶然再会したパン屋の女性、空木愛は照人の幼い頃の知り合いだった。彼女に誘われ、愛の店を訪れる照人。そこで愛は照人や菊花との思い出を語る。しかし、ふたりが仲の良い兄妹だったという話に動揺し戸惑う照人。そして真偽を確かめるかのように思い出の地へ向かうが、そんな照人の前に石乃目が現れる。「過去を思い出した君と、思い出さない君。どっちがおもしろくなるんだろうね？」。そう言われて過去の世界へと誘われる照人。そこで見せられた過去は照人の思いもよらぬ「真実」で……。

照人が完成させた鍵を手に、王戦へと挑む桜良。願いを叶えるために、みずから菊花のもとへやって来たのだ。桜良の叶えたい願い――それは自分の身体を取り戻すこと。そのために、リビルドバトルに参加できない自分の代わりに鍵を完成してくれる人を見つけ、欺いてでも王の前へと行く覚悟を決めていたのだった。新京都にサイレンが鳴り響き、王戦の開始が告げられる。それぞれエースをコールし、睨みあう桜良と菊花。今、一途で切ない願いを賭けて、桜良の戦いが始まる――！

桜良の戦いが終わり、照人は菊花に今度こそ自分との勝負だと言い放つ。もうリビルドバトルは関係ない、兄と妹としての勝負だと。照人からそう言われ、喜びに震える菊花。照人とビルディバイドで勝負することが何よりも彼女の喜びだからだ。ひよりや直光が見守る中、菊花との勝負を始める照人。しかしその裏で、照人たちのバトルを誰よりも楽しみにしている男がいた。照人たちの戦いを前にひとりほくそ笑む男、樋熊万里生。王の側近である彼には何か裏があるようで……。新京都の真実とは？　照人たちの勝負に隠された樋熊の思惑とは……？

菊花との戦いを続ける照人は、なぜ王である菊花と戦う意思を強く持っていたのか本当の理由を思い出す。「京都」で見た新京都の真実、王とは何なのか。それらを思い返し、照人は菊花に思いを告げる。そして戦いながら菊花との仲直りを求める照人。そんな照人を見て、菊花はやっと、自分がずっと会いたかった照人に会えたと涙ながらに喜ぶ。これこそ彼女が望み続けてきた照人とのバトルだったからだ。互いに全力でぶつかり合う照人と菊花。しかし照人は絶体絶命に追い込まれてしまう。そんなとき、照人がドローしたカードは……！？