紅の塔に続々と集まる血の女王を狙う者たち。シャドウは白の塔と黒の塔の支配者ユキメ、ジャガノートと鉢合わせし、一方のクレアたちはシャドウガーデンのベータに遭遇する。

女王の間に辿り着いたクレアが、エリザベートから致命傷を受けてしまう。駆けつけたベータたちも血の女王には歯が立たない。最悪な状況の中、クレアに異変が起こる。

急拡大するミツゴシ商会がライバルの大商会連合に目をつけられる。その独占的なやり方に懸念を抱く謎の男ジョン・スミスはユキメとともに商業戦争を仕掛けていく。

ミツゴシ商会にガーター商会の最強部隊「四つ葉」が侵入してくる。その対処に名乗り出たのは、ガンマだった。心配するアルファをよそに自信満々で侵入者に対峙するが……。

ジョンの前に次なる刺客デルタが現れる。シドは一瞬で正体を見破られるが……。一方、デルタが戻らず悲嘆に暮れるシャドウガーデンでは、アルファが直接動き出すことに。

大商会連合の崩壊が始まり、ミツゴシ銀行にも破綻の危機が迫る。シャドウの裏切りと絶望的な状況にアルファたちが憔悴する中、彼の残した“暗号”がついに解読される。

シャドウが第四魔王「ラグナロク」を相手取る中、ベータとイプシロンはモードレッドと対峙していた。戦いの中で、二人はこの世界に秘められたある“仮説”を聞き出す。