패러독스 프리즘과 충돌한 소닉, 뉴요크 시라는 평행 세계로 떨어진다. 활기 없고 어두침침한 이곳. 그런데 모든 게 이상하게도 낯이 익다.

동력 공급이 중단된 틈을 이용해 두 저항군 병사가 실험실에 잠입한다. 이곳에서 카오스 위원회는 소닉과 에너지원의 연관성을 조사 중이다.

저항군들은 프리즘 파편을 사수하기 위해 카오스 위원회와 싸운다. 소닉은 그의 세계를 산산조각 낸 사건에 대해 충격적인 사실을 깨닫게 되는데.

이번에 도착한 곳은 보스케이지 메이즈라는 세계. 여기서 소닉은 나무에 사는 버전의 친구들을 만나게 되는데. 이들은 정글에 괴물이 산다고 소닉에게 경고한다.

원래 차원의 세계로 되돌아가는 길을 찾아야 하는 소닉. 하지만 그러려면 친구들과 전쟁 중인 정글의 괴물과 싸우고 강력한 프리즘 파편을 손에 넣어야 한다.

뉴요크 시로 돌아온 소닉. 나인에게 저항군에 합류하라고 간절히 설득한다. 하지만 나인은 새로운 집을 짓는 데만 열중할 뿐.

열대의 ‘노 플레이스’에 도착한 소닉. 이곳에서 우호적인 해적들과 수수께끼의 파티광 선장을 만나게 되는데.

프리즘 파편을 향해 질주하는 소닉과 친구들. 그런데 파편을 차지하려는 이들이 또 있었다. 이 경쟁에서 이길 방법은 단 하나. 더 빨리 가야 한다!