ชาโดว์ดักเจอโซนิคในเดอะวอยด์ของแชตเตอร์เวิร์สเพื่อประจันหน้ากับคู่แข่งของเขาที่เป็นต้นเหตุให้กรีนฮิลล์ถูกทำลาย และตัดสินใจลงมือจัดการเรื่องนี้ด้วยตัวเอง

ขณะที่สภาเคออสออกตามหาชิ้นส่วนปริซึมในพงไพร โซนิคก็ตระหนักว่าการเปิดศึกปะทะเป็นหนทางเดียวที่จะหยุดยั้งไม่ให้พวกหุ่นยนต์ทำลายป่าแห่งนี้

โซนิคต้องอาศัยความเร็วที่ตัวเองถนัด เพื่อช่วยชีวิตลูกเรือของกัปตันจอมโหดและชิงชิ้นส่วนคืนมา แถมยังโชคดีได้รับความช่วยเหลือจากพันธมิตรผู้ไม่คาดคิดด้วย

เพื่อนต้องกลายมาเป็นศัตรู เมื่อลูกเรือของกัปตันจอมโหดคลางแคลงความภักดีของโซนิค จากนั้นการต่อสู้กลางทะเลก็ปะทุขึ้นเพื่อแย่งชิ้นส่วนมาครอง

สภาเคออสกลับมาที่เมืองนิวโย้กด้วยพลังที่แข็งแกร่งกว่าเดิม จนกลุ่มกบฏต้องก้าวออกมาจากเงามืด และบุกเข้าไปโจมตีแบบซึ่งๆ หน้า

โซนิคเจอคู่แข่งที่สมน้ำสมเนื้ออย่างเคออสโซนิค หุ่นยนต์ที่ถอดแบบเขามาและตั้งโปรแกรมไว้ไม่ให้ทำงานพลาด ขณะที่สภาเคออสตัดสินใจขยายอาณาจักรออกไป

ขณะที่ไนน์กำลังประกอบพาราด็อกซ์ปริซึม ชาโดว์และโซนิคต้องสู้กับสภาเพื่อถ่วงเวลา แต่ดันเจอเซอร์ไพรส์ใหญ่ที่ไม่คาดคิด