はるか昔、戦争があった。

　破壊神の力は世界を暗黒に包み、すべての文明を闇に葬ろうとしたが、〈セブンナイツ〉と呼ばれる英雄たちは人の世を存続させることに成功した。

　時は流れ、破壊神を崇拝する教団〈ピュシス〉は、かつて果たされなかった“救済”を成し遂げるため、破壊の怪物たちを世に放ち、人々はその脅威によって飲み込まれ、死んでいった。

　〈ピュシス〉に立ち向かうため、はるか古代の英雄たちをその身に宿して戦う〈セブンナイツ〉の少女ファリアは、魔獣の襲撃によって焼け落ちた村でネモという少年に出会う。危機の中、覚醒したネモの力。それはファリアすら瞠目させるものだった――！

　〈グランシード学園〉。〈大いなる種子〉と呼ばれるこの学園こそが、英雄をその身に宿し戦う少年少女たちを育み、そして破壊の軍勢と戦わしむる場所だ。

　〈セブンナイツ〉の少女ファリアに導かれ〈グランシード学園〉を訪れたネモは、〈ピュシス〉を憎悪する少年剣士ジョウ・ツルギと出会う。

　ネモを〈セブンナイツ〉に組み入れようとするファリアに反発するジョウ。

　個性あふれる〈セブンナイツ〉と出逢うことで、ネモもまた変わり始める。だが、闇の魔手はそんな平和な学園生活をも飲み込もうとしていた――。

〈ピュシス〉の攻勢は激しさを増し、ネモもまた、己の宿す力の正体を知らぬまま、苛烈な戦場へと身を投じていく。その戦線の中に、小王国の運命を背負い戦う王子、ギルダンの姿があった。

　ネモの見せる力に、自分の足場が揺るがされるのではないかと感じたギルダンは、その焦りに飲み込まれていく。少年たちを飲み込んでいく闇の行方は――。

ようやく〈セブンナイツ〉の一員として認められ始めたネモ。だが、ギルダンを救い出した代償は大きかった。床に伏してしまった彼を、ファリアは献身的に看病する。

　なぜギルダンは破壊の力に引き込まれ〈ポゼッション〉したのか。ネモとは何者なのか。平和な日常の中、それぞれに思いを巡らせる〈セブンナイツ〉たち。

　一方、ファリアがこっそり飼っていた猫が逃げ出してしまい、なんとかしてネモとファリアは猫を捕まえようと奮闘する――。

　ネモがその身に宿す名を語られざる英雄は、いまだその真相の欠片すらもわからぬままであった。

　そんな中、吸血鬼によって次々と風紀委員が襲撃される事件が発生する。ネモは怒りに燃えるシャーリーに協力しようとするが、シャーリーはネモの協力を拒否し、あくまでも自分ひとりで事件を解決しようとする。

　だが、暗躍する吸血鬼は、そのシャーリーに狙いを定めようとしていた――。

　ガレスはひとり、これまでの事件という点を糸でつなぎ、背後で蠢く陰謀を探り出そうとする。図書委員のクレアは彼の力になろうとするが、空回りするばかりだ。

　一方、学園祭が迫り、〈グランシード〉はお祭り騒ぎになる。恋バナに花を咲かせる〈セブンナイツ〉一同。話題の中心は、学園祭の最後に行なわれるペアダンスだ。誰が誰と踊るのか、それが彼らの興味の対象となる。それはネモも例外ではない。ダンスパートナーにシャーリーがネモを指名したことで、さらにヒートアップする一同だが――。

〈旧図書館の呪い〉によって命を落としたクレア。だが、〈ピュシス〉との戦いは、そのようなひとりの生き死にを問題にしてはくれない。

〈ビュルゴー火山〉で大規模な魔術災害を引き起こそうとしている〈ピュシス〉に対し、理事会は全面出撃を命じる。大人たちに言われるがままに、生徒たちを戦争へと導かなければならないファリアは、苦悩する。

〈ピュシス〉の基地に突入したファリアたちを迎え撃つ、三人の戦士。彼らは〈グランシード〉の生徒たち同様に、英雄と契約しその力を引き出すことができる〈契約者〉だった――！

破壊の力に飲み込まれ、理性を失う〈グランシード〉の戦士達。物質世界の秩序を破壊するため、大陸の秩序を護る〈銀の砂時計〉を破壊せんとするアミス・ジェルマンの野望は、まさに成就するかに見えた。

　だが、英雄の力を真に使いこなすことができず、連携の取れないレダ、カストル、ボリュクスの三人の〈人造継承者〉に対し、ネモたち〈セブンナイツ〉はチームワークで対抗する――。

アミス・ジェルマンとの最終決戦に突入した〈セブンナイツ〉たち。借り物の英雄の力で戦う少年少女たちに対し、ジェルマンは自分こそがこの時代の英雄だと豪語し、その圧倒的な力を見せつける。

捨て石にされたことに憤るレダは、アイリーンの力を借りてジェルマンに挑む。

一方、ガレスはソフィーティアから〈旧図書館〉の秘密を聞き出し、クレアの死の真相に迫ろうとしていた――。

〈旧図書館の呪い〉を解放する力を持つ〈破壊の御子〉として獄に繋がれる身となったネモ。その姿に衝撃を受けるファリアたちだが、ガレスの突きつけた事実は揺るがない。ネモは自分がジェニウスに導かれ、生きるために〈ピュシス〉から逃れた過去を語る。人間のふりをして、笑顔を作って、ただ生きていた自分のことを。ファリアはユーノミアと語り、〈旧図書館の呪い〉の真実を探ろうとする。旧図書館で〈時の書〉に触れた彼女は、隠された過去を求めてネモとの出会いの地、〈ウルリー村〉を目指す――。

ファリア、そしてレダの協力を得て〈グランシード学園〉から脱出したネモは、自分が何をすべきなのか、何を求めるのかをもう一度見つめ直す。彼の見いだした答えは、自分の大切なものを護る、というものだった。

肉体を〈旧図書館の呪い〉に蝕まれるファリアは、みずからの命を賭してネモとともに戦うことを誓う。

一方、〈グランシード学園〉では呪いの力が解放され、大陸全土に禍をもたらそうとしていた。災厄を止めるべく降下するネモの前に立ちふさがったのは、かけがえのない友人たちだった――。

ソフィーティアはその狂った野心をむき出しにする。彼女のいう救済とは、あらゆる生命体の等しき死だ。破壊神の権化と化したソフィーティアの攻撃が、〈グランシード学園〉を炎に染めていく。

それぞれの決意とともに立ちあがる〈セブンナイツ〉たち。ソフィーティアを止めるべく走るネモとファリアを救うため、最後の戦いに挑む――！

すべては、為すべきことを為すために。

欲する願いを、叶えるために。