新潟県佐渡島沖に突如立ち昇った「闇の柱」。そこから巨大な黒い竜と白い龍が出現し、二頭は壮絶な戦いの末に消滅した。その時、闇の柱に巻き込まれ「異界」へと飛ばされたハヤカワ夫妻。彼らは異界を旅した後に現界へと戻り、異界物理学の第一人者となる。

「界列の日」と名付けられたその日から12年後、闇の柱は観光名所にまでなっていた。いつものように闇の柱が見える岬に出かけたハヤカワ夫妻だったが、そのまま消息不明となる。アイとユウのハヤカワ姉弟は自らの手で両親を探すことを決め、謎の地下鉄に乗って異界へと旅立つ。