小学生の頃、優しく憧れの存在だった兄。その謎の死を目撃した龍平は、今や周囲にはその悪夢を感じさせない快活な高校生になっていた。不思議な生物トリスに噛まれた夜、いつもとは違う夢を見る。迫る異形のモノと闘う黒づくめの若者たち。そして怪現象に翻弄される龍平は遂に現実の渋谷で異形を目の当たりにする。

渋谷の怪事件の原因となったトップゲーマーの額に現れた紋様（しるし）は、龍平の兄の事件現場に残されたものと同じだった。闘っていたのはジェシカと或斗。異形のモノは「ウィアード」だと自らを神の遣いと言うトリスから説明を受けるが謎は深い。ある日龍平の幼馴染み玲菜は街でいつもと様子の違うクラスメイト愛莉を見かける。

悪夢から現出するウィアードを滅する能力に目覚めた者「ノッカーアップ」。トリスにその素質があると見出された玲菜に、龍平は街で噂のソムニウムドロップという飴と怪事件の紋様（しるし）が兄の死と関係があると思い、謎を解き明かすのを手伝ってくれと頼む。そんな時SNSで人気者の玲菜は思いもよらないトラブルに巻き込まれる。

小学生ながらノッカーアップとして優れた能力を持ち、皆の前では大人びて生意気だがいつも元気な或斗。しかし時折見せる彼の目に龍平は自分にも共通する影を感じていた。共にウィアードと闘いながらお互いの事はあまり知らない関係。或斗を放っておけない龍平は同情ではない自分の気持ちをぶつける。

闘う事だけが全てではない。龍平の機転と行動力で一歩深く繋がれたノッカーアップ達。ジェシカの指示で改めて自分達の能力で闘うべき相手を分析、調査をする。敵の目的、ソムニウムドロップ、そして愛莉が聴いた声、その主は？そんな折、街頭ビジョンで悲しみ深い事件のニュースが流れてきた。

以前にも増してソムニウムドロップに飲まれる者たち「ユメミテ」絡みの事件が多発してきた。或斗が調べた渋谷を拠点とする謎の教団。更に大きく動き出している意図は何なのか？闘いの最中、玲菜がある少女の存在に気付く。「デザリア」の記憶が残っている彼女は、自分は教団と関係がある、助けて欲しいと龍平たちに訴える。

自身をハイブリットと言うカズハの衝撃的なシーンを目撃してしまった龍平達。自分達の闘う教団が想像以上に強大であり、「人ならざる者」の存在があることを認めざるを得なかった。ある日いつもの集合場所の公園で高校生の男女と出会う龍平と玲菜。龍平はどこかで見たことがある気がすると言うが…。

常夏の「由良島」から来た蘭堂とえると出会い、龍平たちは渋谷の事件と島が無関係ではない事を知る。故郷への想いの強さから何かとぶつかってしまう龍平と蘭堂はデザリア出現の際、えると三人でエレベータに隔離されてしまう。闘いから離れた束の間、えるの話す島の古い言い伝え「死人返り」の中で「カズハ塚」という名前を聞き、龍平は驚愕する。

兄が残したダイイングメッセージの紋様（しるし）が由良島の古文書、先史時代の壁画などにも描かれる、かつて地球を支配していた邪悪なるものに関係する事を龍平は知った。ウィアードと闘いながらも日々の生活は少しずつ流れ、高校では進路指導の時期。そして龍平、玲菜、愛莉に抗えない不可思議な現象が起こる。

カズハの死以降、教団の影に近づくにつれ、邪悪なるものに願いを捧げるユメミテが龍平の周りに現れるようになった。ある日下駄箱に手紙が入っているのを発見し有頂天になる龍平と、古風なアプローチに怪しむ玲菜たち。この楽しそうな事態をつき詰めた結果、想像もしなかった事実を知り龍平は思わず駆け出した―――。

周囲の生徒達にソムニウムドロップを渡していたのは親友の村瀬だった。今まで素知らぬ顔で裏切られたと思った矢先、教団の仮面の男が現れ一撃で倒されてしまう龍平。圧倒的な力に畏怖の念が拭い切れない龍平は、その男に殺された兄・純平との日々を追想する。そして蘭堂の言葉をヒントに兄がトロイメライに通じていた事実に辿り着いた。

龍平と対峙した村瀬は、龍平の望み――教主に辿り着くにはソムニウムドロップを飲むことだと促す。龍平は疑う事なくドロップを飲みトロイメライの奥つ城で教主を見つけるが、仮面の下から現れたのは兄・純平の顔だった。兄の顔で願いを捧げろと囁く教主。そこにドロップを飲み龍平を救いに来た玲菜達。龍平の危機に形振り構わず願いを捧げたのは玲菜だった。

ウィアード化した玲菜が願いを捧げ、渋谷の街にデザリアが出現。星辰の刻に至り、邪神クトロワグが復活した。最大の危機に蘭堂とえるも駆けつけるが、何を守るべきか、それぞれの想いが交錯、玲菜を守りたい龍平は思いがけず瀕死の重傷を負う。

ノッカーアップとして覚醒し、人知れず、ウィアードと闘い続ける龍平、玲菜、愛莉、ジェシカ、或斗に果たしてこの悪夢からの目覚めはあるのか――。