En percutant le Prisme du Paradoxe, Sonic se retrouve propulsé dans un monde parallèle appelé Néo Yoke City, dont l'environnement terne semble étrangement familier.

Profitant d'une panne de courant, deux rebelles infiltrent un laboratoire où le Conseil du Chaos étudie l'étrange lien entre la source d'énergie qu'il détient et Sonic.

Les rebelles affrontent le Conseil du Chaos pour récupérer le fragment de prisme. Sonic fait ensuite une terrible découverte sur les événements qui ont brisé son monde.

Dans une dimension appelée le Dédale Bosquet, Sonic rencontre des versions arboricoles de ses amis, qui le mettent en garde contre un monstre vivant dans la jungle.

Pour retourner dans la bonne dimension, Sonic doit combattre le monstre de la jungle, qui a déclaré la guerre à ses amis, et récupérer le puissant fragment de prisme.

De retour à Néo Yoke, Sonic tente désespérément de convaincre Nine de rejoindre la Résistance. Mais son ami s'est fixé une autre mission : bâtir un nouveau foyer.

Dans un coin tropical perdu appelé le Grand Nulle Part, Sonic rencontre une sympathique bande de pirates et son mystérieux capitaine, qui adore faire la fête.

Sonic et ses amis sont à la poursuite du fragment de prisme, mais ils ne sont pas les seuls à le chercher. Pour s'en emparer les premiers, il va falloir carburer !