사는 것에 절망한 소년 카케하시 미라이는 중학교 졸업식 날에 스스로 죽음을 선택한다. 하지만 천사 나세가 갑자기 나타나서 미라이의 목숨을 구했다. 게다가 나세는 '살아갈 희망'으로써 천사의 아이템 '날개와 화살'을 주었다. 미라이는 처음엔 나세를 거절했지만, 날개를 얻어서 조금씩 살아갈 희망을 되찾기 시작했다. 하지만 나세가 말한 충격적인 정보...... 진실을 확인하기 위해 미라이는 키워준 부모인 숙모와 대결하기 위해 가는데.
미라이는 자신이 신 후보에 선택됐다는 것을 나세를 통해 알게 된다. 13명의 신 후보 중에서 단 1명만이 다음 대의 새로운 신으로 선택받는다고 한다. 당장은 그 말을 믿지 못하던 미라이였지만 행복하게 살기 위한 한 걸음을 내디디려 한다. 하지만 어느 날, 다른 신 후보가 의문의 죽음을 맞았다는 사실을 알게 된다. 게다가 은행 강도 사건 현장에서는 '메트로 폴리맨'이라는 새로운 신 후보가 TV 카메라 앞에 그 모습을 드러내는데.
4월이 되어 고등학생이 된 미라이. 입학식 당일에 고등학교에 가니 머리 위에 천사의 모습이...... 게다가 소꿉친구인 소녀 하나카고 사키에게 큐피드의 화살인 '빨간 화살'을 맞고 만다. 천사 루벨의 책략에 걸려든 미라이는 사키를 지키기 위해서라면 자신의 목숨도 버릴 수 있는 상태였다. 다른 신 후보와 서로 찔러 죽일 각오도 하지만...... 한편, 복면을 쓴 신 후보 메트로 폴리맨이 움직이기 시작하며 사태는 새로운 국면을 맞이하는데.
TV 중계를 통해서 메트로 폴리맨은 다른 신 후보들을 불렀다. 모두가 집결해서 대화로 다음 신을 정하자는 것이었다. 하지만 나타난 신 후보 메트로 블루와 메트로 옐로는 메트로 폴리맨을 믿고 있지 않았다. 진보 구장에서 벌어지는 여러 번 반복되는 싸움. 자신들은 어떡해야 하는가? 객석에서 격하게 갈등하는 미라이와 사키...... 게다가 절체절명의 상황이 되면서 두 사람은 궁극의 결단을 내릴 것을 강요받게 되는데.
'아무것도 못 했어......' 그 무력감을 곱씹으며 미라이와 사키는 진보 구장을 떠났다. 압도적인 힘을 가진 책략가 메트로 폴리맨을 상대로 자신들만으로는 싸울 수 없다. 하지만 그런 미라이와 사키에게 새로운 다른 신 후보자가 접촉해온다. 무카이도 나나토라는 신 후보였다. '메트로 폴리맨'이 다음 신이 되어서는 안 된다고 미라이 일행에게 말하는 무카이도. 그리고 메트로 폴리맨을 쓰러트리기 위해 협력 관계를 맺자고 두 사람에게 제안하는데.
연쇄 여중생 살해범 소녀A가 감옥에서 탈주했다. 메트로 폴리맨이 다른 신 후보를 유인하기 위해 날개와 화살을 주고 탈출시킨 것이라고 미라이는 추측한다. 신이 되기 위해 수단을 가리지 않는 메트로 폴리맨의 비열함을 싫어하는 미라이. 얼마 뒤 최초의 희생자가 도시의 그랜드 타워에서 발견되고, 사태는 빠르게 악화되어 갔다. 소녀A의 범행을 막기 위해 미라이 일행은 어떤 수단을 강구하는데.
날개로 서둘러 온 미라이와 무카이도. 그랜드 타워에는 사악한 함정이 설치되어있었다. 자욱한 폭연 속에서 나타난 숙적 메트로 폴리맨. 드디어 직접 대치하게 된 미라이를 메트로 폴리맨은 '싸울 용기도 없는 겁쟁이'라고 깔본다. 하지만 선택의 기로에 몰린 미라이가 예상 밖의 행동을 한다. 미라이 목숨을 걸고 쏜 화살은...?
그랜드 타워에서의 첫 직접대결은 미라이 일행에게 많은 그늘을 드리운다. 혼자서 싸움에 참여하지 않았던 사키는 뭔가를 고민하는 모습이었다. 그리고 미라이에게 '나를 죽여줘'라고 말한다. 평험하고 마음씨 착한 소녀 사키가 어째서 신 후보로 선택되었는가? 그 진상을 알게 된 미라이는 사키에게 어떤 선택을 강요한다. 한편, 메트로 폴리맨의 정체인 엘리트 고등학생 우류 카나데도 다음 공세에 나서려 하고 있었는데.
새로운 신 후보가 미라이 일행을 노리고 함정을 준비한다. 장발의 미남, 날개와 화살 외에도 칼을 무기로 사용하는 신 후보, 그의 이름은 소코타니 하지메. 지금까지 비참한 인생을 살아온 하지메는 자신과는 정반대인 메트로 폴리맨, 카나데를 숭배하며 충실한 하인이 되기를 바랐다. 하지메는 카나데의 하인이 되기 위해 미라이 일행을 노리고 어떤 장소로 향하는데.
하지메에게 아내와 딸을 인질로 잡힌 무카이는 두 사람을 구하고 싶다는 마음 하나로 탈출이 불가능한 함정에 갇힌다. 그들을 구하기 위해 미라이도 일부러 함정으로 뛰어든다. 한편, '빨간 화살'밖에 없었던 사키는 전력이 될 수 없어서 집에 혼자 남아있었다. 날개 없이는 싸울 수 없지만, 그럼에도 미라이 일행을 구하기 위해 현장으로 가려고 하는 사키. 그런 사키를 보고 자신의 무력함을 곱씹는 천사 루벨...... 그 볼에 천사들 중 처음으로 눈물이 흐르는데...!
루벨이 1급 천사로 승격하면서 사키는 날개를 얻었다. 전장으로 급행한 사키는 하지메에게 빨간 화살을 맞히는데 성공한다. 빨간 화살의 힘으로 처음으로 사랑을 알게 된 하지메가 격한 갈등 끝에 선택한 답은... 한편, 카나데도 아껴두었던 비장의 카드를 감추고 있었다. 그로 인해 싸움은 혼란스러워지고 일진일퇴의 공방이 벌어졌는데.
카나데의 부하 중 한 명인 후유코는 살인 바이러스 연구자였다. 후유코는 '살인 바이러스를 퍼뜨려서 무차별 테러를 일으키겠다'라고 말하며 미라이 일행을 협박한다. 그리고 '테러를 막고 싶으면 대신 미라이 일행이 실험 대상이 되어야 한다'라고 요구한다. 첫 실험 대상으로 미라이를 지명하는 카나데. 무카이도와 사키가 필사적으로 막아보지만 희생자를 만들고 싶지 않은 미라이는 말을 듣지 않고 후유코와 1대1로 대치한다. 점점 다가오는 주삿바늘. 과연 미라이의 운명은.
폐허가 된 유원지에서의 전투로 적과 아군 모두 차례로 쓰러진다. 그리고 드디어 미라이의 '빨간 화살'과 카나데의 '하얀 화살'의 대결이 시작된다. 필사의 긴박한 공방이 이어지던 중 카나데의 감춰져 있던 생각이 점점 명확하게 드러난다. 카나데는 자신이 그리는 '이상적인 세계'에 대해서 미라이에게 이야기하기 시작하는데.
미라이와 카나데의 1대1 결투는 본인들도 모르는 사이에 누군가에 의해 인터넷 생중계되고 있었다. 일본 전국의 사람들, 그리고 경찰들이 주목하며 움직이는 가운데 두 사람의 결투는 최종 국면을 맞이한다. 행복을 바라는 '빨간 화살'과 소원을 이루기 위한 '하얀 화살'. 목숨을 걸고 싸우는 자들의 결말은.
목숨과 맞바꾼 무카이도의 행동으로 메트로 폴리맨이었던 카나데와의 기나긴 싸움에 드디어 종지부를 찍었다. 하지만 미라이는 눈치채고 있었다. 카나데가 누군가가 쏜 빨간 화살에 맞았다는 사실을...... 대체 누가 카나데를 조종하고 있던 것일까? 경찰에서도 신 후보들의 정체를 밝히기 위해 본격적으로 움직이기 시작했고 사태는 다음 국면으로 진행되고 있었다. 그리고 다시 새로운 신 후보가 행동을 시작하는데.
신 후보 초등학생 스스무가 '신 선택'에 대한 정보를 TV 중계로 대대적으로 밝히고 말았다. 이를 계기로 전 세계의 사람들이 신 후보를 찾기 시작했다. 긴장하는 미라이와 사키. 두 사람은 이제 전 세계로부터 쫓기는 몸, 무슨 일이 있어도 정체가 밝혀져선 안 된다...... 하지만 어느 날 학교를 마치고 집으로 가던 중. 호시라는 경찰청의 형사가 미라이에게 접촉해 오는데.
경찰인 호시와 유미키의 협력을 얻어 미라이와 사키는 다른 신 후보들을 찾기 시작한다. 주변의 인간이 연달아 사망한 중학생인 나카우미 형제, 그들 중 하나가 신 후보일 것이라고 추측한 미라이 일행은 나카우미 형제의 집으로 향한다. 그곳에서 그들이 목격한 의외의 광경...... 동생 나카우미 슈지를 설득해 보려는 미라이였지만, 나카우미의 마음은 굳건했고 쉽게 마음을 열지 않았다. 행복이란 무엇인가?라는 물음과 미라이는 다시 한번 마주하는데.
미라이, 사키, 스스무, 나카우미...... 지금까지 의사를 확인한 신 후보는 4명. 남은 것은 두 명. 그중 한 명인 테마리 유리는 경찰에 잡혀 연금된 상태였다. 테마리를 구출하기 위해 움직이는 미라이 일행...... 미라이 일행은 현재 남은 6명의 신 후보들 전원이 대화를 나눠 누가 신이 될지를 결정하고 싶다고 바라고 있었다. 하지만, 아직 정체가 밝혀지지 않은 최후의 신 후보의 의사는 아직 알 수 없었는데.
마지막 신 후보를 대화의 테이블에 앉히기 위해 미라이 일행은 TV 중계를 통해 마지막 신 후보를 호출했다. 자위대의 공격 헬기가 나타나면서 긴박해진 상황 속에서 마지막 신 후보가 모습을 드러낸다. 그의 이름은 요네다 가쿠. 세계 최고봉의 두뇌라 일컬어지는 노벨상 수상자인 대학교수였다. 요네다의 참전으로 대중들은 단번에 끓어오르기 시작한다. 그리고 요네다는 신에 관한 자신의 지론을 미라이 일행에게 이야기하기 시작했는데.
신 후보가 처음으로 전원이 모인 회담은 최악의 형태로 끝이 난다. 그리고 신 후보들은 두 파벌로 분열한다. 한쪽의 리더 격은 미라이. 대치하는 다른 한쪽은 파괴의 천사 무니를 파트너로 둔 요네다. 학생 시절에 요네다와 동급생이었던 호시는 당시의 요네다와의 에피소드를 미라이에게 이야기해 준다. 요네다의 인물상이 점차 명확해지는 가운데 천계에서는 이변이 일어나 타임 리밋이 가까워져 오기 시작했는데.
다가올 대결에 대비해서 미라이 일행과 요네다는 각각 비밀리에 준비를 진행한다. 때가 무르익어 먼저 선수를 치는 요네다. 언론을 통해서 미라이 일행에게 요네다는 최종 대결의 날짜와 장소를 알린다. 단둘이서 시간을 보내는 미라이와 사키. 그리고 드디어 신 후보들의 최종 대결이 시작된다. 요네다의 목적은...?
최종 대결 장소는 신국립경기장. 요네다는 미라이 일행에게 인류의 맞이할 운명에 대한 지론을 피로했고 미라이와 단둘이서 대화하기를 요구한다. 그 장소에서 일단 떨어진 사키와 테마리, 나카우미, 유미키... 미라이와 요네다 그리고 참관인 호시만이 그곳에 남게 되었다. 요네다는 그가 그리는 인류의 미래를 위해 다음 신의 탄생을 저지하려고 했다. 요네다를 이기기 위해 미라이는 전 세계가 주목하고 있는 가운데, 어떤 각오를 보여주는데.
다음 신의 자리에 앉을 신 후보는 천사들과 함께 천계로 갔다. 인간이었을 적에는 알 수 없었던 천계의 수많은 비밀을 목격하고 놀란다. 한편, 신을 정하는 다툼에서 해방된 미라이와 사키 그리고 다른 생존자들은 각자의 길을 걸어나가기 시작했다. 한결같이 행복을 좇아온 미라이의 인생도 드디어 한 가지 달성을 맞이하는 듯 보였지만.
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