乾隆二年，苗人作亂，八皇爺率兵平定亂局。翡翠為逃避清兵追殺，縱身入河，獲李金桂所救；八皇爺尋至，竟免金桂與翡翠一死。翡翠誕下女兒，將半塊玉珮送予金桂後，匆匆而去。八皇爺回朝覆命，告訴乾隆遇見金桂與陳家洛，乾隆答應親自前往接親娘回宮。韓冲勸阻乾隆，卻未果，只好派沈玉妍往勸金桂離開，以免影響乾隆的皇位；金桂深明大義，跟乾隆重逢後，自殺而亡。八皇爺見狀欲行刺乾隆，卻被韓冲擊斃。乾隆拾得翡翠的半塊玉珮。

乾隆御駕親征喀什噶爾回族，奪得可蘭經凱旋而歸。乾隆被刺客行刺，力敵眾賊。顧春霖對刺客嚴刑迫供後，混入紅花會集會，卻被識破，更遭文燕來刺盲。春霖為免家人受到牽連，進殿懇求告老還鄉，乾隆恩准。乾隆深知朝中已被紅花會的勢力滲透，決化名高天賜微服往江南查探，並只帶雷總管一人隨行。乾隆初遇賣唱的空空兒，卻被她盜走腰間的半塊玉珮。紅花會老總舵主逝世，眾當家推舉韓天仇繼任總舵主；方世玉感不服，欲挑戰天仇的武功。

韓天仇與方世玉比武，世玉見勢不對竟亮出暗刃，卻被文燕來打傷，世玉終承認落敗。天仇斥燕來放走顧春霖，着其斬草除根。空空兒發現乾隆的半塊玉珮與自己的半塊玉珮實屬一對，遂假裝賣身葬父接近乾隆，乾隆見她可憐送上銀両，卻無意帶走她；空空兒窮追不捨，說服乾隆讓她隨行。乾隆驚見春霖一家慘遭燕來毒手，雙方打鬥間，燕來手下紛紛中暗器而亡，燕來則放軟被擒，乾隆驚訝。乾隆命雷總管押燕來回京處置，並寫信引薦韓年福入官場。

神秘人夜襲文燕來，燕來自言有愧於他，但為成就紅花會大業，才迫不得已做出此事，神秘人聞言卻轉身而去。乾隆見周逸清因偷書被捕，竟出錢替其解圍，二人因而結緣。陳總兵之子恃權妄為，欲趕走客棧食客，乾隆看不過眼，出手教訓陳公子。方世玉識英雄重英雄，誠邀乾隆到府上暫避，更明言自己是紅花會的人。乾隆獲世玉引見韓天仇，天仇暗中試探乾隆等人，一度懷疑他們是官府奸細，欲殺之，後見捕頭前來追捕乾隆，因而消除疑慮。

回族長老哈達與公主馬香蕾到訪靈隱山莊，跟紅花會結盟抗清；哈達更表明奪回可蘭經之人，可娶香蕾為妻。乾隆與韓天仇均被香蕾的美貌所吸引。陳公子傷重不治，陳總兵怒不可遏，領重兵包圍靈隱山莊。陳總兵使計擒獲苗翠花，迫天仇在限時內交出乾隆，乾隆聞言指出與杭州巡府是知交，可修書求他派兵相助。方世玉冒險送信，得空空兒暗中護送。巡撫斬殺陳總兵，替乾隆解圍。空空兒、周逸清無意中發現乾隆玉璽，大驚，向乾隆跪地請罪……

周逸清跪求成為乾隆的乾兒子，獲乾隆答允。劉鏞為隱藏文燕來的消息，將他秘密囚禁在枯井。雷總管向劉鏞引見韓年福，劉鏞答應讓他暫留府上，再作安排。方世玉帶空空兒出外遊玩，坦言一早察覺她是女兒家。乾隆邀馬香蕾月下泛舟，惟香蕾慨嘆要為族人取回可蘭經，只好拒之。乾隆向香蕾辭行，香蕾甚感不捨。韓天仇接報指可蘭經正由京城運往雲南大理寺，遂親自出馬奪回經書；哈達卻發現經書是假的。原來真的可蘭經已暗中送到乾隆手上……

乾隆假裝被官兵打傷，獲韓天仇救回靈隱山莊。乾隆向哈達送上可蘭經，卻將功勞歸於天仇。天仇深知乾隆亦對香蕾傾心，卻不解他為何讓出迎娶香蕾的機會。天仇為試探乾隆，要他刺殺雷總管，乾隆只得藉詞拖延。白眉道人假意邀乾隆等人外出飲酒，讓乾隆碰上雷總管；乾隆迫不得已出手，卻又假裝事敗，天仇與白眉更添疑心。空空兒為替乾隆解憂，將實情告訴雷總管，雷總管決定留書自刎。天仇收到雷總管首級，終消除疑慮，招攬乾隆為五當家。

韓天仇命乾隆往搶奪朝廷與洋人的槍械交易。劉心蘭獲韓年福解開心病，劉鏞決將心蘭許配予他。劉鏞接旨殺死文燕來，年福聞言自薦執刑。一輪虐打後，燕來被年福掉進海中，卻又獲紅花會的人暗中相救。馬香蕾不願嫁給天仇，求乾隆帶她遠走，惟乾隆因有苦衷未能答允，香蕾傷心而去。白眉道人寫請帖邀紅花會成員出席天仇與香蕾的婚事，空空兒秘密抄寫出紅花會名冊後，奉命轉交劉鏞手上。劉鏞信任年福，將乾隆潛伏紅花會及名冊一事相告……

文燕來闖入劉鏞府第奪走紅花會名冊，被官兵圍捕，韓年福見勢不妙，佯裝上前追捕，好讓燕來逃脫；劉心蘭在旁看出端倪，事後拆穿年福的身份，卻承諾會為他保守秘密。空空兒追上燕來，把他打下懸崖。紅花會舉行祭祖儀式，乾隆瞥見祭壇上供奉了李金桂的靈位。乾隆與天仇把酒談天，問及靈位之事，竟得悉天仇便是弟弟陳家洛。香蕾再次求乾隆帶她遠走，卻未果。燕來重傷獲救，將乾隆潛伏紅花會及名冊一事告訴苗翠花，適時燕來中鏢而亡。

苗翠花當眾跟乾隆對質，卻被乾隆巧妙辯之，翠花只好着方世玉帶同文燕來的屍首離開紅花會。翠花向世玉道出其身世，世玉始知燕來是自己親父，立誓要手刃殺父仇人。朝廷大軍殺入靈隱山莊，天仇與白眉道人被重重包圍，天仇為白眉掩護，繼而被生擒。擊破紅花會後，乾隆論功行賞，周逸清索要官職；空空兒卻只求回復自由身。乾隆緬懷兒時與天仇之間的樂事，惟天仇始終認定娘親被乾隆迫死，誓不罷休；乾隆不忍對付天仇，命人放走他。

乾隆對身懷龍胎的皇后關懷備至。乾隆按照紅花會名冊將朝中叛賊一網打盡，唯獨未能查出單翼蜻蜓的真正身份。劉鏞誇獎韓年福，乾隆決封年福為顧命大臣。馬香蕾瞥見乾隆就是當今皇帝，憤然摑他一巴掌，更堅拒接受乾隆。皇后聞得乾隆為香蕾憂心忡忡，竟為香蕾親自下廚，香蕾深被打動，終願意進食。乾隆為討好香蕾，欲在宮中興建回教寺，又派劉鏞出使回族結盟。韓天仇意志消沉，欲自殺，白眉道人及時阻止，並指可借助回族力量捲土重來。

太后斥乾隆興建回教寺有失國體，惟乾隆一意孤行。空空兒訛稱被乾隆拋棄，方世玉與苗翠花好心收留她。周逸清喜歡亞菊，藉故親近她。韓天仇、白眉道人說服哈爾族長與其合作抗清；此時劉鏞攜可蘭經來至，提出兩族議和，並邀哈爾參加乾隆與馬香蕾的婚禮。哈爾召集族人商討後，決贊成議和方案。天仇聞言感灰心，悄悄而去。空空兒遇見白眉，求他勿苦苦相逼，卻未果，幸得世玉、翠花維護，讓白眉失望而去。世玉得翠花首肯，與空空兒訂婚。

馬香蕾得悉乾隆為她興建了回教寺，以及邀得兄長哈爾族長出席她與乾隆的婚禮，終展露歡顏。大婚之日，白眉道人現身行刺乾隆，卻未能得手，落荒而逃。方世玉與空空兒在山上遊玩，意外發現身受重傷的白眉，空空兒以德報怨，用毒蛇吸走其體內劇毒，救他一命，白眉大感意外。周逸清撞見亞菊與亞牛約會，傷心不已。乾隆帶同皇后欣賞香蕾的舞藝後，乾隆應香蕾所求到湖邊泛舟；此時皇后卻不慎摔倒，眾人大驚。太后聞言怪罪香蕾。

韓天仇在酒樓碰見惡漢調戲李鳳姐，出手解圍。韓年福召集紅花會會眾，宣稱天仇與白眉道人已雙雙去世，遂公開自己單翼蜻蜓的身份，並自薦繼任新舵主；此時白眉現身對質，年福自責錯信情報，自刺一劍贖罪。皇后產下畸胎，太醫猜測可能因早前宮中動土觸怒神明所致。皇后為免此事外泄，竟將房內的人全部殺光；及後太后前來了解，即命人秘密處理畸胎及屍體，並宣稱太子已經夭折。太后告訴乾隆畸胎真相，欲賜死香蕾，乾隆力保香蕾性命……

周逸清登門向亞菊提親，亞菊父母貪錢，答應勸服亞菊。亞菊與亞牛相約私奔，王伯暗中利誘亞牛一走了之。乾隆得悉法師虐待馬香蕾，趕往制止，並將法師處斬；太后憤然跟乾隆對質，兩母子不歡而散。白眉道人得空空兒悉心照料，大受感動，決與她結為義父女。白眉更提議讓方世玉、空空兒立刻成親，苗翠花允之。此時官兵突襲，空空兒迫不得已使出飛刀，為眾人解圍。翠花認出飛刀是殺死文燕來的凶器，要世玉殺死空空兒，惟世玉不忍下手……

周逸清與亞菊舉行婚禮，卻見亞菊寧死不嫁，逸清明白愛情無可勉強。乾隆為替親娘李金桂另起山墳，決意微服出巡。劉鏞擔心乾隆安危，着韓年福暗中調派人手護駕。劉心蘭指紅花會已蕩然無存，勸年福此行全心護駕，惟年福卻執意要報雍正當年殺害其父年羹堯的仇。惡霸在酒樓調戲李鳳姐，乾隆出手教訓惡霸後，匆匆而去。韓天仇在鳳姐口中聞得此事，懷疑乾隆微服而至，欲往報仇。乾隆因被控傷人而被帶到衙門，適時年福現身為乾隆擺平事件。

縣官為討好乾隆，藉故將李鳳姐帶來。乾隆單刀直入向鳳姐求婚，更自揭是當今皇帝，鳳姐又驚又喜。乾隆與鳳姐共度一宵後，着鳳姐先回家，待他辦事後，會前往迎接她。方世玉遍尋空空兒未果，愁眉不展。空空兒失意酒醉被人搶劫，獲乾隆所救，大感窩心，決一心一意服侍乾隆。韓天仇欲伏擊乾隆，被空空兒察覺，幸得白眉道人相救。乾隆得悉空空兒與世玉的事，設計幫助她。皇后假裝染上怪病，太后認定是馬香蕾暗中下蠱，後更搜出邪門公仔。

馬香蕾被太后判處絞刑，劉鏞推說要顧全大體，必須暗中在宮外處死香蕾。劉鏞押香蕾到府上，下令把她推入水井。方世玉離家出走，尋找空空兒下落。乾隆登上恆山觀賞日出，韓天仇、白眉道人暗設炸藥，卻被流浪狗弄破好事，未能引爆炸藥。黑衣人向乾隆投擲飛鏢，空空兒接住飛鏢後隨即還擊，卻誤中副車，擊中世玉。空空兒為世玉醫治毒傷，卻未料木桶早早被人施毒，忽見世玉一命嗚呼，空空兒自責害死世玉。乾隆接獲密函，驚悉香蕾出事……

空空兒道出當年先母翡翠獲李金桂所救，她為了報恩，一直守護在乾隆身邊。空空兒推著方世玉的屍首回去找苗翠花，更欲隨世玉殉情，卻被翠花阻止，並指要查出毒害世玉的真兇。韓年福密會韓天仇，竟騙說乾隆欲對馬香蕾不利，藉此挑撥天仇的恨意。乾隆祭母後，起程回京。天仇為行刺乾隆，不惜自損聲帶，惟最終仍事敗被擒。李鳳姐苦等乾隆未果，鬱結成病。乾隆回京後，喜悉劉鏞原來偷偷將香蕾收藏在井裡，乾隆繼而帶香蕾入宮求太后寬恕。

皇后甚表懊悔，向乾隆、馬香蕾道出陷害香蕾的緣由。香蕾自責令宮廷不得安寧，懇求乾隆允許她回鄉，乾隆忍痛答應。李龍擊鼓求見乾隆，卻被官差重打；乾隆聞訊，記起當日曾許諾接李鳳姐入宮。乾隆釋放韓天仇，並着他帶香蕾離開，二人終於和解。天仇發現香蕾被殺，即被韓年福當場逮獲；乾隆欲處死天仇，劉鏞卻指案中疑點重重。周逸清奉命接鳳姐入宮，鳳姐見李龍因她被打至殘廢，竟拒絕入宮。天仇決意退隱江湖，將紅花會交託白眉道人。

（大結局）劉心蘭不願得失劉鏞與韓年福任何一人，竟留下「無頭蟋蟀纏草根」七字後，自尋短見。年福自覺有負心蘭，對出下聯「單翼蜻蜓摧花蕾」，自揭是年羹堯之子後，自轟腦門斃命。乾隆尋得韓天仇，並說出馬香蕾是被單翼蜻蜓所殺；此時白眉道人現身承認是單翼蜻蜓，卻堅稱乾隆才是殺死香蕾的真兇。天仇設計試探二人，白眉作賊心虛，露出馬腳。乾隆與天仇合二人之力，仍不敵白眉，此時空空兒趕至，揭穿白眉是十四皇叔，並將其擊斃。