AR 인프라가 완벽하게 구축된 도시 '신교토'는 '왕'이라고 불리는 존재에게 통치 받으며 모든 것의 우열이 빌디바이드의 강함으로 결정되는 부조리한 곳이었다. 어느 날, 한 손에 빵을 들고 이 도시를 떠돌던 쿠라베 테루토는 양아치에게 쫓기던 소녀 반카 사쿠라를 카드의 힘을 써서 도와준다. 그것을 본 사쿠라는 테루토의 빌디바이드 능력이 뛰어날 것이라고 짐작하고 그 자리에서 배틀을 신청한다. 사쿠라는 왕에게 도전할 도전권을 얻기 위해서 '리빌드 배틀'을 이겨 나갈 수 있는 실력자를 찾고 있었다. 하지만 테루토는 대부분의 기억을 잃어버린 상태였는데......?!

사쿠라의 의뢰를 반쯤 수락하는 형태로 리빌드 배틀에 참전하게 된 테루토. 두 사람은 같이 움직이게 된다. 테루토가 입고 있는 옷이 사쿠라가 다니고 있는 코모쿠 학원의 교복이라는 것을 단서로 테루토가 코모쿠 학원의 학생이 아닐까 하고 추측하며 코모쿠 학원으로 찾아간다. 사쿠라의 추측대로 테루토는 코모쿠 학원에는 테루토의 전입 기록이 남아있었다. 어째서인지 왕과 싸울 강렬한 의지를 가진 테루토. 점심시간에 두 사람은 학원 내에 다른 리빌드 배틀 도전자가 있는지 찾아보지만 도전자를 찾기 전에 중등부 2학년 무네나시 히요리가 두 사람 앞에 나타나는데!

테루토와 싸운 뒤 막무가내로 테루토의 제자가 된 히요리도 테루토 일행과 행동을 같이하게 되었다. 키 칩을 더 손에 넣기 위해서 테루토 일행은 도전가 많이 있다는 장소로 간다. 하지만 테루토 일행이 도착하기도 전에 그곳에 있던 도전자들은 누군가에게 패배해버렸다. 어쩔 수 없이 다른 도전자를 찾아 나선 테루토 일행. 하지만 테루토는 혼잡한 데모 인파에 휩쓸려 사쿠라, 히요리와 떨어지게 된다. 그러던 중 자신을 도와주는 한 청년을 만난다. 엔조 나오미츠라고 자신을 소개한 그 청년은 신교토의 체제에 대해 불만을 품고 있는 것 같았는데......?!

킷카에게 패배한 테루토는 평소의 패기를 잃어버리고 멍하니 강에서 낚싯대를 드리우고 있었다. 단순하게 '졌다'라는 것 때문이 아니라 자신의 여동생인 킷카가 현재 신교토의 왕이라는 사실을 알게 되었기 때문이었다. 한편, 다시 테루토와 배틀을 하고 싶어 하는 킷카에게 그녀의 측근인 히구마는 더 이상 외출은 허락할 수 없다고 말한다. 킷카에게는 휴식을 취해야만 하는 어떤 사정이 있는 듯했는데...... 테루토는 사쿠라와 히요리의 말도 듣지 않고 혼자 있고 싶다고 말한 뒤 나가 버린다. 그런 테루토의 앞에 한 남자가 나타나는데......?

어느 날 테루토가 텐트에서 휴식을 취하고 있을 때 상처 입은 나오미츠가 찾아와 테루토의 앞에서 쓰러졌다. 대체 무슨 일이 있었던 것인지 나오미츠에게 묻는 사쿠라와 히요리. 나오미츠는 '카드 교수'라고 불리는 주술 의료 연구자인 케이센 다이로와 싸웠다고 말했다. 케이센은 연구를 위해 끔찍한 인체 실험을 거듭했다는 어두운 소문이 나돌고 있었다. 그리고 그 케이센은 뒤에서 누군가의 지원을 받고 있는 듯했는데...... 저마다의 마음을 가슴에 품고 테루토 일행은 케이센과 리빌드 배틀을 하기 위해 찾아가는데.

신교토에 가상 해수욕장 카미토바 비지 리조트가 오픈했다! 이야기 속에만 나오는 '바다'를 체험해 볼 수 있다는 말에 가고 싶다고 말하는 히요리. 사쿠라는 케이센의 연구소에서 신세 졌던 것에 감사를 표하는 겸 히요리와 테루토에게 같이 가자고 권한다. 리조트에 도착해서 동경하던 바다를 보고 크게 들뜬 히요리. 거기에 아이돌 이벤트도 개최된다고 한다. 하지만 그곳에서 사쿠라는 한 여자애를 만난다. 그 여자애는 사쿠라에게 자꾸 시비를 거는데?!

카미토바 비치 리조트에서 우연히 재회한 빵집 주인. 그녀는 테루토가 어렸을 적 알고 지낸 사이였다. 그녀에게 초대받아 가게로 찾아간 테루토. 그곳에서 그녀는 테루토와 킷카에 대한 추억을 이야기한다. 하지만, 두 사람이 사이 좋은 남매였다는 이야기에 동요하고 당황하는 테루토. 그리고 진위를 확인하기 위해 추억의 땅으로 향하지만 그런 테루토의 앞에 이시노메가 나타난다. '과거를 떠올린 너와 떠올리지 못한 너. 어느 쪽이 더 재미있을까?'라고 말하며 과거의 세계로 보내진 테루토. 그곳에서 테루토가 보게 된 것은 테루토가 생각지도 못했던 '진실'이었는데.

기억을 모두 되찾은 테루토는 한시 빨리 킷카에게 가기 위해 리빌드 배틀에 몰두한다. 그리고 열쇠의 완성까지 침 1개가 남았을 때 테루토에게 도전한 것은 초등학생 소년, 사이키 미하일이었다. 미하일도 1개만 더 칩을 손에 넣으면 왕에게 도전할 수 있는 단계였고 그의 실력도 상당했다. 하지만 미하일은 테루토와 함께 있는 히요리를 보고 놀란다. 이전 거리에서 자신에게 상냥하게 대해준 '멋진 누나'가 히요리였다는 것을 알았기 때문이었다. 과연 테루토의 열쇠 완성이 걸린 최후의 싸움의 행방은......?

테루토가 완성한 열쇠를 가지고 왕전에 도전하는 사쿠라. 소원을 이루기 위해 직접 킷카를 찾아온 것이었다. 사쿠라가 이루고 싶은 소원. 그것은 자신의 몸을 되찾는 것. 그걸 위해서 리빌드 배틀에 참가할 수 없는 자신을 대신해서 열쇠를 완성해 줄 사람을 찾고 그를 속여서라도 왕에게 가겠다는 각오를 하고 있었던 것이다. 신교토에 사이렌 소리가 울려 퍼지며 도시에 왕전이 개시되었음을 알린다. 각자의 에이스를 소환하고 서로 노려보는 사쿠라와 킷카. 지금 한결같고 안타까운 소원이 걸린 사쿠라의 싸움이 시작된다!

사쿠라의 싸움이 끝나고 테루토는 킷카에게 이번에야말로 자신과 승부를 내자고 말한다. 더 이상 리빌드 배틀과는 상관없는 오빠와 여동생의 승부다. 테루토의 말을 듣고 기쁨에 떠는 킷카. 테루토와 빌디바이드로 대결하는 것이 그녀에겐 무엇보다도 기쁜 일이었기 때문이다. 히요리와 나오미츠가 지켜보는 가운데 킷카와 대결을 시작하는 테루토. 하지만 그 이면에서 테루토의 배틀을 누구보다도 기대하고 있는 남자가 있었다. 대결 시작을 앞두고 홀로 득의의 미소를 짓는 남자, 히구마 마리오. 왕의 측근인 그에게는 무언가 속셈이 있었는데... 신도쿄의 진실은? 테루토와 킷카의 대결에 감춰진 계획이란......?

킷카와의 대결을 계속하던 테루토는 어째서 자신에게 왕인 킷카와 싸워야 한다는 의지가 강하게 남게 되었는지 그 진짜 이유를 떠올린다. '교토'에서 본 신교토의 진실, 왕이란 무엇인지. 그것들을 떠올리고 테루토는 킷카에게 자신의 마음을 고백한다. 그리고 대결을 계속하면서 킷카와 화해하기를 바라는 테루토. 그런 테루토를 보고 킷카는 드디어 자신이 계속 만나고 싶어 했던 테루토와 만났다며 눈물을 흘리며 기뻐한다. 이것이야말로 그녀가 계속 바라왔던 테루토와의 배틀이었기 때문이다. 서로 온 힘을 다해 부딪치는 테루토와 킷카. 하지만 테루토는 절체절명의 궁지에 몰리게 된다. 그때, 테루토가 자신의 턴에 드로한 카드는......?!