明治六十四年，东京市。经营古书店的店主·雪村，是秘密抹杀反政府组织成员的“鵺”的行刑人之一。雪村和“鵺”的同伴月城以及花风一起，受命歼灭企图在东京城竣工庆典上暗杀庆喜的反体制派组织首领·蛇野目。月城和花风潜入庆典寻找线索，而雪村则在地道埋伏。野兽异形。以蓝血之力变身的雪村与之对峙。

被盗名册中的德川政府要员们逐个被杀。认为鵺中出现了叛徒的仁命令月城搜查叛徒，并派雪村和花风护卫金库看守·恭子。逃离过程中，雪村得知了发生在自己的故乡·鸦森的灭族事件的真相就在恭子脑中。另一方面，月城出现在雪村不在的古书店，将某种药交给了浅阳。

下令杀害金库看守的人是仁，这同时也是庆喜的旨意。看着心情郁闷的雪村，月城暗示复仇会令浅阳遭遇危险，并建议雪村与她分开。内心动摇的雪村于是暗下决心。与此同时，月城查出叛徒是清扫人。雪村·月城·花风三人约见清扫人。

带走浅阳的人是仇敌·蛇野目。而赶去救援浅阳的雪村被仁强行拦下。仁在逃跑过程中，身上背着的雪村却被叛徒·月城给劫走。被带到蛇野目的大本营的雪村，终于见到了蛇野目。于是情绪激昂的她便向对方拔出了刀刃。

雪村选择与哥哥.健一同赴死。但健向她暗示浅阳的存在，并为了保护雪村而死。带着浅阳逃出敌人老巢的雪村虽大仇得报却也失去了哥哥，内心深受丧失感的折磨。此时得知自己怀孕的花风决心脱离组织。雪村被其勇于向未来迈进的身姿所打动，却在隔天早上发现了她的尸体。

让雪村吞下的毒药其实是令人陷入假死状态的药。浅阳想起了月城的建议，于是欺骗众人，为了让雪村逃脱而竭尽全力。此时庆喜召见仁，命他夺回月城带走的新药，并献出拥有蓝血，也就是新药的制造材料的雪村。

雪村和浅阳逃往偏远地区，在废弃寺院之主.凛子的照顾下过着安稳的生活。另一方面，仁抓住了反体制派的轰，得知月城正在寻找剩馀的机密文件。获得机密文件的月城为了传达鸦森一族灭门案的真相而拜访废弃寺院，却在看到有气无力的雪村之后大失所望。月城注视着散发着蓝光的，蛇野目的新药。

变成野兽异形的月城与雪村交手。在经历一番苦战之后，雪村抓住了结果月城性命的机会。不过此时她想起与浅阳立下的“不再杀人”的约定，并陷入犹豫之中。看到雪村对自己并不关心的月城感受到了孤独。此时一道黑影如疾风般掠过，残酷的现实在雪村面前展开。

仁命令雪村回到行刑人的岗位，并回到了东京。出现在犹豫不决的雪村面前的人是废弃寺院之主·凛子。她原来也是鵺的行刑人。与凛子一同造访了自己的故乡的雪村，为了完成幸存者的职责而前往东京。即便对政府的反感日益高涨，古书店依然一切如旧，雪村在其中找到了月城所藏匿的机密文件。其中记载了鸦森一族事件的真相。

十八年前，侍奉于庆喜的蛇野目反复进行着残酷的实验。而身为实验材料的年轻的仁，因为其旺盛的求生欲望而被选为鵺的行刑人。仁向庆喜效忠。时过境迁，蛇野目背叛庆喜。仁被任命为曾是研究对象的鸦森一族的警卫。任务执行中他遇到雪村的母亲·翔和，并喜欢上了她的纯真。可庆喜却无情地下达了抹杀鸦森一族的命令。

雪村向仁发出质问，却被庆喜找到了藏身处。仁丢下一句“二十四时在不忍池等你”，并放走了雪村。逃跑的雪村与本以为已经死去的花风再会，并从地下道逃脱，然而受庆喜之命前来追捕的凛子却袭击了她。逐渐被逼入绝境之后，下定决心的雪村打倒了凛子。雪村与风花一起回到古书店后，又遇上了一个熟悉的面孔。

民众对庆喜的反感空前高涨，城下一片狼藉。前去找庆喜算账的雪村被化身为野兽异形的仁带走。两人向彼此倾吐衷肠。背负着雪村的心愿，仁为了终结一切而前往东京城。不得不让仁完成自己未尽之事的雪村虽然心怀不甘，但还是带着对未来的憧憬向浅阳的所在之处进发。