Cinque anni dopo che i genitori sono partiti in cerca d'aiuto, i fratelli Taylor e Hayley trovano uno Jaeger d'addestramento che presto attira un Kaiju al loro villaggio.

Quando Atlas Destroyer rimane a secco, Taylor e Hayley cercano batterie in una città vicina devastata e finiscono per fare alcune scoperte sorprendenti.

Nel loro cammino, Taylor, Hayley e Boy trovano un accampamento mobile che traffica parti del corpo di Kaiju, il cui losco comandante vuole scoprire il loro segreto.

Mentre un Kaiju si avvicina rapidamente, Shane obbliga Taylor a fare da copilota a Mei con Atlas Destroyer per allontanare un pericolo... ma Taylor vuole affrontarlo.

Per recuperare Atlas Destroyer e salvare Hayley e Boy, Taylor tenta una manovra rischiosa conosciuta come "pilota fantasma". Joel e Mei prendono una decisione fatale.

Il mistero del passato di Boy s'infittisce quando Taylor e Hayley lo trovano tra Kaiju morti e Jaeger distrutti... insieme alla creatura responsabile.