En éruption sans avertissement pour briser la tranquillité de la vie nocturne japonaise, un sombre pilier d'obscurité descend des cieux. Deux redoutables créatures émergent bientôt de la colonne sombre, et procèdent à l'anéantissement des navires de guerre et des avions d'attaque qui viennent saluer leur arrivée, avant de procéder également à l'autre.

Sauvant les jumeaux et leur compagnon du danger, l'homme vêtu de la cape noire continue sa recherche. Les enfants nomment le mystérieux voyageur Kaze, en hommage aux vents qui l'accompagnent sur son chemin. Les exploits de Kaze, cependant, n'échappent pas au regard vigilant du suzerain tyrannique qui gouverne ces terres.

Conduisant le mystérieux train fantôme vers sa prochaine destination, Lisa et les jumeaux se retrouvent dans une nouvelle ville étrange pleine de gens apathiques et sans vie. Constatant que tout semble être fait de fruits, Ai s'assoit pour une bouchée du mur le plus proche, mais se retrouve bientôt au chaud sur la trace d'un voleur qui s'en va avec son sac à dos.

Courant désespérément pour attraper le train fantôme avant son départ pour la prochaine destination, Lisa et les jumeaux finissent par regarder impuissants leur mode de transport les laissant derrière eux. Bloqué, sans aucune idée de l'heure à laquelle le train pourrait revenir, le destin semble intervenir lorsque le voleur du précédent apparaît et conduit les voyageurs bloqués à la base secrète des Comodeen - une organisation de résistance armée qui s'entraîne pour libérer le pays des merveilles du règne du comte Tyrant.

Cid prépare son bateau fluvial, Catharine, pour ramener Lisa, Ai et Yu dans le métro. Mireth leur fournit de la nourriture instantanée, mais Pochepoke en mange la moitié en une gorgée, incitant Ai à l'étouffer. Puis ils décollent, mais sont interrompus par Fungus, de nouveau en pleine taille, chevauchant un serpent géant nommé Viking.

Le gang arrive dans un désert qui crache du feu. Lisa utilise ensuite la soif de Chobi comme un moyen de trouver une oasis dans le désert. Cependant, Herba attaque bientôt avec ces monstres de type bulbe. Kaze se montre, mais est mangé par l'un d'eux. Lisa doit ensuite utiliser ses Arts Kigen pour aider à sauver les enfants.

Le gang monte dans le métro avec Kaze cette fois. Ils trouvent une mystérieuse fille nommée Lu à bord. Son monde a été détruit par un monstre nommé Omega. Ils explorent le train et trouvent son noyau. Soudain, la griffe d'Omega attaque.

Pist, un seigneur de Gaudium, entre maintenant en scène. Il explique qu'il a un plan pour arrêter le Magun. Makenshi participe à la démonstration. Pendant son attaque Mist, Pist capture la bouteille dans son pistolet à eau. Cependant, alors que Pist se retourne, son pistolet à eau est cassé en raison de l'attaque de Makenshi. Le groupe arrive à nouveau dans une zone désertique.

Maintenant, le groupe arrive dans une usine où tous les travailleurs travaillent constamment. Ils construisent des pièces puis les démontent à nouveau, rendant leur travail éternel. Oscha attaque en obligeant les ouvriers à construire complètement la machine qui est un robot d'or géant qui ressemble à Oscha.

Lisa, les enfants et Chobi viennent dans une ville entièrement faite de statues de pierre, même les bâtiments. Yu pense qu'il repère ses parents et les poursuit dans un manoir. Ils trouvent une pièce pleine de piments géants appelés piments morts. Chobi les mange et devient rouge et commence à se déplacer rapidement. Le groupe se sépare. Yu suit les deux personnes et est bientôt capturé par un plant de vigne. Ai tombe dans un arbre. Lisa trouve un petit garçon bleu nommé Sagi.

Le groupe est attaqué par le même monstre champignon de "Wonderland" mais est sauvé par un troupeau de chocobos. Chocoimo, la sœur cadette de Chocobaba, est leur éleveur. Elle explique à propos du Ciel Chocobo qui était le coureur le plus rapide et qui pouvait voler. Chobi trouve un chocobo rose qui l'intéresse et décide, avec la persuasion de Yu, de rester avec le troupeau.

Fungus est déçu car tous les autres seigneurs, y compris Makenshi, ont trouvé un morceau d'Omega. Oscha dit à Fungus qu'il peut retrouver un morceau de son ancien monde et redevenir fort. Le groupe arrive à arriver dans ce monde et Fungus utilise ses pouvoirs pour le rendre grand et puissant.

Les jumeaux et Chobi sont capturés par Fungus et envoyés sur son navire. Il prévoit de les sacrifier au comte. Makenshi arrive pour avertir Fungus de sa destruction certaine. Kaze et Makenshi se repèrent et se battent. Kaze ne peut pas tirer le Magun. Makenshi se réjouit que Kaze ne puisse plus tirer à volonté sur le Magun.

Lisa, les jumeaux et Chobi reprennent le métro. Cette fois, la queue d'Omega vient les attaquer, et sans Kaze, le train est détruit alors qu'Omega extrait le noyau du train pour lui-même. Fabula décide d'intervenir et sauve le groupe de la mort. Ils retrouvent ensuite le Comodeen et apprennent qu'ils recherchent de l'eau volante pour alimenter le nouveau dirigeable de Cid, Cynthia.

Pist donne ses plans au comte pour mettre le sous-marin dans son puzzle Ocean Floor, ce qui aidera à donner plus d'énergie au Chaos. Tout le monde monte à bord du sous-marin et l'explore. Ils trouvent Kaze flottant dans l'eau et le sauvent rapidement. Un monstre attaque le vaisseau, mais il utilise ses "missiles" pour le détruire facilement.

Jane arrive au sommet d'un terrain, inamovible. Une sirène japonaise géante nommée Samosan leur lance un défi. Trois d'entre eux tenteront de répondre à ses énigmes. Chacun se trompe, il sera envoyé plus près du Chaos. S'ils ne peuvent pas résoudre une énigme, ils seront consommés par le Chaos. Le commandant, Miles et Lisa montent dans cet ordre. Elle demande des énigmes qui semblent faciles, mais qui ne se révèlent utiles qu'à ceux qui vivent au pays des merveilles. Le commandant et Miles perdent et sont transformés en eau. Lisa essaie, mais manque les deux premiers.

L'ermite grenouille apparaît devant Cid et le transforme en grenouille. Il commence alors à couler le sous-marin dans la boue où il finira par finir dans le Chaos. La grenouille ne peut pas parler sous forme de grenouille et ne peut pas contrôler le navire. Il doit trouver un moyen de changer à nouveau de grenouille en humain. Il trouve Fungo et croit que son instinct remarquera qu'il est Cid, mais à la place, il essaie de le manger. Cid est ensuite retrouvé par Yu et Chobi et est gardé comme animal de compagnie.

Le frère aîné de Shiroi Kumo Akai Kiri (Madoushi) est réséqué par Oscha. Le groupe principal atterrit dans les nuages ​​pour être attaqué / paralysé par Madoushi. Kumo apparaît et nous apprenons que Kiri a été tué en protégeant son monde natal du Chaos et qu'il veut défier son petit frère pour le titre du plus fort entre eux. Kumo combat à contrecœur son frère, brisant l'épée de Kiri (grâce à l'aide de Kaze), qui contient son âme.

Ai et Yu se disputent et Ai est accidentellement éjecté du sous-marin. Elle rencontre un garçon nommé Clear qui porte de l'eau volante. Il prétend qu'il ne peut pas être touché ou qu'il pourrait les briser. Kaze vient les protéger des monstres envoyés par Earl pour capturer Clear.

Jane atterrit à Gaudium au sommet d'un de leurs satellites de protection. Chobi prend sa forme Ciel et vole vers le château avec Yu au dessus de lui. Chobi s'enfuit et Yu va le trouver. Il rencontre le comte qui semble se lier d'amitié avec lui. Yu découvre que ses parents travaillent réellement pour le comte et que ce sont eux qui préparent sa nourriture et travaillent sur le Chaos. Makenshi arrive.

Jane arrive dans une zone désertique. Ai sort accidentellement un Cactuar de Poshipocket et ils essaient de le capturer. Il s'avère cependant trop rapide et dangereux avec ses aiguilles pour la capture. Ils le poursuivent dans le désert et trouvent tout un gâchis de Cactuar. Fungo traduit que leur monde a été détruit par une immense force et qu'ils sont coincés ici. Bientôt, un raz de marée géant vient les détruire tous.

Jane arrive maintenant dans une ville très paisible. Bientôt, les adultes du groupe, à l'exception de Kaze, commencent à retourner à leur enfance et sont submergés par leurs souvenirs, les rendant inutiles. Ai et Yu explorent un manoir et trouvent Moogle qui est habillé comme Kaze. Il s'avère que Moogle et Kaze étaient partenaires dans leur autre monde appelé Windaria. Le pompon Moogles sur sa tête l'empêche de revenir dans ses souvenirs et cela peut aussi réparer un peu le Magun. Ils découvrent qu'une tour géante qui abrite l'âme d'un mauvais mage noir dégage des ondes de mémoire.

Pist a enfin perfectionné son arme ultime qui contrera le Magun de Kaze appelé Blue Elenium. Jane atteint Teros et le groupe rencontre Bumbol qui tisse les vêtements que Clear portait avec Flying Water. Ils retrouvent également Lu qui a une cape d'Eau Volante lui permettant de voler. Cid envoie des équipes pour récupérer l'eau volante lorsque Pist attaque et commence à les détruire.

Comme prévu, le Magun de Kaze échoue à nouveau et Makenshi invoque deux dragons de brume pour faire passer Kaze. Cependant, Makenshi renvoie Kaze au sous-marin avec tout le monde et révèle qu'il est vraiment un espion travaillant contre le comte. Il révèle également que Kaze a aidé le comte à son insu, car chaque tir du Magun alimente le Chaos. Makenshi prend congé, refusant l'offre de rejoindre les Comodeen.

Le comte a maintenant tout ce dont il a besoin pour enfin faire revivre Omega, et les choses tournent au pire. Il semble que tout le monde ait suivi son plan diabolique, il n'y a peut-être aucun moyen de l'arrêter. Cependant, l'abnégation peut être la clé pour mettre définitivement fin à son plan.