무엇에 대해서든 텅 빈 깡통 같은 자신을 애써 외면하면서, 오락에 물든 거리 가부키쵸의 영업장에서 호스트로 일하며 빚을 갚는 생활을 보내고 있었던 쿠도 호소미치. 속고 속이는 나날들을 보내고 있던 어느 날, 결국 진국 정부에게 적발되고 말았다. 모든 것이 위법인 거리가 불타고, 자신도 잡히면 목숨은 없는 가운데 호소미치는 가차 없이 궁지에 몰리고 말았다. 하지만 그런 절체절명의 위기를 '역전'시켜준 것은 거대 인간형 병기 '가람 돌'이었는데.

신주쿠에서 쫓겨나 아키하바라로 도망쳐 온 호소미치 일행. 이곳에는 반정부조직 '아라하바키'의 아지트가 있다고 한다. 아지트 본부에 초대받은 호소미치는, 파일럿 적합자로 인정받고 얼떨결에 고용되어 버리고 말았다. 채무 변제를 위해 자신의 의지와는 상관없이 파일럿이 되고만 호소미치는, 일단은 일을 해내고자 린과 파트너가 되기 위해 그녀와 접촉을 시도했는데.

마음의 문을 닫고 의식을 잃은 린에게 접촉하기 위해 호소미치는 그녀의 심층 심리로 사이코 다이브를 시도했다. 그 배경은 자반이 등장하는 히어로 쇼 무대였다. 그곳에서 호소미치는 린과 함께 인질로 붙잡혀버리고 말았다! 하지만, 전에 있었던 전투에서 패배한 것이 트라우마가 되어 꿈속에서조차 승리하는 이미지를 그릴 수 없게 된 린을 본 호소미치는 자신의 책임을 다하기 위해 움직였는데.

제2의 전지소녀인 아오바 유키를 찾아낸 아라하바키. 지하 아이돌인 그녀는 해방군에 소속되어 로봇에 탄다는, 인기를 단숨에 끌어올릴 수 있는 시추에이션을 포기할 이유가 없었기에 흔쾌히 전지소녀가 되었다. 파일럿 겸 매니저가 되어버린 호소미치는 그런 그녀의 아이돌 활동에도 도움을 주기 시작했는데.

첫 번째 출격에서 패배한 것에 더해 팬들도 떠나가 버린 유키는 아이돌을 졸업하겠다며 아라하바키에서 떠나고 말았다. 호소미치는 매니저로서 그녀를 데리러 갔지만, 자신의 생각은 변하지 않는다며 퇴짜를 맞고 말았다. 하지만, 말은 그렇게 하면서도 본심은 밝히지 않는 유키의 모습을 꿰뚫어 본 호소미치는 비장의 수를 준비했는데.

잠깐이나마 평화가 찾아와 제각각 시간을 보내는 전지소녀들. 하지만 그런 가운데 극비리에 손에 넣는 데에 성공한 진국의 프로파간다 영상이 도착했다! 환국의 사람들을 '독성 문화에 탐닉해 나약하고 개탄스럽다"미래를 빼앗긴 환국을 우리들이 교정하겠다'라고 일방적으로 말하는 영상 내용에 일동은 분개했다. 하지만, 호소미치는 진국이 하고 있는 말도 일리가 없는 건 아니라는 생각을 가지고 있었는데.

행방불명이었던 제3의 전지소녀이자 천재 해커 워드냐란 이명을 가진 쿠로키 미사가 갑자기 돌아왔다. 하지만, 돌아오자마자 충전실을 점거해버린 탓에 린과 유키가 두근거림 에너지를 충전할 수 없게 되어버렸다. 미사는 멤버들의 흑역사를 방패 삼아 방에서 나오지 않으려고 했으나, 호소미치와 협상 끝에 방문을 여는 조건을 내걸었다. 그것은 바로 게임에서 그녀를 이기는 것이었는데.

던전에 홀로 남겨지게 된 호소미치. 그가 없으면 가람 돌의 진정한 힘을 발휘할 수 없었다. 린도 유키도 움직일 수 없게 되어 절체절명의 상황 속에서, 발자크가 야쿠모를 상대로 어떻게든 시간을 버는 걸 시도하는 가운데 미사가 호소미치 구조를 위해 나섰다. 위기 상황에서도 미사가 찾던 물건을 찾아낸 호소미치에게 미사는 그와 자신의 아버지의 모습을 겹쳐 보았는데.

진주군 상층부로부터 환국 통합이 지체되고 있는 것을 지적받은 아카츠키. 그래서 환국 국민들이 좋아한다고 하는 24시간 마라톤에서 인심을 사로잡는 작전을 세웠다. 하지만 아카츠키의 작전은 아라하바키의 전파 탈취로 인해 아라하바키의 활동을 선전해버리는 역효과가 나버리고 말았다. 작전이 실패해 더는 물러설 수 없게 된 아카츠키는 적에 대해 알기 위해 하야토와 함께 아키하바라에 잠입했는데.

대치하는 아카츠키와 호소미치. 그 뒤에서 린과 하야테 또한 서로의 정체를 모른 채 아키하바라 거리를 산책하고 있었다. 거기서 유키의 게릴라 라이브 현장을 목격한 하야테는 진국 군인으로서 전파 탈취 사건의 범인인 아오바 유키를 체포하기 위해 움직였다. 한편 아키하바라에 대해 단념한 아카츠키는 아라하바키에게 24시간 동안의 유예 이후 총공격을 가할 것이라고 선언했는데.

가람 돌을 훔쳐 아라하바키에서 도망쳐 나오는 무나카타와 호소미치. 무나카타는 가람 돌을 진주군에 팔아넘기려 하고 있었다. 한편 전혀 연락이 되지 않는 호소미치에게 전지소녀들은 분개했다. 하지만 린은, 그래도 호소미치는 반드시 돌아올 것이라고 믿어 의심치 않았다. 이는 호소미치의 진정한 마음의 일부가 남아있다는 걸 린만이 알고 있어서였는데.

두근거림 버스트를 초월해 그 진정한 모습을 드러낸 '샤크 더 번'. 하지만, 그 모습은 10년 전에 아사쿠사바시를 소멸시켰던 가람 돌의 상태와 매우 흡사했다. 사고가 다시 발생하는 걸 발자크가 두려워하는 가운데 호소미치 일행은 한계를 초월해 진주군을 압도했다. 그러나 진주군의 작전은 예정대로 진행될 준비가 끝났고, 아카츠키도 가람에 탄 채 등장한 상황. 과연 이렇게 절체절명인 상황을 '역전'시킬 수 있을 것인가.