Udbrud uden varsel at knuse roen i det japanske natteliv, en ildevarslende søjle af mørket nedstammer fra himlen. To frygtindgydende skabninger snart dukke op fra den mørke søjle, og fortsæt til udslette krigsskibe og kampfly, der kommer til at hilse deres ankomst, før man går videre til at gøre hinanden så godt. Watching transpiring begivenheder i forbløffelse er Mary og Joe Hayakawa, to forskere, der senere skulle gøre den første tur til verden uden for søjle, der snart ville komme til at blive kendt som Wonderland. En anden tur ville føre til deres mystiske forsvinden, og katalysatoren for vores nuværende eventyr at begynde.

Dobbeltpumperne Hayakawa børn, Ai og Yu, opsøge de skjulte undergrundsbanen, der fører til den mystificerende verden, der ligger ud over den mørke søjle, i håb om at finde, hvor deres forsvundne forældre. Vær med dem på deres rejse er en kvinde ved navn Lisa, som tvillingerne stødt på boarding den imponerende metro toget. Vil deres rejse til Wonderland på jagt efter deres forsvundne forældre bærer frugt? Og hvad med denne mystiske mand i den sorte kappe, wielding enorm magt, og tilkalde store væsner på sin ensomme søgen mod tyranni, der griber denne mærkelige nye land?

Redning tvillingerne og deres kammerat fra fare, manden klædt i den sorte kappe fortsætter sin søgen. Børnene navngive den mystiske rejsende Kaze, en hyldest til den vind, der ledsager ham på hans vej. Kaze s bedrifter, dog ikke undslippe vågent blik tyranniske Overlord der regerer dette land. Den stormfulde Earl tyran beordrer fjernelse af disse ubudne gæster fra omverdenen, indsatsledelse den klodsede Svamp, en af ​​de fire Lords of Gaudium, at deltage i dette besværlige spørgsmål.

I mellemtiden, tvillingerne er andre steder, travlt med at få at vide deres nye følgesvend Lisa bedre. Men, de er afbrudt ved fremkomsten af ​​den mærkelige Chocobo, de har døbt Mr. Birdy. Mr. Birdy fører de rejsende ind i en bizar skov, hvor de mødt af Chocobaba, der informerer dem om, at Mr. Birdy rigtige navn er Chobi. Desværre deres høfligheder igen forkortet med ankomsten af ​​svamp og hans håndlangere, men Kaze og hans Magun ankommer i knick tid til at afværge disse djævle.

Ridning den mystiske spøgelse tog til sin næste destination, Lisa og tvillingerne befinder sig i en mærkelig ny by fuld af livløse, apatiske mennesker. Som konstaterer, at alt synes at være lavet af frugt, Ai sætter sig ned til en bid af den nærmeste væg, men snart finder sig selv varmt på sporet af en tyv, der gør op med hende rygsæk. Jagten fortsætter i hele byen, men den snu tyv undslipper sin forfølger, og byens borgere er usympatiske til hendes situation. Fortvivlet over situationen, Ai ender møde Fabula, der giver hende den mærkelige Poshepocket som lidt af en trøst gave.

Earl Tyran, i mellemtiden, er ikke tilfreds med resultaterne af svamp 'tidligere kamp med Magun-svingende Kaze, og bestiller en anden af ​​hans håndlangere, Herba, at gå og lege med manden i sort vind. Ankommer med sine håndlangere, bruger hun sin håndlanger at pine byen, og bringer Yu, Chobi, og Lisa ind i et grineflip med sine sporer. Men med Kaze formidable arsenal og Ai nye Poshepocket på scenen, frikvarter for Herba viser sig at være en smule mere, end hun kan håndtere.

acing desperat at fange spøgelset tog før afgår til den næste destination, Lisa og tvillingerne ender ser hjælpeløst til, mens deres transportform efterlader dem bag. Strandede, med ingen idé om, hvornår toget vender måske tilbage, skæbne synes at gribe ind, når tyven fra tidligere vises, og fører de strandede rejsende til den hemmelige base af Comodeen - en væbnet modstand organisation træning at befri Eventyrland fra Earl Tyrant styre. Det er her, at gruppen bliver introduceret til Slyngel, lederen af ​​Comodeen sammen med Miles, og den talentfulde opfinder Cid.

Mens Ai får en ny garderobe, høflighed af Miles, Cid er optaget forundres over fantastiske våben Kaze sport. Efter at have lært af deres knibe, Cid indvilliger i at hjælpe Lisa og børnene indhente Ghost Train, men deres lykke er kortvarig, da Earl Tyrant vrede sænker sig over Comodeen basen. Selv som den ødelæggende angreb på Comodeen raser omkring dem, ud af tågen vises frygtindgydende mand, der Kaze har ledt efter. Makenshi eller White Cloud, som han er kendt for at Kaze, betragtes som hans ærkefjende, hvis frygtindgydende Mist Indkaldelse kan stå op til magten af ​​Kaze s Magun.

Banden får på metroen med Kaze denne gang. De finder en mystisk pige ved navn Lu ombord. Hendes verden blev ødelagt af et monster ved navn Omega. De udforsker toget og finde sin kerne. Pludselig Omegas klo angreb. Omega blev brudt i stykker og spredt gennem Eventyrland. Lu får et spejl fra Poshipocket og forvandler sig til en varulv, der kan affyre Super Sonic bjælker. Hun kæmper Omega men kastes fra toget. Kaze indkalder Ifrit at ødelægge klo og returnere det til krystalform. Lu returneres af Kaze og de alle fortsætte.

Nu gruppen kommer til en fabrik hvor alle arbejdere arbejder konstant. De opbygger dele, og derefter tage dem ned igen, hvilket gør deres arbejde evig. Oscha angreb ved at gøre arbejderne bygge maskinen fuldstændigt som er en kæmpe guld robot, der ligner Oscha. Gruppen kæmper, men kan ikke ødelægge det. Kaze kalder Odin at trænge igennem sin rustning og det er ødelagt. Oscha undslipper. Kaze forlader gruppen på egen hånd og Lu beslutter at forlade så godt med et tårevædet farvel til børnene.

Svamp er skuffet, fordi alle de andre Lords, herunder Makenshi, har fundet et stykke af Omega. Oscha fortæller Svamp, at han kan finde et stykke af hans gamle verden og blive stærk igen. Gruppen sker for at ankomme i denne verden og Svamp bruger sine beføjelser til at gøre ham stor og kraftfuld. Lisas Kigen Arts er ingen match. Kaze kommer og bruger sin Magun at tilkalde Phoenix og Ixion, men de er ingen match for svampens regenerering beføjelser. I sidste ende, er Kaze besejret

Tvillingerne og Chobi opfanges af svamp og sendt på hans skib. Han har planer om at ofre dem til Jarlen. Makenshi kommer sammen for at advare Svamp om hans sikker undergang. Kaze og Makenshi spotte hinanden og kæmpe. Kaze kan ikke fyre den Magun. Makenshi hoverer at Kaze ikke kan fyre Magun forgodtbefindende længere. Svamp vokser igen, og binder Chobi og tvillingerne til hans kæmpe klub. Crux kommer sammen og bruger en sort mug på verden, dræbe svampen. Svamp beføjelser bliver ubrugelige. Kaze bruger Magun at tilkalde Meteor Master at ødelægge svamp til gode. Svamp respekterer Kaze i sidste ende og dør med ære.

Lisa, tvillingerne, og Chobi komme på metroen endnu en gang. Denne gang Omega hale kommer til at angribe dem, og uden Kaze, toget er ødelagt som Omega uddrager kernen i toget for sig selv. Fabula beslutter at gribe ind og sparer gruppen fra døden. De derefter finde toiletstol igen og lære, at de søger efter flyvende vand til magten Cid nye luftskib, Cynthia. De planlægger at bruge sin ubåd, Jane for at komme på den anden side af verden for at finde det i Teros.

Jane arrives on top of land, unmovable. A giant Japanese mermaid named Samosan gives them a challenge. Three of them shall try to answer her riddles. Each one they get wrong, they will be sent closer to Chaos. If they cannot solve a riddle, they shall be consumed by Chaos. The Commander, Miles, and Lisa go up in that order. She asks riddles that seem easy, but turn out to be only knowledeable to those that live in Wonderland. The Commander and Miles lose and are turned to water. Lisa tries, but misses the first two. She tries to stall by laughing and smiling to Samosan for the last answer, but Kaze tells her that it's all a lie. Lisa then challenges Samosan's quesitons saying that there are no answers. Samosan, knowing she lost, tries to destroy the cube they inhabit. With their doom inevitable, Lisa uses her life energy to summon a Kigen Dragon that saves the sub. However, she survives, but was knocked unconscious. Ai and Yu call her attack a Kigen Summon.

Ai and Yu get into an argument and Ai is accidentally thrown from the sub. She meets up with a boy named Clear that wears flying water. He claims he cannot be touched or he could break them. Kaze comes along to protect them from monsters sent by Earl to capture Clear. Kaze says that Clear is dangerous, but Ai doesn't care. The monsters return and Kaze can't beat them because his Magun won't move. Clear tries to save Ai and she accidentally pulls his glove off. He destroys the entire cube as Kaze saves Ai and the ship barely escapes.

Jane lands up in Gaudium on top of one of their protective satellites. Chobi turns into his Ciel form and flies to the castle with Yu on top of him. Chobi runs off and Yu goes to find him. He meets up with the Earl who seems to befriend him. Yu discovers that his parents are actually working for the Earl and that they are the ones cooking his food and working on Chaos. Makenshi comes along. Kaze tries to use the Magun, but it won't move. Makenshi uses his mist dragon to release Jane from the grip of the satellites as Chobi saves Yu from the castle and flies them onboard Jane. Yu, however, is far from okay.

Pist finally has perfected his ultimate weapon that will counter Kaze's Magun called Blue Elenium. Jane reaches Teros and the group meets Bumbol who weaves the clothes that Clear was wearing out of Flying Water. They also reunite with Lu who has a cape of Flying Water allowing her to fly. Cid sends out teams to retrieve the Flying Water when Pist attacks and begins to destroy them. Kaze uses his Magun to summon Phoenix, and with the help of Moogle, it becomes Giga Phoenix. However, Pist uses his Blue Elenium to take control of Giga Phoenix and has him destroy the field of Flying Water and attack the gang. However, Makenshi shows up and uses two Mist Dragons to destroy Giga Phoenix and sends Pist running. Everyone except Kaze and Moogle run for the sub to escape. Kaze intends of facing Makenshi to a final showdown.

As expected, Kaze's Magun fails once again and Makenshi summons two Mist Dragons to run Kaze through. However, Makenshi actually returns Kaze to the sub with everyone else and reveals that he's really a spy working against the Earl. He also reveals that Kaze has been helping the Earl without his knowing because every shot from the Magun actually feeds Chaos. Makenshi takes his leave, refusing the offer to join the Comodeen. Pist returns to his lair, licking his wounds. Makenshi finds him and plans to silence him for good. He turns Pist into Mist and uses him to destroy his Ocean Floor Puzzle, setting Jane free from its clutches. As things begin looking up, the Earl begins to take matters into his own hands as he confronts Jane himself. He turns into a giant red monster, Chaos, and destroys Jane. The fate of everyone becomes unknown.

The Earl now has everything that he needs to finally revive Omega, and things take a turn for the worst. It appears as though everyone has followed right along with his diabolical plan, it perhaps there is no way to stop him. However, self-sacrifice may be the key to finally ending his scheme for good.