D2와의 정전을 고한 '자간 선언'으로부터 4년. 아직 '음악'은 금기시되고 있었으며 선율은 끊어진 채였다. 황폐화된 미국에서 음악을 모르고 자란 소년은 어느 날 피아노의 선율을 듣게 된다. 피아노를 연주하던 것은 흑발의 청년, '타쿠토'. 그리고 그의 음색에 이끌려 이형의 괴물 D2와, 검을 든 소녀 '운명'이 나타나는데.

모든 것의 시작은 10년 전이었다. 보스턴의 마을을 습격한 D2와 피로 물든 콘서트홀 '보스턴의 참극'이라고 불린 사건이었다. 그 사건으로 목숨을 잃은 마에스트로 아사히나 켄지는 타쿠토의 아버지였다. 아버지를 잃은 소년은 혼자서 피아노에 몰두한다. 자신의 분노를 음색에 담아내듯이. 그런 그를 곁에서 돌보는 것은 '운명'과 같은 얼굴을 한 소녀 '코제트'였는데.

무지카트 '운명'으로 변한 코제트. 운명은 자신을 'D2 섬멸하기 위한 존재'라고 소개한다. 운명에게서 지휘봉을 건네받은 타쿠토는 '컨덕터'로서 처음으로 그 힘을 사용한다. 그런 타쿠토와 운명의 앞에 나타나는 두 인물, '레니'와 '거인'. 그들은 D2에 대항하는 전략 거점 뉴욕 심포니카에 소속된 정식 컨덕터와 무지카트였는데.

타쿠토와 운명은 레니와 타이탄에게서 '올바른 전투법'에 대해서 배우면서 뉴욕을 향해 여행을 계속한다. 하지만 여전히 호흡이 맞지 않는 타쿠토와 운명. 그러던 중, 레니는 우연히 오랜 지인 '조나단'과 재회한다. 조나단은 타쿠토 일행을 자신들이 살고 있는 '라스베이거스'로 안내하는데.

어떤 마을에 들른 타쿠토 일행. 그곳은 젊은이들이 사라져 노인들만이 남아서 살고 있는 마을이었다. 안나와 운명은 우연한 계기로 그들을 돕게 된다. 한편, 혼자서 마을을 돌아다니던 타쿠토는 낡은 바 깊숙한 곳에서 울려 퍼지는 음색을 듣게 된다. 그것은 틀림없는 '음악'이었는데.

여행 도중 파괴된 마을을 보게 된 안나와 운명. 점차 깨어나기 시작하는 D2에 의해 습격받는 마을과 사람들. 자시 세계는 4년 전인 '자간 선언' 이전의 상태로 돌아가려 하고 있었다. 점점 커지는 D2의 위협 속에서 타쿠토는 혼자서 뭔가에 몰두하고 있었다. 텅 빈 오선지를 앞에 놓고 필사적으로 뭔가를 만들기 위해 허공의 건반을 두드리는 타쿠토였는데.

깨어나기 시작한 D2. 습격당한 타쿠토의 고향과 코제트의 죽음. 모든 것은 쉰들러가 획책한 것이었다. 피폐해진 세계를 위해 하등한 존재를 잘라내 버리려는 쉰들러. 코제트의 죽음의 진상을 알게 된 타쿠토는 분노하며 쉰들러에게 달려든다. 하지만, '지옥'에 의해 상처를 입는 타쿠토. 피를 흘리는 타쿠토의 모습을 본 운명의 마음에 이제까지 느낀 적이 없었던 감정이 솟아오르는데.

목적지 뉴욕 심포니카에 도착한 타쿠토 일행. 안나의 언니이자 심포니카의 기술 개발 부문에서 근무하고 있는 샤를로테와 재회한다. 샤를로테는 불완전한 무지카트인 운명의 검사를 시작한다. 하지만 그때 타쿠토의 이변을 알게 된 안나. 타쿠토의 오른팔을 뒤덮은 반점 그것은 마치 타쿠토를 좀먹어 가는 듯 점점 더 크게 퍼지고 있었는데.

레니는 회상한다, 자신의 과거를. 레니는 상기한다 소중한 사람의 모습을. 모든 것은 해야 할 일을 하기 위해 쌓아온 오늘이었다. 거인과 함께 약속 장소에 나간 레니는 타쿠토와 운명에게 모든 진실을 이야기해 주려 한다. 하지만, 그곳에서는 예상 밖의 인물이 기다리고 있었는데.

자간의 흥얼거리는 음색과 함께 거대한 흑야운철이 준동한다. 거목처럼 성장하기 시작한 흑야운철이 뉴욕 심포니카를 집어삼킨다. 결국 자신의 목적을 이루기 위해 움직이기 시작하는 자간. 그 이상한 광경을 지켜보던 타쿠토와 운명은 안나와 샤를로테 아직 심포니카 내부에 있다는 것을 알게 되는데.

운명이란 이 얼마나 잔혹한 것인가. 하지만 신들이 얼마나 불행을 부여해도 나는 운명에 맞설 것이다. 그걸 위해 싸우고, 싸우고, 계속 싸워서 그 끝에서 나는 '해답'을 얻었다. 환희는 고뇌의 끝에 있었던 것이다. 자, 개연의 시간이 왔다. 지금이야말로 운명의 멱살을 붙들어 주겠다. '어떤 남자의 수기로부터'