패러독스 프리즘과 충돌한 소닉, 뉴요크 시라는 평행 세계로 떨어진다. 활기 없고 어두침침한 이곳. 그런데 모든 게 이상하게도 낯이 익다.

동력 공급이 중단된 틈을 이용해 두 저항군 병사가 실험실에 잠입한다. 이곳에서 카오스 위원회는 소닉과 에너지원의 연관성을 조사 중이다.

저항군들은 프리즘 파편을 사수하기 위해 카오스 위원회와 싸운다. 소닉은 그의 세계를 산산조각 낸 사건에 대해 충격적인 사실을 깨닫게 되는데.

이번에 도착한 곳은 보스케이지 메이즈라는 세계. 여기서 소닉은 나무에 사는 버전의 친구들을 만나게 되는데. 이들은 정글에 괴물이 산다고 소닉에게 경고한다.

원래 차원의 세계로 되돌아가는 길을 찾아야 하는 소닉. 하지만 그러려면 친구들과 전쟁 중인 정글의 괴물과 싸우고 강력한 프리즘 파편을 손에 넣어야 한다.

뉴요크 시로 돌아온 소닉. 나인에게 저항군에 합류하라고 간절히 설득한다. 하지만 나인은 새로운 집을 짓는 데만 열중할 뿐.

열대의 ‘노 플레이스’에 도착한 소닉. 이곳에서 우호적인 해적들과 수수께끼의 파티광 선장을 만나게 되는데.

프리즘 파편을 향해 질주하는 소닉과 친구들. 그런데 파편을 차지하려는 이들이 또 있었다. 이 경쟁에서 이길 방법은 단 하나. 더 빨리 가야 한다!

조각난 우주의 공허에서 소닉을 급습하는 섀도우. 그린 힐이 파괴된 일로 라이벌인 소닉에게 정면으로 맞선다. 그리고 제 손으로 직접 사태를 해결하려 한다.

카오스 위원회가 보스케이지의 프리즘 파편을 찾아 나선다. 그 사실을 안 소닉은 곧 깨닫는다. 숲을 파괴하는 로봇을 막을 방법은 오직 한 가지, 맞서 싸우는 길뿐이라는 것을.

드레드 선장의 선원들을 구하고 파편을 탈환해야 하는 상황. 이를 위해 소닉은 특기를 살려 재빨리 행동해야 하는데. 다행히 뜻밖의 협력자가 도움의 손길을 뻗는다.

소닉의 신의를 의심하는 드레드 선장의 선원들. 그렇게 친구가 순식간에 적이 되고 만다. 얼마 뒤, 파편의 소유권을 놓고 바다 한복판에서 싸움이 벌어지는데.

그 어느 때보다 강력해진 모습으로 뉴요크 시에 돌아온 카오스 위원회. 저항군 세력을 어둠 밖으로 끌어내어 자신들의 본거지에서 싸움을 벌이도록 유도한다.

소닉이 제대로 적수를 만났다. 상대는 소닉을 본떴지만 절대 실패하지 않게 만들어진 로봇, 카오스 소닉. 한편, 카오스 위원회는 그들의 제국을 확장하기로 하고.

조각난 세상 중 하나에 패러독스 프리즘을 복구할 열쇠가 있다. 하지만 나인과 소닉은 과연 파편을 그곳까지 무사히 옮길 포털을 찾을 수 있을까?

패러독스 프리즘을 다시 조립하는 나인. 그사이 섀도우와 소닉은 카오스 위원회와 싸우며 시간을 번다. 하지만 이들이 미처 예상하지 못한 거대한 적이 기다리고 있었으니.

패러독스 프리즘을 손에 넣은 나인은 더 그림을 자기만의 낙원으로 만들려 한다. 소닉과 섀도우가 나인을 설득해 그만두도록 만들 수 있을까.

소닉은 날개 달린 부하들을 거느린 나인과 맞서 싸우다가 도움이 필요해지자 뉴요크로 향하는데. 그곳에서 전혀 예상치 못한 인물과 동맹을 맺는다.

해적 세상이 무너지려 한다. 그 전에 해적들을 구하기 위해 노 플레이스로 달려가는 소닉. 그런데 나인이 패러독스 프리즘을 가동하기 위해 소닉의 에너지를 노린다.

전장에서 나인을 물리치려면 소닉은 모든 걸 통제하려 하지 않고 물러서는 법을 배워야 한다. 그 첫 단계는? 팀 전체에 주도권을 넘기는 것이다.

전장에서 가장 거대한 로봇을 무찌르고 나인에게 한 걸음 더 가까이 가려는 소닉. 그러려면 더 빠르게 움직여야 하고, 친구들의 도움도 받아야 한다.

소닉은 나인을 물리칠 중요한 열쇠가 될 새로운 능력을 발견한다. 그런데 나인의 군단은 끊임없이 쏟아지고, 이들은 한 가지만 노린다. 바로 소닉의 에너지를 빼앗는 것.

이타적인 영웅이 최후의 희생을 치르지 않는 한 현실은 끝나고 말 것이다. 하지만 희생한다고 한들 나인이 우주에 초래한 피해를 되돌릴 수 있을까?