Udbrud uden varsel at knuse roen i det japanske natteliv, en ildevarslende søjle af mørket nedstammer fra himlen. To frygtindgydende skabninger snart dukke op fra den mørke søjle, og fortsæt til udslette krigsskibe og kampfly, der kommer til at hilse deres ankomst, før man går videre til at gøre hinanden så godt. Watching transpiring begivenheder i forbløffelse er Mary og Joe Hayakawa, to forskere, der senere skulle gøre den første tur til verden uden for søjle, der snart ville komme til at blive kendt som Wonderland. En anden tur ville føre til deres mystiske forsvinden, og katalysatoren for vores nuværende eventyr at begynde.

Dobbeltpumperne Hayakawa børn, Ai og Yu, opsøge de skjulte undergrundsbanen, der fører til den mystificerende verden, der ligger ud over den mørke søjle, i håb om at finde, hvor deres forsvundne forældre. Vær med dem på deres rejse er en kvinde ved navn Lisa, som tvillingerne stødt på boarding den imponerende metro toget. Vil deres rejse til Wonderland på jagt efter deres forsvundne forældre bærer frugt? Og hvad med denne mystiske mand i den sorte kappe, wielding enorm magt, og tilkalde store væsner på sin ensomme søgen mod tyranni, der griber denne mærkelige nye land?

Ridning den mystiske spøgelse tog til sin næste destination, Lisa og tvillingerne befinder sig i en mærkelig ny by fuld af livløse, apatiske mennesker. Som konstaterer, at alt synes at være lavet af frugt, Ai sætter sig ned til en bid af den nærmeste væg, men snart finder sig selv varmt på sporet af en tyv, der gør op med hende rygsæk. Jagten fortsætter i hele byen, men den snu tyv undslipper sin forfølger, og byens borgere er usympatiske til hendes situation. Fortvivlet over situationen, Ai ender møde Fabula, der giver hende den mærkelige Poshepocket som lidt af en trøst gave.

Earl Tyran, i mellemtiden, er ikke tilfreds med resultaterne af svamp 'tidligere kamp med Magun-svingende Kaze, og bestiller en anden af ​​hans håndlangere, Herba, at gå og lege med manden i sort vind. Ankommer med sine håndlangere, bruger hun sin håndlanger at pine byen, og bringer Yu, Chobi, og Lisa ind i et grineflip med sine sporer. Men med Kaze formidable arsenal og Ai nye Poshepocket på scenen, frikvarter for Herba viser sig at være en smule mere, end hun kan håndtere.

acing desperat at fange spøgelset tog før afgår til den næste destination, Lisa og tvillingerne ender ser hjælpeløst til, mens deres transportform efterlader dem bag. Strandede, med ingen idé om, hvornår toget vender måske tilbage, skæbne synes at gribe ind, når tyven fra tidligere vises, og fører de strandede rejsende til den hemmelige base af Comodeen - en væbnet modstand organisation træning at befri Eventyrland fra Earl Tyrant styre. Det er her, at gruppen bliver introduceret til Slyngel, lederen af ​​Comodeen sammen med Miles, og den talentfulde opfinder Cid.

Mens Ai får en ny garderobe, høflighed af Miles, Cid er optaget forundres over fantastiske våben Kaze sport. Efter at have lært af deres knibe, Cid indvilliger i at hjælpe Lisa og børnene indhente Ghost Train, men deres lykke er kortvarig, da Earl Tyrant vrede sænker sig over Comodeen basen. Selv som den ødelæggende angreb på Comodeen raser omkring dem, ud af tågen vises frygtindgydende mand, der Kaze har ledt efter. Makenshi eller White Cloud, som han er kendt for at Kaze, betragtes som hans ærkefjende, hvis frygtindgydende Mist Indkaldelse kan stå op til magten af ​​Kaze s Magun.

Cid forbereder sin flod fartøj, Catharine, at tage Lisa, Ai og Yu tilbage til metroen. Mireth giver dem nogle instant mad, men Pochepoke spiser halvdelen af ​​det i en slurk, hvilket fik Ai at dæmpe den. Så de tager ud, men bliver afbrudt af Svamp, tilbage til fuld størrelse igen, ridning en kæmpe slange med navnet Viking. Nu begynder han jagter gruppen. De formår at slippe af med ham ved hjælp af en række hemmelige James Bond-type gadgets og chocobo super spark ... men ikke for længe! Et overraskelsesangreb skader Catherine. Cid går sindssyg, udbryder en flok mærkelige maskiner, og hamre Svamp indtil han er flad. Lisa, Ai og Yu køre i metroen, efterlader en sønderknust Cid. Svamp viser imidlertid, op igen, kun for at blive dræbt igen ved Kaze s Ixion indkalde. Cid er tvunget til at forlade Katerina bagud i eksplosionen. Gruppen fanger metroen og undslipper.

Banden ankommer i en ørken, der spytter ild. Lisa bruger derefter Chobi tørst som en måde at finde en oase i ørkenen. Men Herba snart angriber med disse pære typen monstre. Kaze dukker op, men er spist af en af ​​dem. Lisa så skal bruge sine Kigen Arts for at hjælpe med at redde børnene. Hun er fanget, dog, og Ai og Yu forsøger at bruge Poshipocket at hjælpe, men han kun spytter tilfældig skrammel. Lisa husker træning med sin mor, da hun var yngre, og bruger sine Kigen Arts til en ekstrem at redde dem. Hun læser uheld vand ånd forkert (det alenium i den reagerer), og hun tænder det i brand. Ai ender drukning. Kaze bruger Magun inde fra monster og stævning Bismark at ødelægge dem alle. Lisa bruger sine Kigen Arts at genoplive Ai.

Banden får på metroen med Kaze denne gang. De finder en mystisk pige ved navn Lu ombord. Hendes verden blev ødelagt af et monster ved navn Omega. De udforsker toget og finde sin kerne. Pludselig Omegas klo angreb. Omega blev brudt i stykker og spredt gennem Eventyrland. Lu får et spejl fra Poshipocket og forvandler sig til en varulv, der kan affyre Super Sonic bjælker. Hun kæmper Omega men kastes fra toget. Kaze indkalder Ifrit at ødelægge klo og returnere det til krystalform. Lu returneres af Kaze og de alle fortsætte.

Pist, en Herre Gaudium, kommer ind i billedet nu. Han forklarer, at han har en plan for at stoppe Magun. Makenshi deltager til demonstration. Under hans Mist angreb, Pist indfanger flasken i sin watergun. Men som Pist vender sig, er hans watergun brudt på grund Makenshi angreb. Gruppen ankommer i et ørkenområde igen. Lu erklærer sin kærlighed til Kaze efter at redde hendes liv, og klamrer sig til ham. Pist gør en udseende for at slippe af med dem. Han bruger en vandpistol, der fanger våben. Kaze forsøger at bruge Magun, men Pist bruger sandgum i jorden omkring dem til at stjæle det for sig selv. Lu hjælper gruppen undslippe underjordiske gennem hendes soniske bjælker. Pist fanger dem og tællere alle deres angreb. Lu bebrejder Gaudium til at sende Omega ud. Pist siger, at de ikke havde noget at gøre med det. Kaze vover Pist at bruge Magun at ødelægge dem og Pist gør. Pistolen giver bagslag dog og vender tilbage til Kaze. Kaze svaret, at Magun er hans hjerte, og kan ikke blive fyret af andre. Pist vender tilbage til Gaudium og rapporter til Jarlen, at Omega er blevet fundet. Jarlen fokuserer alle sine kræfter for at finde stykker af Omega.

Nu gruppen kommer til en fabrik hvor alle arbejdere arbejder konstant. De opbygger dele, og derefter tage dem ned igen, hvilket gør deres arbejde evig. Oscha angreb ved at gøre arbejderne bygge maskinen fuldstændigt som er en kæmpe guld robot, der ligner Oscha. Gruppen kæmper, men kan ikke ødelægge det. Kaze kalder Odin at trænge igennem sin rustning og det er ødelagt. Oscha undslipper. Kaze forlader gruppen på egen hånd og Lu beslutter at forlade så godt med et tårevædet farvel til børnene.

Lisa, børnene og Chobi kommer til en by helt lavet af sten statuer, selv bygningerne. Yu mener han blev hans forældre og løber efter dem i et palæ. De finder et rum fuld af gigantiske chili kaldet døde peberfrugter. Chobi spiser dem og bliver rød og begynder at bevæge sig hurtigt. Gruppen skiller. Yu følger de to personer og er snart fanget af en vinstok plante. Ai falder ned en aksel. Lisa finder en lille blå dreng ved navn Sagi. Han spørger, hvorfor Lisa forlod ham alene. Lisa forstår ikke, men tager ham med hende. De er fanget dog så godt. Herba bringer dem sammen og viser dem, hendes Valnød der er en dimensional portal hele Wonderland for at finde stykker af Omega. Hun har planer om at fodre banden til hendes Hug Hugs. Men Kaze kommer gennem Valnød og stævning Atomos at suge op i hele palæ. Banden desperat hænger på og Ai har Poshipocket trække en død peber at fodre Chobi at redde dem. Sagi er intetsteds findes og børnene siger, at de aldrig sige drengen. Lisa ser en Sagiso blomst på jorden og husker den blomst, som hun har efterladt, da hun flyttede, da hun var barn.

Gruppen er angrebet af den samme svamp monster fra "Wonderland", men bliver reddet af en flok Chocobos. Chocoimo, Chocobaba lillesøster, er deres hyrde. Hun fortæller om Ciel Chocobo der var den hurtigste racer og kunne flyve. Chobi finder en lyserød Chocobo han er interesseret i og beslutter, med Yu overtalelse, at bo med besætningen. Lisa og børnene efterlader på metroen, men bliver angrebet af Omegas hår. Chobi ser statuen dedikeret til Ciel og stikker sin fod i det, der giver ham panser og evnen til at flyve. Han flyver ind og redder Yu fra den visse død. Kaze kommer og stævning Titan at vende håret til krystalform.

Svamp er skuffet, fordi alle de andre Lords, herunder Makenshi, har fundet et stykke af Omega. Oscha fortæller Svamp, at han kan finde et stykke af hans gamle verden og blive stærk igen. Gruppen sker for at ankomme i denne verden og Svamp bruger sine beføjelser til at gøre ham stor og kraftfuld. Lisas Kigen Arts er ingen match. Kaze kommer og bruger sin Magun at tilkalde Phoenix og Ixion, men de er ingen match for svampens regenerering beføjelser. I sidste ende, er Kaze besejret

Tvillingerne og Chobi opfanges af svamp og sendt på hans skib. Han har planer om at ofre dem til Jarlen. Makenshi kommer sammen for at advare Svamp om hans sikker undergang. Kaze og Makenshi spotte hinanden og kæmpe. Kaze kan ikke fyre den Magun. Makenshi hoverer at Kaze ikke kan fyre Magun forgodtbefindende længere. Svamp vokser igen, og binder Chobi og tvillingerne til hans kæmpe klub. Crux kommer sammen og bruger en sort mug på verden, dræbe svampen. Svamp beføjelser bliver ubrugelige. Kaze bruger Magun at tilkalde Meteor Master at ødelægge svamp til gode. Svamp respekterer Kaze i sidste ende og dør med ære.

Lisa, tvillingerne, og Chobi komme på metroen endnu en gang. Denne gang Omega hale kommer til at angribe dem, og uden Kaze, toget er ødelagt som Omega uddrager kernen i toget for sig selv. Fabula beslutter at gribe ind og sparer gruppen fra døden. De derefter finde toiletstol igen og lære, at de søger efter flyvende vand til magten Cid nye luftskib, Cynthia. De planlægger at bruge sin ubåd, Jane for at komme på den anden side af verden for at finde det i Teros.

Pist gives his plans to the Earl to put the submarine in his Ocean Floor Puzzle which will help give more energy to Chaos. Everyone boards the submarine and explores it. They find Kaze floating in the water and quickly save him. A monster attack the ship, but they use their "blow missles" to destroy it easily. Pist makes and appearance sucks them all into his Ocean Floor Puzzle.

Jane arrives on top of land, unmovable. A giant Japanese mermaid named Samosan gives them a challenge. Three of them shall try to answer her riddles. Each one they get wrong, they will be sent closer to Chaos. If they cannot solve a riddle, they shall be consumed by Chaos. The Commander, Miles, and Lisa go up in that order. She asks riddles that seem easy, but turn out to be only knowledeable to those that live in Wonderland. The Commander and Miles lose and are turned to water. Lisa tries, but misses the first two. She tries to stall by laughing and smiling to Samosan for the last answer, but Kaze tells her that it's all a lie. Lisa then challenges Samosan's quesitons saying that there are no answers. Samosan, knowing she lost, tries to destroy the cube they inhabit. With their doom inevitable, Lisa uses her life energy to summon a Kigen Dragon that saves the sub. However, she survives, but was knocked unconscious. Ai and Yu call her attack a Kigen Summon.

The Frog Hermit appears in front of Cid and turns him into a frog. He then begins sinking the sub into mud where is will eventually end up in Chaos. Frog cannot talk in frog form and cannot control the ship. He must find a way to change from frog to human again. He finds Fungo and believes his instincts will notice he's Cid, but instead he tries to eat him. Cid then is found by Yu and Chobi and is kept as a pet. Ai discovers him and flushes him down the toilet and out into the mud. Cid is sucked into another dimension with Chocobaba and Chocoimo who think he'll turn to a prince if they kiss him. It fails, but the idea may prosper. He heads back to the ship and tries to find Lisa to kiss him. However, she attacks him with her Kigen Arts. They then believe that Cid is an enemy sent by the Earl and search for him. Miles ends up finding Cid and takes him in. But she plans to eat him in a sandwhich. Cid takes the chance to kiss her and he returns to human. He gets them out of the jam and back on their way.

Shiroi Kumo's elder brother Akai Kiri (Madoushi) is reserected by Oscha. The main party lands in the clouds only to be attacked/paralyzed by Madoushi. Kumo appears and we learn Kiri was killed protecting his homeworld from Chaos and he wants to challenge his little brother for the title of the strongest between them. Kumo reluctantly battles his brother, smashing Kiri's sword (thanks to Kaze's help), which contains his very soul. Kiri then tells his brother to finish what he started then he disapears. Kaze and the others are set free and Kumo and Kaze are about to battle when Pist decides it would destroy the ocean puzzle and he transfers the main party and the comodeen to a new area, leaving Kumo standing looking out on the remains of his homeworld

Ai and Yu get into an argument and Ai is accidentally thrown from the sub. She meets up with a boy named Clear that wears flying water. He claims he cannot be touched or he could break them. Kaze comes along to protect them from monsters sent by Earl to capture Clear. Kaze says that Clear is dangerous, but Ai doesn't care. The monsters return and Kaze can't beat them because his Magun won't move. Clear tries to save Ai and she accidentally pulls his glove off. He destroys the entire cube as Kaze saves Ai and the ship barely escapes.

Jane lands up in Gaudium on top of one of their protective satellites. Chobi turns into his Ciel form and flies to the castle with Yu on top of him. Chobi runs off and Yu goes to find him. He meets up with the Earl who seems to befriend him. Yu discovers that his parents are actually working for the Earl and that they are the ones cooking his food and working on Chaos. Makenshi comes along. Kaze tries to use the Magun, but it won't move. Makenshi uses his mist dragon to release Jane from the grip of the satellites as Chobi saves Yu from the castle and flies them onboard Jane. Yu, however, is far from okay.

Jane arrives in a desert area. Ai accidentally pulls a Cactuar out of Poshipocket and they try to capture it. It proves too fast and dangerous with its needles for capture however. They chase it into the desert and find a whole mess of Cactuar. Fungo translates that their world was destroyed by an immense force and that they are stuck here. Soon, a giant tidal wave comes to destroy them all. Cid tries his machines to stop it, but it fails. Lisa uses her Kigen Summon to stop it, but it fails. Even, Kaze summons Bismark, but he cannot stop it. Eventually, the Cactuars join together to create a vortex that disperses the tidal wave. They appear unharmed and Jane heads out once again.

Jane now arrives in a very peaceful looking town. Soon, the adults of the group, excluding Kaze, begin to revert back to their childhoods and are overcome by their memories, making them useless. Ai and Yu explore a mansion and find Moogle who is dressed just like Kaze. It turns out that Moogle and Kaze were partners in their other world called Windaria. Moogles pom pom on his head keeps him from going back to his memories and it can also fix the Magun a little bit. They find out that a giant tower that houses the soul of an evil black mage is giving off the memory waves. They plan to destroy it to move on. As the reach it, Kaze chooses to fire the Magun, but it fails to move when Ai and Yu revert back to their memories. Kaze then begins to be affected by the waves, but Moogle snaps him out of it and uses his pom pom to fix Kaze's Magun. Kaze then summons a powered up form of Ixion called Ixion Zero that destroys the tower and everyone goes back to normal. Moogle joins the group.

Pist finally has perfected his ultimate weapon that will counter Kaze's Magun called Blue Elenium. Jane reaches Teros and the group meets Bumbol who weaves the clothes that Clear was wearing out of Flying Water. They also reunite with Lu who has a cape of Flying Water allowing her to fly. Cid sends out teams to retrieve the Flying Water when Pist attacks and begins to destroy them. Kaze uses his Magun to summon Phoenix, and with the help of Moogle, it becomes Giga Phoenix. However, Pist uses his Blue Elenium to take control of Giga Phoenix and has him destroy the field of Flying Water and attack the gang. However, Makenshi shows up and uses two Mist Dragons to destroy Giga Phoenix and sends Pist running. Everyone except Kaze and Moogle run for the sub to escape. Kaze intends of facing Makenshi to a final showdown.

As expected, Kaze's Magun fails once again and Makenshi summons two Mist Dragons to run Kaze through. However, Makenshi actually returns Kaze to the sub with everyone else and reveals that he's really a spy working against the Earl. He also reveals that Kaze has been helping the Earl without his knowing because every shot from the Magun actually feeds Chaos. Makenshi takes his leave, refusing the offer to join the Comodeen. Pist returns to his lair, licking his wounds. Makenshi finds him and plans to silence him for good. He turns Pist into Mist and uses him to destroy his Ocean Floor Puzzle, setting Jane free from its clutches. As things begin looking up, the Earl begins to take matters into his own hands as he confronts Jane himself. He turns into a giant red monster, Chaos, and destroys Jane. The fate of everyone becomes unknown.

The Earl now has everything that he needs to finally revive Omega, and things take a turn for the worst. It appears as though everyone has followed right along with his diabolical plan, it perhaps there is no way to stop him. However, self-sacrifice may be the key to finally ending his scheme for good.