모든 것을 녹슬게 하는 녹바람이 휘몰아치는 일본. 이상한 모습을 한 승려가 검문소를 지나려 하고 있었다. 그의 등에는 승려에게는 어울리지 않는 활이 있었는데... 한편, 이미하마 거리에서 의원을 운영하고 있는 미로는 녹에 침식된 누나 파우를 구하기 위해 비밀리에 신약을 연구하고 있었다. 그런 그 앞에 누군가가 나타났는데.

지명 수배범인 아카보시 비스코가 쏘는 화살이 피워내는 거대 버섯 테러로 인해 이미하마의 거리는 큰 혼란에 빠졌다. 비스코는 심각한 부상을 입은 스승 자비를 구하기 위해 약을 조제할 수 있는 의사를 찾고 있었다. 의원에 들이닥쳐 비스코는 미로를 닦달했지만, 그곳에서 벌어진 소동을 알아챈 쿠로카와 지사의 친위대가 현장에 달려왔는데.

이미하마 자경단장인 파우는 홀로 비스코에게 맹공을 퍼부었다. 그런 가운데 어떤 녹이라도 정화할 수 있다는 전설의 영약 버섯 '녹식'의 존재를 자비로부터 알게 된 미로는, 이것이 누나를 구할 수 있는 방법이라고 확신했다. 격렬한 싸움을 헤쳐 나온 뒤 합류한 비스코에게 미로는 자신의 결의를 전했는데.

비스코와 미로는 전설의 버섯 녹식을 찾기 위한 여행을 떠났다. 동료인 커다란 게 아쿠타가와와 합류한 후 게를 타고 다니는 데에 미로는 악전고투했지만, 얼마 안 있어 곧 서로 마음이 통하게 되었다. 그날 밤, 닛코 전조궁에서 쉬기로 한 둘은 이미하마에서 만났던 해파리 머리 모양의 소녀와 재회했는데.

토호쿠로 가기 위해 칼베로의 바다를 지나던 비스코와 미로는 도중에 '철인의 도시'에 도착했다. 어른이라고는 없고 아이들만이 살고 있는 몰락한 마을은, 흉포한 생물 날복어의 위협에 노출되어 있었다. 그 무렵, 그 둘을 쫓던 파우는 길을 가던 도중에 이상한 부부를 만나게 되었는데.

철인의 도시에서 얻은 정보를 바탕으로 더욱 북쪽으로 향하는 비스코와 미로. 두 사람은 사방이 눈으로 가득 찬 시모부키에서 얼어 죽기 직전이었던 티롤과 재회했다. 티롤의 협력을 얻은 둘은 녹식이 있다고 하는 곳이자 여행의 최종 목적지인 코나키 유곡을 눈앞에 두게 되었는데.

드디어 코나키 유곡에 도착한 비스코와 미로의 앞에 나타난 것은 용 정도의 몸집을 가진 쌍두 신수 '통뱀'이었다. 그런 상황에서 타이밍 나쁘게도 둘을 쫓아왔던 파우까지 등장했고, 파우가 끼어든 상황에서 통뱀과의 격전이 시작되었다. 한편 쿠로카와 또한 그들을 추적하고 있었는데.

쿠로카와가 쏜 총탄에 맞아 중상을 입은 비스코. 붙잡혀버린 파우와 자비를 구하기 위해 비스코를 남겨두고 미로는 적지에 쳐들어갔지만, 그곳에선 쿠로카와가 주도면밀한 함정을 파놓고 기다리고 있었다. 그리고 쿠로카와는 미로에게 자신의 야망과 버섯지기 박해에 대한 비밀을 이야기하기 시작했는데.

쿠로카와의 함정으로 인해 궁지에 몰리게 된 미로. 다시 한번 사로잡힌 자비에게 쿠로카와는 일본을 뒤덮은 녹바람의 윈흉으로 지목되는 방위 병기 '철인'을 사용한 무시무시한 계획의 일부를 보여주었다. 그 누구도 쿠로카와를 막을 수 없다며 절망하려는 그때, 어떤 사람이 쿠로카와의 앞에 나타났는데.

쿠로카와와 함께 비스코는 철인의 용광로에 떨어졌다. 폭주하는 용광로와 붕괴하기 시작하는 돔에서 미로 일행은 간발의 차이로 탈출했지만, 비스코를 잃은 슬픔에 잠길 틈도 없이 또 다른 시련이 연이어 닥쳐왔다. 비스코가 없는 지금, 미로는 남아있는 자신이 무엇을 할 수 있는가를 스스로에게 물었는데.

부활한 철인은 모든 것을 차례로 파괴하면서 나아갔다. 이대로라면 일본은 다시 한번 녹으로 뒤덮일지도 모르는 상황. 비스코의 영혼을 이어받은 미로는 과감하게 철인과 맞섰다. 그렇게 자비와 파우, 급히 달려온 티롤과도 협력해서 폭주하는 철인을 몰아붙이고 있었는데.

이미하마를 향해서 나아가는 철인. 침공을 저지하기 위해서 미로는 몸이 너덜너덜해지면서까지 몇 번이고 맹공을 막아냈다. 하지만 마침내 미로가 힘이 다한 듯한 그때, 철인의 안에서 비스코가 부활했다. 비스코와 미로가 다시 한번 만나고, 드디어 철인과의 최후 결전이 시작되었는데.