西暦2058年、人類は太陽系から43光年も離れたイプザーロン系にまで開拓の手をひろげていた。新たに入植が開始されたイプザーロン系第３惑星クレアドを訪れた宇宙考古学者クレークは、驚くべき物を発見する。それは知的生命体が残したと思われる遺跡であった。クレークは軍司令に入植の一時中断を訴えるが、聞き入れられることはなかった。

異星人からの接触は唐突に始まった。クレアド衛星軌道上の第１ステーションが、謎の機動兵器に攻撃されたのである。迎撃した地球軍の機動兵器“ラウンド・バーニアン”は、その圧倒的な戦力の前に敗北してしまう。

やがて、侵攻は地上にまで及んできた。入植者の子どもであるロディ・シャッフルとフレッドの兄弟は、学校でこの非常事態を知らされる。民間人はシャトルで第２ステーションヘ避難することになり、ロディたちは転校生の少女ぺンチ・イライザとともに宇宙港へ向かう。だが、そこにも異星人の機動兵器“ARV”ウグが襲ってきた！

ロディたちは何とか最後のシャトルに乗ることができたが、そこヘ敵が迫る。地球軍のラウンド・バーニアンの活躍で無事飛び立ったものの、ロディたちは両親と離れ離れになってしまった。先行きを不安に思うフレッドやペンチ。そして、そのシャトルにはクレーク博士と助手のケイト・ハザウェイが乗り合わせていた。あの謎の遺跡とともに……。

無事に第２ステーションに到着したロディたちは、ステーションに係留されている地球軍の練習艦“ジェイナス”に乗り込んだ。軍は、このジェイナスで民間人を第４惑星ベルウィック星に避難させようとしているのだ。ベルウィック星には数万人の地球人が入植している。そこまでたどり着けば、安全になるに違いない。

ロディたちは、艦内で学校の先生ミセス・ロビンソンに再会する。ロビンソンは艦内で避難してきた子どもたちを捜していたのだ。だが、発進を前に異星人が第２ステーションにまで侵攻してきた。ミセス・ロビンソンを始めとする民間人も戦闘配置につかねばならない。ロディたちは、艦内の食堂に案内された。そこで歳の近い子どもたち（スコット・ヘイワード、クレア・バーブランド、マキ・ローウェル、シャロン・パブリン、ケンツ・ノートン、マルロ・jr・ボナー、ルチーナ・プレシェット）と知り合うことになる。

やがて、激化する戦闘により、地球軍のRVは次々と撃破されていった。さらにジェイナスの艦長が戦死してしまう。艦内にいあわせた人々の手でジェイナスは緊急発進する。しかし、そこへ思わぬトラブルが起こった。ミリタリーマニアの少年ケンツが、艦中央部の無重力バレルに落ち込んでしまい、電気系統がショートしてしまったのだ。

ケンツはクレークに助けられ、艦は敵軍からも逃げ延びることができたものの、すでにミセス・ロビンソンを始め、多くの命が失われていた……。

異星人との戦闘によってジェイナス乗組員の命が多数失われ、残された民間人たちが戦闘配備につかねばならなくなった。年端のいかない子どもたち、スコット、ロディ、マキ、フレッドたちも、クレークやケイトとともにメインブリッジのオペレーターをつとめることになった。

やがて、異星人が再び攻撃してきた。生き残った軍人の中でもっとも高位の中尉もRVで出撃していく。しかし圧倒的な戦力の前に味方機は次々と撃墜されていった。ジェイナスのメインコンピュータのボギーは、生存確率を0.29％と計算する。その数字に絶望するスコット。だがその時、中尉のRV“バイファム”が意外な行動に出た。ジェイナスのその後をクレークにまかせて、敵艦に特攻したのである。

中尉の犠牲によって敵艦は退却し、ジェイナスは救われた。そして、同じくベルウィック星へ避難しつつある他の船からの連絡が入った。通信に出たのはクレアの父・バーブランド大佐である。だが、詳しい話もできずに通信は打ち切られてしまった。それでもこの通信により、子どもたちは他の船に乗ったであろう両親の無事を確信するのだった。

多くの乗組員を失いながらも、ジェイナスはベルウィック星に到達した。両親に会えると喜ぶ子どもたち。だが、ベルウィック星も異星人の攻撃を受けていたのである。連絡のとれないまま、軌道上の第２ステーションヘ向かうジェイナス。クレークらが調査に向かうが、そこには誰もいなかった。残存酸素も生体反応もなく、不思議なことに遺体すらも見あたらなかった。

その時、砲座についてはしゃいでいたケンツがステーションを誤射してしまった！　衝撃で開いたドアの向こうに、クレークたちは救命カプセルを発見する。

回収されたカプセルの中には二人の子ども、カチュア・ピアスンとジミー・エリルが眠っていた。カチュアたちにもベルウィック星の詳しい状況はわからない。ジェイナスに残された二人の軍人は、地表に偵察に向かい、そのまま連絡が途絶えてしまう。クレークは12人の子どもたちを連れて地上に降りることを決意する。

そして、ベルウィック星の主要基地のひとつであるアゾレッグ基地で彼らが見たのは、異星人のARVウグと戦う地球軍のRVディルファムであった。かろうじてウグを撃退したディルファムの姿に喜ぶ子どもたち。そのディルファムから降りてきたのは、バーツ・ライアンという少年であった。

アゾレック基地に落ち着いた子どもたち。クレークはベルウィック星の各地に連絡をとろうと試みるが応答はなく、一纏の望みをたくして、ベルウィック星の軍本部ジワイメルウ基地へ単身で向かうことにする。その間、子どもたちは自分たちの身を守るため、RVの操縦訓練を始める。だが、はりきったケンツがディルファムを横転させてしまい、先が思いやられるのであった。

一方、クレークは無事、ジワイメルウ基地に到着した。地下に退避していた基地の人々に会い、司令官のベロア大佐に面会して、民間人がすでに地球に避難したことを知らされる。だがそれにとどまらす、衝撃の事実ももたらされた。かなり以前から、異星人はベルウィック星、クレアド星の先住権を主張していたのである。異星人の要求を軍が秘密裏に拒否し続けていたことを知り、クレークは戦いの回避を訴える｡しかし、その言葉がベロア大佐に聞き入れてもらえることはなかった。クレークは子どもたちを地球に送り届けてもらう約束をとりつけ、ケイトに連絡をとる。だがアゾレック基地への帰路、クレークの乗った輸送機は異星人に撃墜されてしまうのだった。

RVのシミュレーションを続けていた子どもたちは何も知らず、ジワイメルウ基地との連絡がとれたことを喜んでいた……。

クレークからの連絡が途絶えた。ケイト、ロディ、バーツは最後の連絡があったバルチカンヘ捜索に向かう。道中、自分がひとりでベルウィック星に残された事情を語るバーツ。　湖畔での夜営中、ロディはバーツとともにケイトの水浴びを覗いてしまう。その光景が目に焼き付いたロディは、眠れすにバーツと水浴びをして、今度は逆にケイトに裸を見られてしまう。ロディとバーツの間には、男同士の友情が芽生える。

翌日。３人はクレークの乗っていた輸送機の残骸を発見した。だが、その残骸は異星人に調査されている最中であった。ロディたちは、はじめて異星人の姿を目撃する。その外見が地球の人間とまったく変わらないことに驚くのだった。

やがて、ロディたちは異星人に発見され、ARVジャーゴに襲われる。危機一髪の所を救ったのは、ジワイメルウ基地のディルファムであった。彼らもロディたちと同様、消息を絶ったクレークらの輸送機の捜索に来たのだ。バーツは、自分たちとアゾレック基地に残っている仲間の救助をディルファムのパイロットに頼む。しかし捜索以外の命令を受けていないパイロットはその願いを退けた。非情な言葉にバーツは怒りを覚える。

ケイトが輸送機から見つけだせたのは、クレークのカバン…そして二人で写した写真だけであった。

クレークの遺品を回収したケイトたちがアゾレック基地へ帰ってきた。マルロの無邪気な言葉に、博士の死を実感したケイトは悲しみに沈む。無線封鎖で基地とは連絡がとれず、すぐに助けには来ないことを知り、ショックを受ける子どもたち。

ケイトは、クレアとマキに自分の気持ちを打ち明ける。クレークが死んで、自分の本当の気持ちに気づいた。クレークを愛している、と……。

ロディたちは覚悟を決めて、異星人と戦う準備を始める。そこへ、異星人の輸送船がやってきた。しかし、ジワイメルウ基地の軍本部は動こうとしない。子どもたちはいちばん年長のスコットを指揮官として、自分たちの身を自分で守ろうと決意する。銃やバズーカを手に、それぞれに迎撃準備する子どもたち。そんな中、基地内の探検に出かけたルチーナが行方不明になっってしまった。やがて、基地の上空に静止した輸送船は、謎の物体を降下させる。それはARVバザムであった。ルチーナを見つけたロディは、敵に見つからないように身を潜める。センサーを伸ばして、基地内を調査する敵ARVバザム｡異星人はロディたちには気づかず､コンピュータのデータキャビネットだけを回収して去っていった。

結局、軍司令部は最初から最後まで沈黙を守り続けた。無事に指揮官の任を果たし、安心するスコットは、軍が自分たちを見捨てるはすがない、と信じ続けるのだった。

異星人の襲来に備えて、RVのシミュレーションを続けるロディとバーツ。二人は次第に腕を上げていった。しかし、背が足りないせいで訓練させてもらえないフレッドとケンツは不満そうだ。

子どもたちはそれぞれに分担して仕事をしていたが、持ち場を離れたフレッドとケンツは格納庫に忍び込む。RVのコクピットのフットペダルに取り付ける、高ゲタを自作しようとするフレッド。だが、うまく作れずにモタモタしていると、シャロンが手を出してきた。おばさんの家がジャンク屋だったというシャロンは、鮮やかな手際で高ゲタを作ってみせる。他の子どもたちに怪しまれないよう、食事を済ませるフレッドたちだが、バーツに見つかってしまった。意外にも、バーツはフレッドたちに協力する｡ついに完成した高ゲタを使って､ディルファムを始動させるケンツ。接近しつつある異星人のARV輸送機をやりすごさせようとしていたロディは、即刻ケンツたちの行動を止めさせる。

その夜、通りすぎたはずのARV輸送機が再びやってきた。ちょうどその時、フレッドが勝手にディルファムを操縦していた。高ゲタが壊れて暴走してしまう。ロディとバーツもディルファムで、その後を追う。なんとかフレッド機の暴走を止めたロディたちは、エンジンを切り、息を潜め、異星人から身を隠すのだった。

ジワイメルウ基地の軍本部からの連絡を待ち続け、１週間が過ぎた。軍を信じ続けてきたスコットの胸のうちにも、不安がつのる。貯蔵されていた食糧も残り少なくなってきたのだ。ついに禁を破り､スコットは自分が責任をとる…と通信を送ってしまう。だが、ジワイメルウ基地からの返信はなかった。それどころか、雷鳴が轟き停電するなか、通信を傍受した異星人の偵察隊がやってきてしまう。

異星人のARVジャーゴが２機、基地に接近する。ジャーゴは格納庫内のシャトルと、干してあった子どもたちの洗濯物を発見する。あせったケンツがバズーカ砲を発射してしまい、ついに子どもたちの存在が気づかれてしまう。追われるケンツを助けようとする子どもたち。ロディとバーツはディルファムで出撃する。だが、二人ともシミュレーションのようには、うまく操縦できない。ロディたちの危機に、フレッド、シャロン、マキもディルファムに乗り込んだ。いままさにバーツ機が撃破されそうになった時、フレッドたちもやってきた｡動揺した隙をつき､ロディはジャーゴを１機撃破する。もう１機のジャーゴは仲間を救出すると、アゾレック基地から去っていった。

戦闘の終わった後、ロディはかいま見た異星人の兵士のことを考えていた。自分だったら逃がさなかった、というケンツにバーツは応える。｢俺達は殺し屋じゃないんだ｣と……

アゾレック基地にたてこもっていることが、とうとう異星人に知られてしまった。ケイトは直接ジワイメルウ基地に行くことを決意する。同じく、バーツも一人でジワイメルウヘ向かう準備を進めていた。スコットの説得により、全員で軍本部に向かうことにする子どもたち。だが、ロディは一人だけ、シャトルで第２ステーションヘ向かうことを主張する。ジワイメルウ基地では、軍に保護してもらえる代わりに、大きな戦闘に巻き込まれる可能性も高い。子どもたちは完全に二派に分かれ、バーツやケンツらは自分たちだけでジワイメルウ基地に出発してしまう。バーツを説得するため同行するケイト。ロディはシャトルのコクピットで出発の準備をする。

そこへ、ついに軍本部からの連絡が届いた！　ジワイメルウ基地は異星人からの攻撃で壊滅しつつあった。子どもたちを救助に向かった部隊まで、交戦中だという。スコットは、あわててバーツに連絡をとろうとするが、通信がつながらない。スコットとロディはバーツらを助けに向かう。一方、バーツらも基地が壊滅したことを知っていた。そして、そこへ異星人が襲ってきた。中型艦に追われるバーツたち。バーツは一人、囮になって異星人の目を引きつける。そこへ駆けつけたスコットとロディは、ミサイルを中型艦に命中させた。ふたたび、ひとつにまとまった子どもたちは、地球行きを決意する。

ついにアゾレック基地から出発する時がきた。子どもたちは協力して、シャトル発進の準備をする。意外にもシャトルに関して知識があったカチュアに助けられながら、用意は整っていった。出発を直前にして、ジミーが基地の滑走路に大きな絵を描き出した。自分の顔を描いておけば、両親が見つけてくれるかもしれない。他の子どもたちもペンキを手に取り出す。ロディとバーツは、ディルファムで巨大な絵を描くのだった。

そしてシャトルは第２ステーションヘ向け発進した。シャトルからは､地上の絵がよく見える。やがて、シャトルたどり着いたそこは、カチュアにとって悲しい思い出の地であった。両親を乗せて発進したシャトルが撃墜される瞬間を彼女は目撃していたのだ。そして、おそらくはジミーの両親も……。カチュアはそのことをジミーに告げられなかった。

子どもたちはジェイナスのブリッジにやってきた。メインコンピュータのボギーにも異常はなく、地球への出発は問題なく思われた。しかし、ケイトにとってはクレークとともに研究した遺跡の方に、より深い関心があった。そしてカチュアは、なぜかその遺跡に見覚えがあった……。

ステーションの中へジミーが自分の荷物を取りに行った。両親の写真を見つけたジミーに、カチュアはそれを大事にするよう、語りかける。

スコットが全員を集めて、あらためてジェイナスで地球に出発することを宣言した。わすか14人でクルーとしてやっていくため、スコットがその編成を発表する。メインオペレーターのＡ班としてバーツ、クレア、フレッド、ペンチ。基本的にＡ班で航行し、Ｂ班として、ロディ、マキ、シャロン、カチュアが補助する。ケンツは格納庫の保安点検係、ジミー、マルロ、ルチーナは荷物管理。子どもたちは、ぞれぞれに出発への決意を新たにする。

しかし、現クルーのままでは100パーセント出発不可能と、メインコンピュータのボギーは算出した。衝撃を受けるスコット。何か可能性はないか、カチュアはボギーに質問を繰り返した。その結果、サブコンピュータにクルーの不足分を補わせることで、出発可能であることが判明する。

出発を前に、バーツたちはジェイナスの針路を塞ぐ鉄骨の撤去作業にとりかかる。ウェアパペットと宇宙服で艦外に出たロディ、バーツ、マキであったか、撤去は不可能だった。そこで、ロディたちはバイファムで撤去を行う。その頃、ケイトは周囲に緑を発生させる遺跡の不思議な作用に気がついていた。

そして、すべての準備が完了したジェイナスは、ついに地球へ向けて発進する……。

ベルウィック星第２ステーションを発進して、６日が経過した。順調に地球への航行を続けるジェイナス。

RVのチェックを終わらせたロディとバーツは、スコットに船外活動の許可をとる。命綱をつけて、船外に出るロディのバイファムと、バーツのネオファム。

一方、謎の遺跡を分析していたケイトは、熱操作反応によって植物の成長を促進させる機能が備わっていることを知る。その遺跡がクレアド星にあったということは、異星人がクレアド星の自然を再生しようとしていたことを意味している。ならば、クレアド星を汚染したのも異星人、そして彼らこそが先住者なのだろうか！？

スコットに内緒で射撃訓練を始めるロディとバーツは、宇宙の広さを実感する。順調な訓練に気をよくした彼らは命綱を切り離してし、そこへ敵ARVルザルガが攻めてきた。バーツの機体が被弾し、ロディは仇とばかりに立ち向かう。マキがパペットファイターで出撃し、ケンツとシャロンが砲座で迎撃する。それぞれが勝手な行動をとりながらも、なんとかルザルガを撃破することに成功した。

戦闘の後、彼らは宇宙をただよう宇宙船の残骸を見つける｡幽霊船にも似たその姿に､子どもたちは不安を覚えるのだった……。

地球へ急ぐジェイナスの旅路は順調だった。そんな船内で、ペンチが書いていた詩を、シャロンが勝手に読み上げてしまう。泣き出してしまうペンチ。みんなに責められて、シャロンは渋々あやまった。

そんな時、漂流する小型船が発見された。救難信号を出しているにも関わらず通信に応じない船に疑問を持つ子どもたち。ロディとバーツは、正体がわからないまま、小型船をジェイナスに収容する。

小型船に乗っていたのは、瀕死の重傷を負った男であった。男を治療したケイトは、どこかが地球人と違うように感じる。その男性に父の面影を見て、懸命に看病するペンチ。彼に助かる見込みがないことを、ケイトは告げることができなかった。

やがて、男は意識をとり戻した。ペンチは男の前で、両親を思って書いた詩を朗読する。しかし、男の関心はカチュアに向けられていた。悲しむペンチ。男は、ケイトにだけ何事かを告げる。その言葉は、ケイトに深い衝撃を与えた。

そこへ異星人が襲来した。男は、異星人が追っているのが自分であり、囮になると言い出した。そして、自分は子どもたちが敵と思う異星人＝ククトニアンであると明かすのだった。異星人の男・ラレドは、ペンチに感謝の言葉を告げると、ひとり敵の中へ突入していった……。

ラレドの死以来、悩みを抱えたケイトは、酒に逃避するようになっていた。

ククトニアンは人工増加のため、母星ククトからの移民を計画していた。クレアド星とベルウィック星へ。しかし、そこへやってきた地球軍が、民間人の研究者中心だった入植者を殺害したのだ。ラレドは、ククトニアンの中にあって和平を願うものだという……。ケイトはラレドの残したそれらの言葉を信じがたく思いながらも、相談する相手さえもいず、事実の重さに耐えかねていたのだ。

ケイトの部屋へ、心配したロディが訪れた。酒が体に良くないと言うロディに、ケイトは子どもにはわからない、と拒絶する。食事を運んできたクレアは、ケイトの部屋でラレドの残したメッセージ・テープを聞いて、もうひとつの真実を知ってしまう。なんと、カチュアが異星人ククトニアンだったのだ。クレアはマキに相談し、それを立ち聞きしたシャロンがみんなに話してしまう。

子どもたちはカチュアをめぐって、ケンカを繰り返す。ケイトは、ついにラレドの言葉を全員に伝える。そこで、ベルウィック星を脱出した地球の民間人がククト星の衛星タウトに捕らわれていることが明らかになる。子どもたちは悩む。このまま、地球に向かうべきか、それとも……。そして、カチュアは自分の境遇に思い悩む。

子どもたちは全員で会議を開いた。このまま地球に向かうか、それとも囚われの両親を救うべく、タウト星に進路を変えるか……。みんながタウト星に向かうことを望んだ。しかし、カチュアだけは会議に参加しなかった。自分が異星人であることに悩むカチュアは、これ以上みんなと一緒にいられないと、小型艇でジェイナスから飛び出してしまう。

ケイトは思い悩んでいた。子どもたちの親を取り戻すことなど、できるわけがない。だがカチュアが飛び出したことを知り、ケイトは決意する。大人としての責任を果たそう､と。ケイトのパペットファイターとロディのバイファムが、カチュアを連れもどすために発進した。そんな中、ケイトはロディに語りかける。もう、お酒に逃げたりしない、と。

そこへ異星人が襲撃してきた。怖がるカチュアを励ますケイト。彼女が異星人であることにこだわり続けてきたケンツも、カチュアを助けようとする。ロディやケイトたちに迫る３機のウグ！　バイファムは必死に応戦するが、たった１機では防ぎきれない。ケイトはカチュアを説得してジェイナスに帰らせると、ロディとともに異星人に立ち向かった。隙を見て帰艦しようとする二人。だが、ジェイナスを目前にケイトの機体が被弾した。炎を吹き上げる機体から、ケイトは子どもたちに語りかける。爆発する光に向かって、ロディは泣き叫ぶ……。

13人の子どもだけが残されたジェイナス。子どもたちは、それぞれに深い悲しみを感じながらケイトのお葬式を行う。

ジェイナスはタウト星へ軌道変更の準備を進めていた。自分にもわからないいらだちを感じるロディは、悲しみを忘れようとするかのように仕事に打ち込む。だが、自分を抑えられずスコットたちと衝突したロディはカチュアを責めてしまう。なぜ、あの時、飛び出したりしたんだ！　なぜ、異星人だったりしたんだ！

だが、その言葉は自分と同じように傷ついていたカチュアをさらに苦しめることになる。そのことに気づいたロディは、かつてのケイトと同じように酒におぼれようとする。

ジェイナスヘ接近する大型艇の残骸が発見された。一刻も早く処理しなければ、接触してしまう。ケンツとバーツが処理に向かい、ロディが応援に出る。しかし、すべては罠であった。残骸内に３機のARVが隠れていたのだ。ジェイナスに向かったARVはバーツとケンツが倒し、残骸の中でロディは最後の敵と対決する。格闘の末、ARVガッシュを倒したロディのバイファムであったが、身動きがとれなくなってしまう。仕掛けられた爆薬の爆発まで、残り時間はわずか。その窮地を救ったのは力チュアであった。ロディは素直な気持ちでカチュアに礼を言う。

軌道変更も無事に終わり、ジェイナスは順調にタウト星に向かっていた。しかし、その艦内ではトラブルが相次いでいる。マルロとルチーナが火災報知器のスイッチを押し、艦内に落書きをする。しかし、そのイタズラによって､未発見の格納庫があることがわかった｡巨大なウェア・パペット用バズーカが発見され、ケンツは大喜び。シャロンとともに、船外で試射をはじめてしまう。だが、ケンツは反動でバズーカをジェイナスの外壁にぶつけてしまった。

一方、食事当番のペンチはマルロとルチーナに手伝いを頼む。すると、133人分もの料理が調理機から吐き出されてしまった。ペンチは自分のセット・ミスであることに気づきながら、正直に言い出すことができなかった。

相次ぐトラブルに、スコットはみんなをまとめていく自信を失ってしまう。もうキャプテンをやめる、スコットがそう言い出そうとした時、ペンチが艦内放送で自分の失敗を正直に告白した。ペンチが悪いわけじゃない。やらなければならないことか多すぎて、みんな疲れているんだ。誰もペンチを責めようとはしなかった。

気分転換だと、子どもたちはディスコ大会を開く。みんなの表情に笑顔が戻ってきた！　しかし、堅物のスコットだけは、これで本当にタウト星に行けるのだろうか、と悩むのであった。

ベルウィック星軌道を離脱して10日目、異星人の通信も傍受できるようになり、それはジェイナスが敵の勢力圏内に入りつつあることを示していた。

ジェイナスの行く手に謎の飛行物体が観測され、緊張が高まる。出撃準備をするロディとバーツ。だが、飛行物体はジェイナスに相対速度を合わせて、見かけ上、静止した。一時、緊張をとく子どもたち。その時、マルロとルチーナがブリッジにやってきた。無邪気に騒ぎたてる二人がカンに触ったスコットはつい、クレアに当たりちらしてしまう。ブリッジでの仕事と、マルロたちの世話、そしてスコットの無神経な言葉に疲れ果ててしまったクレアも我慢しきれず、怒りをスコットにぶつけてしまう。

にらみあいに耐えきれなくなったロディたちは、静止した飛行物体に接近していく。すると、物体がついに動きだした。しかし、それは罠であった。迫る敵のARVを、ロディたちはなんとか撃退する。

そんな中、マルロが高熱を出してしまう。イライラしたクレアにおびえて、一人で看病しようとするルチーナ。クレアは、そんなルチーナの姿に、自分の言動を後悔する。

戦闘の後、子どもたちは意味不明の敵の通信を解読する。ジェイナスの前方には、異星人の中継基地が存在したのだ。接触まで、あと25時間……。

ジェイナスがタウト星にたどりつくためには、前方にある中継ステーションを突破しなければならない。それには大きな危険がともなうが、もはや進路を変えることもできない。ステーションからの不正確なビーム攻撃も、スコットを苛立たせていた。

ステーション突破の作戦をめぐり、口論するスコットとロディ。より安全な作戦を調べるために、ロディたちはシミュレーションを行う。

しかし、スコットはその結果を聞ける状態ではなかった。過労から熱を出していたのだ。一同はカチュアに指揮を頼み、シミュレーションの結果を聞く。だが、もっとも確実な先制攻撃をかけた場合でさえ、安全性は高いものではない｡それでも彼らは中継ステーションヘ攻撃を開始する。ロディ、バーツ、マキ、ケンツの攻撃で、ステーション破壊に成功したが、その帰路を敵のARVが襲う。不慣れなカチュアの指揮で、混乱するロディたち。

その時、無理をおしてブリッジに上がってきたスコットが、指示を出しはじめる。その活躍で無事、ロディたちは危機を回避する。ヘトヘトになりながら帰還したロディやバーツは、スコットがリーダーにふさわしかったことを再確認したのであった。

中継ステーションを撃破して、ジェイナスはタウト星に向かっていた。だが、その後も敵からのビーム攻撃は続けられている。それもジェイナスをかすめることさえない、無駄な砲撃で……。カチュアは、ドッキングカーゴから発信されている謎のエクストラ力線が関係しているのでは、と考える。

その頃、船内ではシャロンとペンチがケンツの入浴を覗いていた。他人と一緒にお風呂に入らないケンツには、なにか秘密があるのでは、とバーツがつぶやいたためだ。ケンツの秘密、それはおしりの青アザであった。シャロンがそれをみんなに言い触らしてしまい、ケンツは姿をくらましてしまう。

スコットやロディたちは、カーゴに積まれている遺跡を調査する。ここからエクストラ力線が放射されているのではないか、と考えたためだ。ジミーは、遺跡に何か以前と変化があったように感じるのだが……。

ケンツを捜していたフレッドは、倉庫で彼を見つけた。フレッドに、倉庫に積まれていたヌード雑誌を見せるケンツ。そこへやってきたバーツが雑誌を独占し、ケンツたちを追い出してしまう。そんなケンツに、ジミーは自分のおしりを見せる。同じ青アザを見つけたケンツとジミーの問には友情が芽生えた。

一方、ヌード雑誌を読みふけっていたバーツとロディを捜しにきたスコットは、逆に、ひとり倉庫に閉じこめられてしまった。戦闘が終わった後、ヌード雑誌の山に囲まれた姿を見られ、スコットはシャロンに弱みを握られてしまう。

長い旅を続ける間に、ジェイナスの艦内では物資が不足しはじめていた。特に女の子たちにとって深刻なのは、下着の問題だ。

そんなジェイナスに、地球軍の艦が接近してきた。カールビンソン級駆逐艦レーガンだ。レーガンから送られてきた暗号通信に、ケンツが軍用コードを使って応える。だが、レーガンは続いて、航行中のジェイナスの任務を訊ねてきた。子どもだけでタウト星に向かっていることが判れば、地球に強制送還されてしまうに違いない。スコットはジェイナス艦長に変装して、通信モニターの前に座った。

ケンツが作ったニセの通信文を手に、レーガン艦長ローデン大佐と交信するスコット。しかし、惜しい所でボロが出て、バレてしまう。レーガンからは新型RV､トゥランファムが接近してくる｡仕方なく、乗り込んできたローデンらに、すべての事情を説明するスコットたち。ローデンはジェイナスを自分たちの指揮下に加えようとする。だが、銃を構えてまでタウト星に向かいたいと望む彼らの姿にうたれたローデン大佐は、後方部隊に、問題なしと連絡した。

ローデン大佐の好意で下着をはじめとする物資を補給してもらったジェイナスは、駆逐艦レーガンとともに、ふたたびタウト星をめざす。

レーガンの乗組員たちは、ジェイナスの子どもたちの行動に、あらためて感心していた｡航行をプロの軍人たちが担当するため､子どもたちは久々におだやかな時を過ごす｡この時間を利用して､捕虜救出作戦をたてるロディたち。

一方、スコットはクレアド星から運んできた遺跡を、ローデン大佐に見せていた。ひよっとして遺跡はジェイナスの守護神かもしれん、と語るローデン。

そして、駆逐艦レーガンから補給物資の第２陣が届けられた。その中には、最新鋭のRVも含まれていた。そこへ異星人の部隊が襲ってきた。データにない､新型ARVの部隊である。レーガンの乗員はジェイナスで迎撃しようとずるが、慣れない装備に戸惑う。ローデンの英断で子どもたちは迎撃準備をはじめる。その手際の良さに大人たちは驚かされる。

戦闘が開始された。しかし敵は有視界に入るまで攻撃してこない。ローデンは遺跡によって敵のレーダーが異常をきたしていることを悟る。それでも、かつてない規模の敵部隊に、歴戦のパイロットたちが搭乗する新型RV部隊も苦戦を強いられる。ローデン大佐は自らも出撃し、ジェイナスを子どもたちにゆだねた。大佐たちを救うため、続いて出撃するロディとバーツ。だが、大佐は二人をジェイナスに戻らせた。子どもたちは大佐の無事を祈りながら、タウト星への旅路をいそぐのだった……。

ケイトさんが残した記録テープをケンツが見つけてきた。みんなで聞いたそのテープには、クレアド星からの、不安をまじえたケイトの正直な気持ちが残されていた。ロディは、これから先もくじけずに進むことをケイトに誓う……。

ケイトさんの記録デープを聞いた夜、ロディはなかなか寝つかれずにいた。バーツとビールを飲みながら、二人はこれまでの旅のことを語り合う。バーツが酔いつぶれた後、ロディはケイトの言葉を思い出していた……。

ロディたちは、新型RV“トゥランファム”の操縦訓練に励んでいた。最新鋭機に搭乗できることに、大はしゃぎするケンツ。ロック・ミュージックをコクピットに流したりしては、ロディたちにあきれられる。やがて、両親が捕らえられているというタウト星が近づいてきた。子どもたちは、なんとか戦わずに接近できる方法がないか、情報を分析する。その結果、４つ存在するタウト星の監視衛星のひとつが、故障していることが明らかになった。航行速度を上げ、その衛星の側を通過しようとするジェイナス。しかし、他の監視衛星に発見され、ARVドギルムの部隊が襲ってきた。ロディたちは迎撃のため、発進する。

しかし、相変わらす浮かれまくっているケンツが、さらに別の監視衛星にも発見され、ピンチに陥ってしまった。だが、ジェイナスに積まれたままの遺跡が、エクストラ力線を放射する。力戦の影響で、次々と動きを乱していくARV。その機に乗じて、敵を撃破していくロディたち。さらに、監視衛星同士が衝突してしまう。あの遺跡は、ジェイナスにとって本当に守護神＝ガーディアンなのだろうか？

なんとか危機を脱したジェイナスは、ついにタウト星の至近にまで迫った。しかし、タウト星は依然として、不気味な沈黙を続けている。果たして、この星には何が待っているのだろうか？

監視衛星を撃破して、タウト星に接近するジェイナス。だが、相変わらずタウト星からは何の反応もなかった。探査ロケットＶＲＣの調査でも、事態は変わらない。ロディたちは、RVで偵察に向かった。しかし、敵はそれをこそ待っていた。発進してきたARVドギルムの部隊と交戦するロディたち。バ一ツやケンツも果敢に応戦する。その時、ロディは危険な賭けに出た。敵部隊の発進してきたハッチから、バイファムで単身、タウト星に侵入したのだ。

だが、内部にはARVズゴッホの部隊が待ち受けていた。多数の敵に包囲され、ロディは脱出ポッドで分離してまで戦うが、ついに捕虜となってしまう。

基地司令のもとに連行されたロディは、厳しい尋問にあう。両親の行方を必死にたずねるロディだったが、当然質問には答えてもらえず、さらに厳しい取り調べが行われた。地球軍の配備状況・戦力、そして彼らが何よりも知りたがっていたのは、ジェイナスに積まれている遺跡に関することだった。

やがて、ロディは牢に移された。そこで、同じように捕らわれの身となっているククトニアンのリベラリスト・グループのリーダーであるジェダと言葉を交わす。ジェダの言によれば、すでに地球人の捕虜は別の星に移された後だという。苦労してせっかく、ここまでたどりついたのに……。激しいショックを受けたロディは、失意のあまりに泣き叫ぶのであった……。

ふたたび､ジェダがロディに話しかけてきた。ククトニアンのすべてが戦いを望んでいるわけではない。多くのククトニアンが、この戦争を否定しているという。その言葉に、ロディは勇気づけられる｡また､ジェダは自分たちが脱走計画を企てていることを打ち明ける。

一方、ジェイナスでは連絡の途絶えたロディのことを、みんなが心配していた。カチュアは話し合いを求めようと、小型艇でタウト星に接近するが､ククトニアンに捕まってしまう。ロディとともに尋問を受けるカチュア。軍人たちは同じククトニアンであるカチュアに対しても、容赦のない取り調べを加えるのであった。

その時､ついにジェダたちの脱走計画が開始された。ロディとカチュアは隙を見て、取り調べ室から逃げ出すことに成功する。一方､ジェイナスもタウト星に起こった変化を感じ､バーツたちがRVで出撃した。なんと、スコットもバイファムに搭乗している。

ロディのバイファムが敵RVに包囲されたところに､ジェダたちのARVが駆けつけてきた｡そこヘバーツやスコットもやってきて､無事にロディとカチュアは帰艦できた｡大喜びするジェイナスのクルーたち。しかし、タウト星にはすでに両親がいないことを知り、彼らは深く打ちのめされるのであった……。

ジェダたちが占拠したタウト星で、ロディたちは両親の手がかりを探す｡だが､そんな彼らを物陰から監視するククトニアンの視線があった｡そんなことにも気づかないまま、収容所を調べていたロディたちは、ルチーナの母親が壁に残したメッセージを発見する。泣き出してしまうルチーナ。しかし、もうどうしようもない。

そこへ、ジェダたちがタウト星から退去することを伝えてきた｡地球の艦隊が接近してきているのだ。ジェダは地球人の捕虜がククト星につれ去られたこと、ジェイナスに積んである遺跡が、ククトニアンの兵器のコンピューターを誤作動させていたことなどを語って、去っていった。

やがて、地球軍の艦隊が到着した。ローデン大佐の艦隊である。ローデン大佐は、タウト星を前線基地にしようと考え、ロディたちにククト星宙域からの退去を命じる。だが､ククト星を目の前にしたロディたちにとっては、それは納得のできないものだった｡ローデン大佐の艦隊が運んできたRV用新装備スリング・パ二アーを、無断でバイファムやネオファム、トゥランファムに装着するロディたち。これがあれば､ククト星の大気圏内でも、自由に行動することができるのだ。たがその時､タウト星を奪回するため、ククトニアンの大部隊が進攻してきた！

タウト星を奪還しようとする、ククト軍の攻撃は激烈をきわめていた。ジェイナスはローデン大佐の艦隊が応戦している隙に、タウト星を出港することに成功する｡ところが､実戦に慣れておらず､遺跡による守護もない地球軍は苦戦を強いられている｡ロディはローデン大佐の艦隊に加勢することを主張した｡だが､それもむなしく、両軍は戦闘の被害を受けたタウト星の爆発に巻き込まれ、ともに全滅していった。

スコットは、直接ジェイナスでククト星の大気圏に突入することを決意する｡もちろん､外宇宙航行用のジェイナスが惑星上に降下すれば､二度と飛び立つことはできない。それでも、両親を助けだそうという子どもたちの決意は揺るがなかった。

しかし、ここしばらくのロディの無謀な行動の数々は､フレッドにとっては我慢できないことばかりであった。そんな弟の気持ちを察したロディは、フレッドを風呂に誘い、もう危ないことはしないと約束する。

そして、ついに大気圏突入の時がやってきた。だが、そこへ敵のARV部隊が襲ってきた｡ロディとケンツ､カチュアは迎撃に出て、突入前にジェイナスに戻ることができなくなってしまった。三人の乗るバイファムとトゥランファムはジェイナスから切り離したドッキング・カーゴで大気圏に突入することになるのだった……。

ククト星に着いたものの、ジェイナスとは別々の地へ降下してしまったドッキング・カーゴ。しかし、無事にジェイナスと連絡がとれ、、ロディ、ケンツ、カチュアの三人は合流地点へ向かう。

旅の途中、三人は初めて見るククト星の自然に心を奪われる。そして森の中で、クレアド星にあったのと同じ遺跡を発見した｡クレアド星もククト星も､実は過去に放射能で汚染された星であった。遺跡は、自然の回復を促進させる機能を持つものだったのだ。そのため、まだ回復途上にあるククト星に住むのは、軍人と実験体にされたリベラリストたちだけであった。ロディたちは､そんな軍人の部隊に発見されてしまう。

ククトニアンの部隊を指揮していたのは、タウト星でロディたちを監視していた男＝シド・ミューラァであった。ミューラァのARVデュラッヘは、スリング・パ二アーを装備するバイファムをしのぐ機動性を見せ､ロディたちを追いつめる｡なんとかミューラァの手から逃れたロディたちは、敵が調べていたジェイナスの残骸を発見する。これにより、ロディは自分たちの進む方向が間違っていないことを知った。

その夜､キャンプをしていた時､ロディは毒虫に指をかまれてしまう。カチュアは懸命にロディの指から毒を吸い出してくれた｡そんなカチュアの姿に、ロディは心ひかれるものを感じ始めていた……。

トラブル続きだったトゥランファムのスリング・パ二アーの修理を終えたロディたちは、ふたたびジェイナスの仲間たちのもとを目指す｡旅の途中で､彼らはククトニアンの古い博物館の跡を見つけた｡慎重にその中へ足を踏み入れたロディは、意外なものを発見して驚いた｡それは、太陽系や地球の模型である。ククトニアンは太古の昔から太陽系や地球の存在を知っていたのだ｡おそらくは地球人のことも……。

博物館の中で転がってきた球体に追われたケンツが、底無し沼にはまってしまった。ロディがロープを使って助け出すが､その沼にはジェイナスの破片も落ちていた。たが､その破片を見つけたミューラァの部隊が接近してきたために、ロディたちはまたも激しい攻撃にさらされた。スリング・パ二アーが直りきらないトゥランファムを逃がすため、囮になるロディのバイファム。だが、１機では歯が立たない。トゥランファムも引き帰してきて、雨の中で激戦が繰り広げられた｡ケンツとカチュアは､戦闘の中で機体を破壊されるが、なんとかポッドで脱出｡バイファムとともに、追手を振り切ることに成功する。

ポッドの燃料もそろそろつきようという時、ロディたちは見覚えのある絵が描かれた風船や旗を発見する。すぐに位置がわかるように、みんなが上げておいてくれたのだ。雨も上がり、晴れ渡った空のもと、13人はふたたび一緒になった……。

大気圏突入の際に離ればなれになった仲間たちと再会したロディ、カチュア、ケンツ。涙を流して喜ぶフレッド。ジミーとカチュアも互いを心配しあっていたことを語り合う｡そして、シャロンもケンツの靴を直してやるのだった。

しかし、ミューラァの部隊は執拗に彼らの後を追っていた。ジェイナスに積んである遺跡が発する力線を追跡するミューラァ。だが、すでに子どもたちは、同じ力線を出すダミーをあちこちにバラまいていた。

しかし、それで稼げる時間はそう多くはない｡ボギーがかろうじて作動しているものの、ジェイナスの破損も大きい｡仲間が全員そろったところで、スコットはジェイナスを捨てる決心をする。ロディはミューラァとの戦いの経験から、ジェイナスの外壁を切り取って、RV用の楯を製作した。

敵の偵察隊に発見されたものの、本隊に連絡される前に撃破した子どもたちは、ついにジェイナスとの別れを決心し、お別れパーティを開くことにした｡思い思いに楽しい一夜を過ごし、ボギーにさよならを告げた子どもたちは､翌朝出発した。トラックにはクレアド星の遺跡も積んである。

まずは、このククト星で唯一頼りになるジェダとの合流をめざし、トラックを進めるロディたち。だが、彼らはいつまでも名残り惜しそうに、これまで世話になった愛しい船の方を振り返り続けるのだった……。

ロディたちが出発した日の夜、ついにミューラァの部隊がジェイナスを発見した。だが、もちろん子どもたちの姿はなく、すべてのデータも封印された後であった。わすかな差で逃してしまったことを悔しがるミューラァ。

ジェイナスを脱出して、子どもたちはジェダのグループとの合流を目指していた｡彼らなら､きっと力になってくれるに違いない｡

旅の途中、トゥランファムで偵察に出たバーツとマキはククトニアンの廃虚を発見する｡バーツは､そこでマキに自分の家庭のことを話した。バーツの母は彼が幼い頃に亡くなり、やがて彼の父親は再婚した。だがバ－ツは父の新しい妻を、母と呼ぶことはできなかった。荒れた生活を送るバーツは、ある日、事故で大ケガをして大量の輸血を必要とした。自分の血を提供してバーツを救ったのは、彼が母と呼ぶことを拒否していた人だった。だか､彼女はそのためにお腹に宿っていた新しい命を産むことができなくなってしまったのだった……。

バーツは今度再会した時にこそ、彼女を母さんと呼ぼうと思っていた。バーツを励ますマキ。そこヘククトニアンの新兵器フローティング・タンクが襲ってきた｡二人は苦戦するが､救援に駆けつけたロディのバイファムの助けでなんとか敵を撃退するのだった。

ミューラァの部隊はさらに多くのフローティング・タンクを投入し、捜索の手を広げていた。RVで偵察に出たものの、うかつに動きがとれなくなってしまい、ロディやバーツは焦りを色濃くする｡

その時、トラックで移動しているグループの方にもトラブルが起こっていた｡朝食の準備をしている最中に、４人のククトニアンの子どもが現れたのだ｡子どもたちは、ケンツを人質として、食糧やバズーカを奪い、ジープで逃げていった｡激怒したシャロンは、スコットにトラックを運転させ、その後を追う。

バズーカをつきつけられ、ジープを運転するケンツは、レーダーにククトニアンの部隊の機影が写っていることに気づいた。だが､子どもたちは何故かククト軍から逃げるように行動する｡やがて、シャロンらが追いつき｢ケンツを返せ！」と子どもたちに迫るが、にらみあいになってしまう。そこへ敵のARVが攻撃してきた。

ARVは無差別に攻撃を加えてきて、ククトニアンの子どもたちもピンチにさらされる。RVで駆けつけてきたロディやバーツの活躍でなんとか撃破することはできたが、ククトニアンの子どもたちは、敵意のこもった目でロディたちを見つめるのだった｡果たして､彼らは何者なのだろうか？

ククトニアンの子どもたちが、なぜ軍に追われていたのか？　ロディたちは疑問に思うが、言葉が通じないため、その答は得られなかった。子どもたちは、提供された食事のお礼に、魚を捕りに出かける。だが、最年少のユウが川に流されてしまった。ロディが飛び込んでユウを助けたことから､彼らとの間にも友情が生まれた。

少しだけ言葉がわかるカチュアが通訳になって話してみると、彼らの両親も収容所に捕らわれていることがわかった。その夜、親睦のパーティを開いた後、一行は子どもたちの持っていた地図に従って、収容所をめざす。

旅の途中､男の子たちがそろって立ち小便しているところに、ククトニアンのパトロール部隊が襲ってきた。ロディたちはこれを撃退し、橋から落ちそうになっていたマキのバギーもククトニアンの子どもたちの協力で助かるのだった。

やがて、ロディたちは収容所の近くにたどりついた｡双眼鏡で調べたところ､地球人の姿は見えなかったが､ククトニアンの子どもたちの両親の姿を発見する。

収容所では、ククトニアンの子どもガイ、メル、ケイ、ユウの両親たちが強制労働をさせられていた｡彼らの両親は、リベラリストだったのだ｡たまらずに飛び出してしまいそうになるガイ。そんな彼らの姿を見て、自分たちと同じ気持ちなのだということを知ったロディたちは、収容所に捕らわれている人々の救出を決意する。

警備が手薄になった深夜、カチュアとメルが収容所に忍び込む。ロディたちがRVで襲撃し、混乱したところを脱出する作戦を、中の人々に伝えようというのだ。幸いにも、見つかったメルの父親が地球の言葉を話すことができたために、作戦は順調に始まった。

ロディたちの攻撃で､大混乱になる収容所｡そこへまたしてもミューラァの部隊が襲ってきた。脱出作戦を成功させるため、ロディは単身囮となって、敵をひきつける。その活躍で、リベラリストたちは無事に脱出し､ガイたちも両親と再会することができた｡シャロンたちは、喜ぶガイたちの姿を見て、うらやましくてたまらなくなってしまう。

一方､ロディのバイファムはミューラァの部隊に包囲され､危機に陥っていた｡スコットたちは､連絡の途絶えたままのロディのことを心配する｡まだ､多難な一夜は終わってはいなかった……。

ロディからの連絡は、３時間以上が過ぎても途絶えたままだった｡心配するスコットたちのもとへ､メルの父親がある提案を持ってやってきた｡ふたたび収容所を襲い、ここから脱出するための輸送機を奪おうというのだ｡ロディのことを心配しているこの時に、自分勝手な話だと怒ってしまうバーツ。だが、リベラリストたちの考えは、収容所を襲うことで敵の注意を引きつければ､ロディをも救えるというものだったのだ｡その言葉を聞いて、バーツは納得し、作戦に加わることを決意する。

共同作戦が始まった｡ふたたびの襲撃に収容所は混乱し、ロディを追いつめていたミューラァも引き返さざるを得なくなってしまった。リベラリストたちが敵のARVを奪い、形勢は有利になっていく。RVに乗っていない子どもたちも武器をとって援護する｡ロディのバイファムも応援に駆けつけ、無事輸送機を奪取することに成功した。

リベラリストたちは､子どもたちを連れ､宇宙コロニーに向かおうとしていた。だが､それはせっかく友情を結んだ子どもたちに、悲しい別れが訪れることを意味していた。ガイがケンツに自分のカバンをプレゼントし、地球の言葉で｢さ・よ・う・な・ら｣と告げる。ロディたちは､飛び立っていく輸送機に向かって、いつまでも手を振り続けるのだった。

ロディたちは､ふたたび13人だけとなって、旅を続けていた。メルの父親から、地球人が捕らわれていると思われる収容所の位置を聞くことができたのだ｡旅の途中､彼らは廃虚にキャンプをはって休息する。

その夜、とあることからクレアがケガをしたと勘違いしたスコットが、介抱しようとして、胸に手を入れてしまった。しかも、ジェイナスから持ってきたヌード雑誌が見つかってしまい、スコットはクレアから軽蔑されてしまう。

落ち込んだスコットは､ヌード雑誌を燃やして反省する｡そんなスコットに同情したロディやバーツ、マキのとりなしで､クレアは自分の態度を反省する。

翌朝､またしてもミューラァの部隊が攻撃をしかけてきた｡さらにガンテツという指揮官の部隊も襲撃に加わった。だが、ミューラァとガンテツは互いに反目しあっていたために、歩調が乱れ、攻撃は激しいながらもロディたちにとどめをさすにはいたらなかった｡そこへ､ジェダたちリベラリストの部隊がやってきた。ジェダたちのARVは、ガンテツの部隊を全滅させ、ロディたちを救出する｡そして、しつこくロディたちを追い続けてきたミューラァを捕らえるのだった。ミューラァは、自分に苦戦を味あわせ続けたバイファムのバイロットが、まだ子どもであったことを知り、激しいショックを受ける……。

ロディたちは、ジェダたちリベラリスト・グループの基地に身を寄せることになり、そこでククト星の歴史とククトニアンに関することを教えられる。ジェダらの基地は､ARVの工場や通信基地もある大規模なものであった。ジェダたちは、ここを拠点として政府軍に対抗し、地球との和平を主張し続けてきたのである。

その作戦の一環として、ジェダたちは地球軍とコンタクトをとろうとしていた。スコットたちは、喜んで協力を申し出る。彼らが通信基地に行っている間、ロディは幾度も自分を苦しめたミューラァに会いに行く。地球では子どもでも兵士になるのか､と問うミューラァにロディは答える。「僕は兵士なんかじやありません！」と……。

ミューラァとの対面の後、ロディはリベラリストの指導者であるサライダ博士と出会う｡博士は､なんとミューラァの育ての親であった。しかも、博士は驚くべき事実を告げた。ミューラァは、ククトニアンの父と地球人の母を持つ混血児だというのである！

一方､地球軍に呼びかける電波が軍に傍受され､通信基地が襲撃を受けていた。だが、ロディやリベラリストのRVが迎撃し、スコットやマキらも銃をとって奮戦、追い返すことができたのであった。

リベラリストは、ロディたちの両親が捕らえられている収容所を懸命に探してくれていた。だが､それも思うようにいかず、ロディたちは焦りを覚え始めていた。いっそのこと、自分たちで探した方が良いのではないか、と……。

その頃､カチュアも自分の悩みを抱えていた。自分の本当の両親のことを知りたかったのである。思いあまってサライダ博士に相談するカチュア。博士の推理によれば、実の両親はベルウィック星に送り込まれた調査隊のメンバーではないかという。

カチュアとサライダは、調査隊のことにくわしいミューラァから話を聞くことにした｡だが､ミューラァは食事についてきたフォークをカチュアの首に押しあて、人質とした。そして、ロディたちが遺跡を運んできたトラックを奪い、逃亡してしまったのである｡だが､そのトラックの荷台の上には、ロディがしがみついていた。

フレッドはロディとカチュアを救うためにバイファムを発進させるが、途中でククト軍の部隊と遭遇、足を止められてしまう。一方、ロディに気づいたミューラァは、車から振り落とす。それを知ったカチュアも、飛び降りてしまった。車を止めたミューラァはロディとカチュアに銃を向ける｡だが､互いをかばいあう彼らの姿に自分の両親の姿を重ねたミューラァは、静かに去って行った。

ジェダたちの調査によって、ついに地球人が捕らえられている収容所の位置が明らかになった。しかも､地球軍の部隊が接近しているという。両親に会える日が間近になったことにはしゃぐ子どもたち。

その頃、ミューラァは自分たちの兵器を誤作動させて苦しめた遺跡を積んだトラックで、基地に帰投していた。だが、すでにエクストラ力線に対抗する装置が開発されていたため、その行為は功績として認められなかった。しかも､彼の部隊はすでに解散させられており、身体の中に半分流れる地球人の血を理由に､任務からはずされてしまう。ミューラァは、自分に流れる地球人の血を憎む。

一方、ロディたちは収容所へ向かうため、リベラリストの基地を後にした｡地球軍の接近が予想以上に早かったため､一刻の猶予もないのだ。その途中、カチュアは収容所についた時にジミーだけが両親に会えないことを考え、胸を痛めていた。だが、ジミーは知っていたのだ。自分の両親がベルウィック星ですでに亡くなっていることを。

ロディたちが駆けつけた時、すでに地球人の捕虜は救出され、ほとんどが地球軍のシャトルに移されていた。ロディやバーツは、シャトルを守るために戦う。その結果、無事に飛び立っていくシャトルの窓に父の姿を見つけるクレア。だが、再会は一瞬で終わってしまった。

両親に会えなかったために、子どもたちは落ち込んでいた。そこへジェダから良い知らせがもたらされた。リベラリストが地球軍と会見するというのだ。だが宇宙へ向かうシャトルはプログラミング航行するため、途中で襲われたら、ひとたまりもない。ロディたちは航行を成功させるため、ククト軍の基地へ奇襲をかけることにした。

この作戦が終われば両親に会える！　子どもたちはその一心だったが、襲撃はあっけなく終わった。ミューラァの更迭によって配属された新司令官オタが無能だったのである。

戦闘中に、スコットはミューラァが逃走に使ったトラックに積まれていた荷物を取り返そうと基地に侵入する。そこへ、戦闘に加わっていなかったミューラァが現れた。彼はもはや敵対する意志を失っていて、スコットの荷物探しに協力までする。

リベラリストたちと共に子どもたちはシャトルでククト星から旅立つことになった。見送るサライダは、地球への友好の印として、奪い返した遺跡をシャトルに積ませた。名残りを惜しむ子どもたちの眼下に、ボロボロになったジェイナスの姿があった｡　13人は、あらためてジェイナスとボギーに別れを告げる……。

ロディたちはククト星を離脱した。ついに両親に会えると盛り上がる子どもたち。だが､ククトニアンの両親が行方不明であるカチュアと、すでに両親が亡くなってしまったジミーだけは､そんな喜びと無縁でいた。そんなジミーに、自分の家に来て弟にならないかと勧めるケンツ。カチュアのことを気づかうロディも､地球で落ち着いてから両親を捜しに来ればいい、自分たちも傍についていると説得する。カチュアはロディの気持ちをうれしく思いながらも、納得できないものを抱えていた。

リベラリストと地球軍のバンガード艦隊の間に通信が交わされ、子どもたちの両親の無事が確認された。しかし、そこヘククト軍の追撃部隊が現れた。ロディたちはジャトルに積んであったRVでこれを撃退する。

だが、ククト艦にはミューラァが密航していた。ミューラァはロディとの決着をつけるべく、単身で挑んできた。苦戦するロディ。ククト軍の司令官アイゼルは､ミューラァの存在を邪魔に思い、ロディたちもろとも抹殺しようと砲撃を加えてくる。上官の卑劣な行動に怒りを覚えたミューラァは、機体をアイゼルの艦に突撃させる。自分の今までの生き方を後悔しつつ……。

爆発の閃光の中、ロディたちはミューラァの吹く口笛の音を聞いた……。

13人の子どもたちを乗せたリベラリストのシャトルは、地球軍から指定されたコンタクトの宙域に向かっていた｡折しも､その日はルチーナの誕生日。みんなでパーティを開くことになった｡まだ地球行きを迷うカチュアやジミーを子どもたちは懸命に説得しつつ･･･。

パーティは、半月ほど先が誕生日のケンツ、みんなに言わないままに誕生日が過ぎてしまったジミーのお祝いも兼ねて行うことになる。ケンツはジミーに大切な薬莢を送り、ルチーナはジミーからトカゲの尻尾をお守りにもらう。３人はケーキに立てた、まとめて23本のロウソクを一気に吹き消した。

パーティが盛り上がっている最中、またも敵が襲ってきた。ミューラァの突撃にも生き延びたアイゼルが最後の総力戦を挑んできたのだ。両親との再会を目前にして、ここでやられるわけにはいかない。ロディたちは必死に応戦する。だが、大攻勢の前に、バーツやマキ、カチュアのRVが次々と損傷していく。

もうダメか､という空気がシャトルの中に流れ、ルチーナはジミーにもらったお守りを握りしめる。その瞬間に奇跡は起こった。地球軍の部隊が救援に駆けつけてきたのである。リベラリストも子どもたちも救われた。戦いの終わった後､ルチーナは尻尾のお守りをずっと大切にすることを誓うのだった……。

地球艦隊の旗艦バンガードを訪れたロディとバーツは、司令官にカチュアのことを頼む。戦災孤児として扱えば問題はないという言葉に安心するロディ。こうして、リベラリストと地球軍の会談も開始された。

子どもたちは英雄としてバンガードに迎えられる。カチュアもまた、地球へ向かう決心を固めつつあった。たがジミーは｢カチュアはママに会えなくていいの？｣と問われ、心を動かされる。子どもたちは、それぞれが旅の終わりを自分なりに締めくくろうとしていた。スコットはキャプテンをやめる挨拶をし、ロディは世話になったバイファムに別れを告げる。カチュアとジミーをのぞく全員の両親の無事もあらためて確認された。すべては終わったのだ。

会見は友好的に終了した。ジェダと地球軍司令官の間に固い握手が交わされる。子どもたちにならって、友好的な関係を築いていきたいと両者は語り合う。

そして、バンガードとジェダたちのシャトルが接続を切り離した。だが、カチュアとジミーの姿がない。そこへ、シャトルで一緒だったデュボアから通信が入ってきた。今は二人をそっとしておいてあげてほしい、と。いま地球に行ったら二度と両親と会えなくなると、カチュアは考えていたのだ。子どもたちは窓の外で離れていくシャトルの姿を見ながら、カチュアとジミーの名前を呼んだ。特に、弟ができると喜んでいたケンツは泣いた。

離れていくシャトルにバンガードが主砲を向けた。まさか･･･と思われた一瞬ののち、宇宙に放たれたのは、紙飛行機の群れてあった。それはカチュアとジミーを見送る子どもたちからのエールだった。13人はその光景を見ながら、いつまでも自分たちが仲間であることを信じていた……。