Eigenartige Dinge geschehen in Sadogashima. Eine Säule aus Dunkelheit bildet sich ’gen Himmel und setzt Wissenschaft und Bevölkerung sowohl in Angst und Schrecken als auch in Erstaunen. Joe und Mary, ein Forscherpaar, beobachten das Phänomen und verschwinden kurz darauf spurlos.

Lisa, Yu und Ai steigen an einer ihnen unbekannten Station aus der U-Bahn aus. Sie kommen in eine Stadt, die von Kapuzenmännern bewohnt wird. Einer davon stiehlt Ais Rucksack und als diese die Verfolgung aufnimmt, verliert sie Lisa und Yu aus den Augen.

Yu, Ai und Lisa haben die U-Bahn verpasst. Sie müssen zu Fuß weiter durch Wunderland laufen und treffen Fungo, der sie in das Ausbildungslager der Untergrundkampforganisation Comodeen führt. Der Anführer der Gruppe erzählt Ihnen mehr über Wunderland.

Lisa, Yu und Ai machen sich in Begleitung des Erfinders Cid auf, um die U-Bahnhaltestelle zu suchen. Zur gleichen Zeit schickt Tyrann den wieder auferstandenen Fungus in die Schlacht. Er hat seine alte Größe wiedererlangt und nimmt die Verfolgung unserer Freunde auf einem Drachen namens Viking auf.

Lisa, Ai und Yu kommen mit der U-Bahn in eine Wüste. Durch einen Sandsturm wird der U-Bahneingang verschüttet und für die Gruppe gibt es keinen Weg zurück. Inzwischen schmiedet Graf Tyrann neue Pläne.

Die Gruppe schafft es zurück in die U-Bahn. Auf der Reise treffen sie Magun, der in Begleitung eines geheimnisvollen Mädchens namens Lou ist. Als das Phänomen Omega auf die U-Bahn zubraust, verwandelt sich Lou in einen Wolf.

Das Wolfsmädchen Lou begleitet Ai, Yu und Lisa in eine Gegend, die aus Sand besteht. Die Gruppe fühlt zwar die Anwesenheit von Menschen, doch ist niemand zu sehen. Im Palast des bösen Tyrann zeigt sich ein weiterer der vier Herren von Gaudium: Pist, eine Art Aquamann.

Das Wolfsmädchen Lou zieht mit der Gruppe weiter. Sie kommen in eine Art Fabrikhalle, in der verzweifelte Arbeiter unter dem eintönigen Singen von Liedern komische Klötze herstellen und dann wieder auseinander nehmen. Der böse Tyrann schickt derweil Oscha, die Maske, ins Wunderland los.

Ai, Yu, Lisa und der Chocobo landen in einer Stadt, die komplett aus massivem Stein besteht. Als Yu und Ai zwei menschliche Gestalten in der Ferne sehen, glauben sie, ihre Eltern zu erkennen. Sie folgen ihnen überstürzt in eine große düstere Villa, wo sie riesige Chilischoten finden.

Die Gruppe fährt mit der U-Bahn weiter wo sie noch während der Fahrt von Omega angegriffen werden. Sie werden in eine Schlucht geschleudert und Yu bleibt bewusstlos liegen. Plötzlich taucht Kaze auf, doch es scheint, als ob dieser nicht helfen will.

Makenshi wird zum Dank dafür, dass er Graf Tyrann einen Omega-Kristall bringt, zu einem der Herren von Gaudium erklärt. Fungus kommt mit leeren Händen an, was Tyrann sehr zornig macht. Oscha zeigt Fungus einen Ort, der wie Fungus Heimatstadt aussieht. Zufällig ist das genau der Ort, wo die U-Bahn als nächstes hält.

Chobi ist mit Lisa, Ai und Yu auf der Flucht vor Fungus. Um Kaze zu helfen, springt Lisa ab und setzt ihre Keegan-Kampfkunst gegen einen Pilz ein, dessen Sporen daraufhin die Luft vernebeln. Fungus gelingt es trotzdem, Chobi, Ai und Yu gefangen zu nehmen.

Ai, Yu, Lisa und Chobi werden in der U-Bahn wieder einmal von Omega angegriffen. Mit Hilfe von Fabula und Poshepocket gelingt es den Reisenden, sich in eine Eiswelt zu flüchten. Dort begegnen sie Fungus, Miles, Cid und auch Knave wieder, die ihre Untergrundorganisation, Comodeen, dorthin verlagert haben.

Ai und Yu ist langweilig. Schon seit einer Woche sind sie mit dem U-Boot unter Wasser unterwegs. Fungo bemerkt, dass sich von außen eine Bedrohung nähert und aktiviert einen Torpedo. Steckt womöglich Pist hinter diesem Angriff?

Die Gruppe ist mitsamt dem U-Boot Jane in einen Zauberwürfel, dem Ozean Puzzle, von Pist gefallen. Eine Art Meerjungfrau erscheint, die ihnen ein Quiz vorschlägt. Beantworten die Kandidaten eine Frage richtig, werden alle frei. Bei einer falschen Antwort rutscht das U-Boot jedoch immer weiter ins Chaos.

Im Unterseeboot taucht ein Frosch auf. Er erklärt die Spielregeln für Runde Zwei des Ozean Puzzles und verwandelt Cid umgehend auch in einen Frosch. Nur wenn er herausfindet, auf welche Weise er wieder zu einem Menschen werden kann, kann das Unterseeboot innerhalb des Puzzle-Würfels wieder aufsteigen.

Es wird weiter das Ozean Puzzle gespielt. Das U-Boot Jane ist mit seiner Mannschaft auf den Wolken gestrandet. Diese Wolken sind aus Zuckerwatte und alle haben Spaß, bis zwischen den Brüdern Makenshi und Madoushi ein Kampf ausbricht. Der Energieausstoß, der bei dieser Schlacht verursacht wird, beunruhigt Tyrann.

Während eines Streites zwischen Ai und Yu stürzt Ai durch das geschlossene Fenster nach draußen in den Ozean und verschwindet. Die Mannschaft beschließt nicht nach ihr zu suchen, denn in dem Würfel, in dem man sich jetzt befindet, ist alles umgedreht.

Das U-Boot knallt gegen einen Verteidigungssatelliten von Gaudium und sitzt im Himmel fest. Der Vogel Chobi benimmt sich plötzlich merkwürdig und fliegt mit Yu nach Gaudium. Dort angekommen trifft Yu auf seine Eltern, die ihn aber nicht erkennen.

Poshepocket spuckt einen kleinen Kaktus aus, der die Gruppe auf Trab bringt. Er lockt sie in die Wüste hinaus, in deren Treibsand das Unterseeboot gestrandet ist. Dort finden unsere Reisenden in einer Höhle viele Kakteen, die sich vor der umherschweifenden See verstecken.

Die Gruppe ist in einem wunderschönen Land angekommen, das jeden an etwas Bestimmtes erinnert. Nach einen Besuch der ‚Straße der Erinnerungen‘, verlieren alle den Bezug zur tatsächlichen Situation. Ai und Yu machen sich auf die Suche nach Kaze und treffen auf einen Moogle.

Auf der Suche nach dem Fliegenden Wasser landet das Unterseeboot Jane unverhofft wieder an Land, wo sie Lou, das Wolfsmädchen, antreffen. Sie führt die Gruppe zu Herrn Bolbol, der Kleidungsstücke aus Fliegendem Wasser fertigt. Er weist der Gruppe außerdem den Weg nach Teros.

Yu schafft es nicht mehr rechtzeitig ins U-Boot und wird von Crux in the Burg des Grafen geschleppt. Dort trifft er wieder auf seine Eltern, die für den Grafen arbeiten und ihn nicht erkennen. Zur gleichen Zeit ist Pist gut gelaunt, da sein Ozean Puzzle dem Chaos einen großen Energiezufluss beschert hat.

Yu, Ai und Lisa werden von Graf Tyrann in seiner Burg gefangen genommen. Ihre Freunde aus dem U-Boot sind offensichtlich nicht mehr am Leben. Tyrann befiehlt den Eltern von Ai und Yu, die tödliche Maschinerie in Gang zu setzen, die den Power von Chaos auf ihn selbst überleiten soll.