火星で暮らす青年・マナカ ケンゴ。平和な日々を送っていた彼の前に、突然怪獣ゴルバーが現れ街は大混乱に！　そんな中、火星の地下深くで眠る巨大な石像と運命的な出会いを果たす。ケンゴが超古代の光と一つになった時、彼の運命が激しく動き出す！

怪獣から人々を守る防衛隊・GUTS-SELECTの一員となり地球にやってきたケンゴの前に、吸血怪獣ギマイラが現れる！ さらに復活した第２の闇の巨人ダーゴンも！その圧倒的超パワーに対抗するには、トリガーもパワーを上げるしかない！\n新たな力が目覚める時だ！！

宇宙一のトレジャーハンターを名乗る男・イグニスがユナを狙ってやってきた！ 彼がユナを狙う理由は一体何なのか！? そして暗雲をまとい現れたガゾートに、GUTS-SELECTも大苦戦！こうなったら高速の動きで全部まとめて解決だ！ケンゴ！！

超古代の遺跡から発掘された謎の出土品。 GUTS-SELECTが調査をしている最中、イグニスが狙ったそのお宝がオカグビラを呼び覚ませてしまう！ 街に危機が迫る時、ケンゴはみんなを笑顔にするためにトリガーに変身する！！

突如現れた巨大な角を持つ大怪獣。それは6年前、人類の前に現れた最初の怪獣・デスドラゴだった。 再び姿を見せたデスドラゴを前にして、アキトの様子が少しおかしい。 ‟始まりの”怪獣とアキトとの因縁とは！？ そして、ケンゴはアキトを笑顔に出来るのか！？

１日に１時間だけ動く謎のロボット、サタンデロス。超強力なバリアは、トリガーのあらゆる攻撃をも通さない。 連戦連敗のトリガーとGUTS-SELECTは、バリア攻略の方法を模索するが、その糸口さえつかめない… そんな彼らの前に現れたのは、意外な人物だった！？

ある日突然、空から正体不明のロボットが落ちてきた！それに続くように次々とやってくる来訪者達。変な鳥を肩に乗っけた宇宙人、GUTS-SELECTとは違う謎の防衛隊員。そして……別のウルトラマン！！トリガーとGUTS-SELECTの新たな戦いが始まる！？

街で次々と電子機器に異常が起こる怪現象が多発する！！ それは世界中の重要施設にまで侵入し、影響を及ぼし始める。そして遂にはナースデッセイ号のシステムまで奪われてしまう！？ ナースデッセイ号を取り戻すため、ケンゴとハルキ、そしてGUTS-SELECTの仲間たちが共に立ち上がる！

ユナの１８歳の誕生日がやってきた！でもそんなおめでたい日なのに、石化闇魔獣ガーゴルゴンが超古代から蘇ってしまう。 怪獣が迫る中現れた謎の黄色い戦闘機、ついに語られるシズマ会長の過去、そしてユナの出生に隠された秘密とは一体！？

石板から今まで隠されていた新たな情報が見つかる！だがそんな中、ユナにはダーゴンの魔の手が迫ろうとしていた！ユナの危機を救うため駆け付けたケンゴとアキトだが、なんだかダーゴンの様子が普通じゃない… えぇ！？ダーゴンがユナに恋をした！？

闇の巨人たちの猛攻が始まる！ カルミラはトリガーに執拗に迫り、その呪術でトリガーが闇に蝕まれていってしまう。ケンゴは必死に抵抗するが、その時！時空の狭間が生まれ、時間を超えて過去に飛ばされてしまう。たどり着いたのは、3000万年前の超古代！？

闇のトリガーと向き合うケンゴの前に、衝撃の真実が訪れる―――。それは運命に翻弄されたの超古代の記憶そのもの。\nさらに、3000万年の悠久の時を超え、ユザレの願いが現代で光の奇跡を起こす！！　そして覚醒する最強のトリガーの姿とは！？

タツミ隊長が行方不明に！？ナースデッセイ号艦内に残された謎の痕跡。怪しい人影。これは事件の匂いだ！！——と張り切るマルゥルと、事態に困惑する隊員たち。マルゥル探偵の”迷“推理が冴えわたる！！メトロン星人の名にかけて！！

宇宙から飛来した新たな脅威。それは黄金に輝く謎の巨人！

グリッタートリガーの力を使いこなせなければ、勝ち目はない…。だがその方法がわからないケンゴは、敗北を喫してしまう。

更なる危機が訪れようとした時、現れたのは、新しいウルトラマン！？

強敵・アブソリュートディアボロを倒すため、リブットからグリッタートリガーの力を使いこなす手ほどきを受けるケンゴ。 そして、封印されていたナースデッセイの真の力を開放するため、奮闘するアキトとGUTS‐SELECTの面々！ 一方その頃、特訓中のケンゴは―――何でダンスしてるの！？

イグニスがトリガーダークに変身してしまった！？

大混乱の事態の最中、ヒュドラムが姿を現し、さらには全てを喰らい尽くす伝説の魔獣メツオーガまでが出現してしまう！！

事件が次々に起こる狂乱の中で、ケンゴたちは一体どうなってしまうのか！？　

メツオーガの中から出現した、あらゆるエネルギーを吸収する怪物メツオロチ。メツオーガ以上の力に進化した大怪獣を攻略するため、GUTS-SELECTの作戦が開始される！！

そんな中で、再び現れるトリガーダーク！？

この危機を切り抜けるため、ケンゴ達の奮闘が始まる！

タツミ隊長がGUTS-SELECTアジアの総司令官に任命された！

サプライズでのお祝い会を準備するケンゴ達だったが、その他のメンバーにも次々と幸運が舞い降りる！？

なんて幸せな日だ！……ってそんな時でもゴルバーが出現！

果たして、お祝い作戦は無事実行することができるのか！？

欲望の精神に作用する未知の宇宙線・モルフェウスR。その影響で闇の巨人たちも仲間同士で争いを始めてしまう！

都市がめちゃくちゃになる中、ユナの背後に迫る謎の男……。

その悪魔の揺さぶりがユナの心を試す時、奇跡の光が降臨する！！

ユザレの力が覚醒したユナの元に、宇宙から青い獣神・バリガイラーがやってきた！大昔にユザレとの因縁があるらしいが、その目的は一体何か！？危ない！ユナが狙われる！果たしてケンゴとアキトはユナを救うことが出来るのか！？

3000万年前の超古代よりもずっと大昔の3億5000年前からもたらされた2つのカプセル！？

それがバリガイラーの雷のせいで、中に封印されていた赤と青の悪魔が復活してしまった！

２体の怪獣を倒すために、ケンゴとイグニスが力を合わせて立ち向かう！

突如ユナをさらっていったイグニス… 彼の大いなる目的のため、エタニティコアへの扉が開いてしまう。

イグニスのことを信じながら、待ち受ける様々な障害をくぐり抜けるケンゴたち。

イグニスとユナの元へたどり着くことができるのか！？

そして彼らの信頼の絆に待ち受けるものとは！？

ダーゴンは人間が持つ強さの意味をやっと理解することができた。だがしかし、そんなダーゴンをカルミラの闇がどんどんと蝕んでいってしまう！？やめるんだ！ダーゴン！！大切な存在であったユナをもその手で傷つけようとするダーゴンを、ケンゴとアキトは止めることができるのか！？　

カルミラは、遂にエタニティコアに触れ、おぞましい姿の邪神メガロゾーアへと姿を変えてしまった！

そして、彼女から溢れ出す闇のエネルギーが世界を徐々に呑み込んでいく……。

このままでは地球の終わりが近づいてしまう！

地球の危機を救うため、ケンゴたちの最大の決戦が始まる！！

暴走するエタニティコア。刻一刻と迫る地球の消滅。

そして立ちはだかる最凶最悪の敵・メガロゾーア！

だがしかし…、最大の困難を前にしても、ケンゴたちは決して諦めない！

みんなを笑顔にする。その夢見る未来のために！！