조각난 우주의 공허에서 소닉을 급습하는 섀도우. 그린 힐이 파괴된 일로 라이벌인 소닉에게 정면으로 맞선다. 그리고 제 손으로 직접 사태를 해결하려 한다.

카오스 위원회가 보스케이지의 프리즘 파편을 찾아 나선다. 그 사실을 안 소닉은 곧 깨닫는다. 숲을 파괴하는 로봇을 막을 방법은 오직 한 가지, 맞서 싸우는 길뿐이라는 것을.

드레드 선장의 선원들을 구하고 파편을 탈환해야 하는 상황. 이를 위해 소닉은 특기를 살려 재빨리 행동해야 하는데. 다행히 뜻밖의 협력자가 도움의 손길을 뻗는다.

소닉의 신의를 의심하는 드레드 선장의 선원들. 그렇게 친구가 순식간에 적이 되고 만다. 얼마 뒤, 파편의 소유권을 놓고 바다 한복판에서 싸움이 벌어지는데.

그 어느 때보다 강력해진 모습으로 뉴요크 시에 돌아온 카오스 위원회. 저항군 세력을 어둠 밖으로 끌어내어 자신들의 본거지에서 싸움을 벌이도록 유도한다.

소닉이 제대로 적수를 만났다. 상대는 소닉을 본떴지만 절대 실패하지 않게 만들어진 로봇, 카오스 소닉. 한편, 카오스 위원회는 그들의 제국을 확장하기로 하고.

조각난 세상 중 하나에 패러독스 프리즘을 복구할 열쇠가 있다. 하지만 나인과 소닉은 과연 파편을 그곳까지 무사히 옮길 포털을 찾을 수 있을까?

패러독스 프리즘을 다시 조립하는 나인. 그사이 섀도우와 소닉은 카오스 위원회와 싸우며 시간을 번다. 하지만 이들이 미처 예상하지 못한 거대한 적이 기다리고 있었으니.