Vijf jaar nadat hun ouders hulp zijn gaan zoeken, vinden Taylor en Hayley een trainings-Jaeger, maar deze lokt al snel een Kaiju naar hun dorp.

Als Atlas Destroyer geen energie meer heeft, gaan Taylor en Hayley in een nabijgelegen verwoeste stad op zoek naar krachtcellen. Daar doen ze schokkende ontdekkingen.

Te voet bereiken Taylor, Hayley en Jongen een rondtrekkende nederzetting die in lichaamsdelen van Kaiju handelt. De schimmige leider probeert achter hun geheim te komen.

Als een Kaiju snel nadert, dwingt Shane Taylor om Atlas Destroyer samen met Mei te besturen en zo in veiligheid te komen, maar Taylor wil het gevecht aangaan.

Taylor wil Atlas Destroyer weer in handen krijgen en Hayley en Jongen redden met een riskante manoeuvre, 'geestbesturing'. Joel en Mei maken een dodelijke keuze.

Het mysterie rond het verleden van Jongen wordt groter als Taylor en Hayley hem tussen dode Kaiju en vernietigde Jaegers vinden, samen met het verantwoordelijke wezen.