어떤 마을에 들른 타쿠토 일행. 그곳은 젊은이들이 사라져 노인들만이 남아서 살고 있는 마을이었다. 안나와 운명은 우연한 계기로 그들을 돕게 된다. 한편, 혼자서 마을을 돌아다니던 타쿠토는 낡은 바 깊숙한 곳에서 울려 퍼지는 음색을 듣게 된다. 그것은 틀림없는 '음악'이었는데.

여행 도중 파괴된 마을을 보게 된 안나와 운명. 점차 깨어나기 시작하는 D2에 의해 습격받는 마을과 사람들. 자시 세계는 4년 전인 '자간 선언' 이전의 상태로 돌아가려 하고 있었다. 점점 커지는 D2의 위협 속에서 타쿠토는 혼자서 뭔가에 몰두하고 있었다. 텅 빈 오선지를 앞에 놓고 필사적으로 뭔가를 만들기 위해 허공의 건반을 두드리는 타쿠토였는데.

목적지 뉴욕 심포니카에 도착한 타쿠토 일행. 안나의 언니이자 심포니카의 기술 개발 부문에서 근무하고 있는 샤를로테와 재회한다. 샤를로테는 불완전한 무지카트인 운명의 검사를 시작한다. 하지만 그때 타쿠토의 이변을 알게 된 안나. 타쿠토의 오른팔을 뒤덮은 반점 그것은 마치 타쿠토를 좀먹어 가는 듯 점점 더 크게 퍼지고 있었는데.

자간의 흥얼거리는 음색과 함께 거대한 흑야운철이 준동한다. 거목처럼 성장하기 시작한 흑야운철이 뉴욕 심포니카를 집어삼킨다. 결국 자신의 목적을 이루기 위해 움직이기 시작하는 자간. 그 이상한 광경을 지켜보던 타쿠토와 운명은 안나와 샤를로테 아직 심포니카 내부에 있다는 것을 알게 되는데.