「请替我寻找失踪的爷爷」——为了夺回年幼委托人的笑容，一行人展开了调查。事件的线索是一个委托爷爷开发特殊阀的神秘壮汉。在调查途中，翔太郎等人追着被BRACHIOSAURUS（腕龙）掺杂体带走的时女，一行人闯进了里风都。

在里风都等着翔太郎等人的，是持有盖亚內存REACTOR（反应堆）的壮汉二阶堂守。面对准干部级的强敌，W及Accel陷入苦战。另外，在众多掺杂体躲藏的城市中，除了时女之外，委托人失踪的祖父兰堂廉太郎的身影也出现在这里。

时女在里风都找到了兰堂廉太郎并将他救出，然而二阶堂守却阻挡在从里风都逃回原来世界的两人面前。不过，翔太郎等人绝不会对同伴的危机视而不见。W及Accel、Gunner-A也加入其中，与REACTOR（反应堆）掺杂体的决战开始！！