とある街へと立ち寄ったタクト達。そこは若者たちがいなくなり、年老いた人々だけが住む町であった。アンナと運命は、ひょんなことから彼らに助けを求められる。一方、一人街をぶらつくタクトは、古びたバーから隠れ響く音色を耳にする。それは間違いなく『音楽』であった。

旅の途中で破壊された町を目にするアンナと運命。次々と目覚め始めたＤ２によって襲われる町や人々。再び世界は４年前の『ザーガン宣言』以前の状態へと戻りつつあった。増大しつつあるＤ２の脅威の中、タクトは一人何かに没頭していた。白紙の五線譜を前に、必死に何かを生み出そうと虚空の鍵盤を叩くタクト。

目覚め始めたＤ２。襲われたタクトの故郷と、コゼットの死。全てはシントラーが画策したことであった。疲弊した世界の為に下等な者を切り捨てようとするシントラー。コゼットの死の真相を知ったタクトは、怒りのままにシントラーに向かう。だが、『地獄』によって傷を負うタクト。血を流すタクトの姿を見た運命、その心にこれまで感じたことのなかった感情が湧き上がり――。

目的の地・ニューヨークに辿り着いたタクト達。アンナの姉であり、シンフォニカの技術開発部門に勤めるシャルロッテと再会する。シャルロッテは、不完全なムジカートである運命を検査し始める。だがその時、タクトの異変に気付くアンナ。タクトの右腕に刻まれた痣、それはまるでタクトの身体を蝕むように大きく広がっており――。

レニーは思い出す、自らの過去を。レニーは思い起こす、かけがえのない人の面影を。全ては為すべきことを為す為に積み上げてきた今日だった。巨人と共に待ち合わせ場所に向かったレニーは、タクトと運命に全ての真実を告げようとする。だが、そこには思わぬ人物が待っていた。

ザーガンの口ずさむ音色と共に巨大な黒夜隕鉄が蠢動する。大樹の如く成長し始めた黒夜隕鉄が、ニューヨーク・シンフォニカを呑み込んでいく。ついに己が目的を叶えようと動き始めるザーガン。その異様な光景を目にするタクトと運命は、アンナとシャルロッテが未だシンフォニカの内部に取り残されていることを知る。

運命とは、なんと残酷なものか。だが、神々がどれほどの不幸をもたらそうと、私は運命に立ち向かう。その為に戦って、戦って、戦い続け――その果てに私は『答え』を得た。歓喜は、苦悩の先にこそあったのだ。さあ、開演の時は来た。今こそ運命の喉首を締めあげてやろう。《ある男の手記より》