万米高空中的飞机被劫机了。少年．君冢君彦被自称是侦探的谜样少女．希耶丝塔指名为助手，一同前往驾驶舱。驾驶舱中一位自称代号叫蝙蝠的男人挟持机长为人质，要求希耶丝塔推理出他劫机的理由。

与希耶丝塔死别后1年，君冢已完全沉浸在日常生活之中，有天同年级的少女．夏凪渚出现，委托他协助寻找身分不明的人物Ｘ。君冢为了完成她的委托请求加濑风靡警官的协助，风靡带他们来到监狱，在此，君冢与过去决一死战的对手．蝙蝠再度见面。

「斋川在说谎。」君冢看穿犯人真正目的不是宝库仓库中的蓝宝石项链，而是斋川本人，因而在巨蛋演唱会当天与夏凪一同赶往会场。两人在演出正热烈的会场中搜寻潜身其中的犯人，但却徒劳无功。君冢越来越焦急，关键时刻也一步步地逼近了

故事的舞台为一年前。当时连续发生人类的心脏被啃食的诡异事件。希耶丝塔和君冢察觉事件是秘密组织SPES的成员地狱三头犬引起的，于是订定了诱饵搜查计画。担任诱饵的君冢制伏闯入全黑房间的人影，却发现来人竟是崇拜希耶丝塔的少女．夏露。

希耶丝塔和君冢成功战胜忽然现身的SPES最高干部．海拉，然而希耶丝塔也在战斗中受了要静养２周才能治好的伤势。君冢出门买东西时在小路中遇见睡在纸箱中的少女．爱莉西亚。一问之下才发现原来爱莉西亚没有至今的记忆……

君冢得在希耶丝塔疗养期间陪成为代理侦探的爱莉西亚一起寻找「蓝宝石之眼」。时光飞逝，３人一起来到餐厅庆祝希耶丝塔康复，希耶丝塔说希望君冢实现说好的补偿，朝他递出了玻璃杯…喝着喝着天色也越来越晚，回到房间后，希耶丝塔拍拍床铺对君冢说「你过来这边坐嘛」……

君冢、希耶丝塔和夏露三人为了救回爱莉西亚，终于抵达SPES的大本营。君冢和夏露与希耶斯塔分两路行动，与SPES的首领「席德」对峙，并且得知SPES的真正身分。与此同时，希耶丝塔再次见到海拉，尝试要抢回爱莉西亚。

虽然好不容易救出了夏凪，但君冢不得不与变色龙对峙面对敌人的猛攻。好不容易在夏露助阵下将敌人逼入绝境，但变色龙一击打穿甲板，将君冢一同摔入船舱。意识蒙胧中，君冢想起与希耶丝塔死别那天的记忆……。

就在君冢的拳头和变色龙交会的刹那，从天花板射出的子弹贯穿了变色龙。毫无疑问是“名侦探”。

“你做我的助手吧。”

时隔4年的呼唤，让君冢想起了万米高空那令人怀念的记忆。名侦探和他的助手一边讲述着过去的故事，一边把枪口对准了变色龙。