Jeune actrice à succès et fille d’un capitaine d’industrie, Akane Nishino est la coqueluche de son lycée. Seul Kageno, son voisin en classe, semble lui accorder peu d’intérêt. Mais sous ses airs quelconques, ce garçon cache de grandes ambitions.

Après sa mort accidentelle, le jeune Minoru Kageno renaît en fils d’aristocrate dans un monde parallèle. Tout en jouant les apprentis chevaliers, il fourbit ses armes pour devenir l’éminence de l’ombre.

Comme tout jeune aristocrate de quinze ans, Cid entre à la prestigieuse Académie Midgar, au sein de laquelle il joue les médiocres à la perfection. Mais, à la suite d’un pari, il devient malgré lui le petit ami de la princesse Alexia, la plus populaire de toutes les élèves.

Alexia se réveille en sursaut dans un infâme cachot. Soupçonné d’être l’auteur du kidnapping, Cid subit un interrogatoire musclé de la part des chevaliers. De retour chez lui, il reçoit la visite inattendue d’Alpha.

Shadow affronte Zenon à l'intérieur du repaire souterrain où Alexia était retenue prisonnière. En surface, une créature monstrueuse sème le chaos dans la capitale. Grâce à ses capacités de régénération, elle résiste aux forces de sécurité et à la princesse Iris.

Avec ses deux amis du dortoir, Cid se rend au grand magasin pour y acheter des confiseries encore méconnues dans ce monde : les chocolats. À l’Institut des sciences, Iris demande à la jeune Shelly de déchiffrer l’artefact qui a été découvert dans un repaire de l’ordre de Diabolos.

À l’Académie, Cid reçoit la visite impromptue de Nu, qui le renseigne sur l’infiltration de l’ordre de Diabolos. Peu après, il apprend qu’il a été inscrit à son insu au tournoi d’escrime Bushin.

Des terroristes font irruption dans l’Académie et enferment tous les élèves dans le grand auditorium. Malgré la neutralisation générale du mana, Cid jubile de vivre un scénario dont il a souvent rêvé. Depuis les toits, il protège Shelly dans sa fuite.

Les élèves de l’Académie sont toujours retenus en otages dans le grand auditorium. Rose, la présidente du comité, dissuade ses camarades de tenter une riposte. Dans le bureau de son père, Shelly a élaboré un dispositif pour restituer aux prisonniers l'usage du mana. Il ne lui reste plus qu’à rejoindre l’auditorium par un passage secret.

À la demande d’Alpha, Shadow doit se rendre à la ville sainte de Lindblum. Sous les traits de Cid, il voyage en compagnie de Rose, qui voit en lui l'homme du destin.

Dans les arènes de Lindblum, des candidats venus de tous les pays invoquent des guerriers du passé afin de les affronter. En tribune d’honneur, Alexia lance des regards soupçonneux en direction de Nelson, l’archevêque suppléant qui dirige la cérémonie. Au milieu des spectateurs, Cid se demande comment son personnage d’éminence de l’ombre pourrait interférer avec les événements.

Dans le stade de Lindblum, les épreuves sont interrompues par l’apparition d’une immense porte lumineuse. Alpha décide de la franchir afin d’explorer le passé à l’intérieur du Sanctuaire.

Les équipes de Shadow Gear perdent leur mana à mesure qu’elles approchent du centre du Sanctuaire. Ce qui n’empêche pas Delta d’anéantir les multiples clones de Nelson. Pendant ce temps, Cid est tout aussi dévastateur face aux soldats zombies qui hantent un champ de bataille du passé.

Opposé à Olivia au centre du Sanctuaire, Cid parvient à contre-attaquer malgré la perforation de son abdomen. Alors qu'il doit normalement retirer l'épée magique et briser les chaînes pour détruire le noyau de mana, il choisit de brûler les étapes grâce à une solution radicale.

Les épéistes du monde entier convergent vers la capitale royale à l'occasion du tournoi de Bushin. Résolu à y participer incognito, Cid devient méconnaissable entre les mains expertes de ses elfes.

On annonce que Rose est en fuite après avoir attaqué Thomas Zoschist, le fiancé qui lui a été présenté. Cid poursuit son parcours dans les éliminatoires sous les traits de Michael Conk. Au quatrième tour, il affronte Goldie Plaquedor, qui déclare toujours forfait face aux adversaires qu’il n’est pas sûr de vaincre.

Rose est en fuite après avoir tenté d’assassiner son fiancé. Alors qu’il cherche la princesse dans les rues de la capitale, Cid entend un air de piano, un instrument dont il se sert lui-même pour magnifier Shadow durant les batailles.

En ce premier jour de la phase finale, Cid est à la fois spectateur en tribune d’honneur et participant sous les traits de Michael Conk. Dans les coursives du stade, il retrouve l’elfe Beatrix, qui a remporté la première édition du tournoi de Bushin.

Installé dans le carré V.I.P. du stade, Cid a la surprise de voir arriver Beatrix, qui a été invitée par la princesse Iris. Quand vient l'heure de son match, le « loser d’entre les losers » s’éclipse pour revêtir le costume de Michael Conk.

Vaincue dans l’arène sous une pluie battante, Iris comprend que son adversaire n’était autre que le fameux Shadow, qu’elle finit par rattraper sur les toits. Au cours de sa fuite, Rose est abordée dans une ruelle par Alpha, qui lui propose de se rallier à Shadow Garden.

Claire emmène Cid à la Cité sans loi, où les rues sont en proie aux attaques de goules. La couleur rouge de la lune semble annoncer la résurrection de la mystérieuse Reine sanglante.

La nuit où la lune rouge se lève, la reine de sang Elisabeth fait son retour.

Dans la capitale du royaume de Midgar, l’Union des compagnies cherche par tous les moyens à détruire la firme Mitsugoshi, qui a fondé sa propre banque. Voyant dans cette bataille l’occasion de s’enrichir, Cid élabore un plan qu’il propose à Yukime, sa nouvelle équipière.

À l’invitation de Jaga et Hyoro, les membres de Shadow Garden passent une journée au nouveau complexe thermal du groupe Mitsugoshi. Tout en goûtant à un repos bien mérité, Alpha et ses camarades se demandent pourquoi Shadow les a attirées dans cet endroit.