Anne babalarının yardım bulmaya gitmesinden beş yıl sonra, Taylor ve Hayley adlı iki kardeş bir eğitim Jaeger'ı bulur, ancak çok geçmeden bir Kaiju'yu köylerine çekerler.

Atlas Destroyer'ın enerjisi bitince Taylor ve Hayley akü bulmak için yakındaki yıkık dökük bir kente gider ve birtakım şaşırtıcı keşifler yapar.

Yaya kalan Taylor, Hayley ve çocuk, Kaiju parçaları kaçakçılığı yapan mobil bir yerleşime rastlar. Bu yerin şaibeli lideri, onların sırrını ortaya çıkarmanın peşindedir.

Taylor, Atlas Destroyer'ı geri alıp Hayley ile çocuğu kurtarmak için "hayalet pilotluk" olarak bilinen riskli bir manevra dener. Joel ve Mei ölümcül bir seçim yapar.

Taylor ve Hayley çocuğu ölü Kaiju'ların ve parçalanmış Jaeger'ların arasında, bunlardan sorumlu yaratığın yanında bulunca çocuğun geçmişinin ardındaki gizem derinleşir.

Taylor ve Hayley bir yardım sinyaline yanıt verirken ebeveynlerinin terk edilmiş Jaeger'ını bulur ve köylerine saldıran Kaiju ile yüzleşir.