Ultraman 80, un extraterrestre, arrive sur Terre comme nouveau membre de la "Ultra Space Garrison" et prend la forme civile de Takeshi Yamato.

Au même moment, d'horribles monstres commencent à surgir un peu partout sur notre planète et Yamato pense que ceux ci naissent de la méchanceté et de la tristesse des humains, mais aussi bien entendu de la pollution accumulée sur notre planète. Le héros trouve un poste de professeur, enseigne les sciences et va rapidement se lier d'amitié avec ses étudiants.

Parallèlement après ses cours, il rejoint l'UGM (un groupe de défense terrienne qui surveille et prévient de l'apparition de nouvelles créatures) dont il se fait remarquer pour ses croyances sur le retour de monstres...

Gardant son identité secrète au maximum, Yamato redevient Ultraman pour ainsi combattre les abominations qui mettent en péril l'humanité.