「この世界」を救うため、白銀武は再び「元の世界」へ行き、香月夕呼からオルタネイティヴⅣの鍵となる 数式の回収を果たす。そして「この世界」へと戻ってきた翌日、第207B分隊に招集がかかる 。そこで告げられたのは、第２０７衛士訓練小隊の解散――それは、武たちが訓練兵から正規兵になったことを意味していた。

念願の正規兵となった第207小隊は、白銀武が考案し、自分たちで育てた新型OS・XM3の有用性を実証するためのトライアルに参加する。歴戦の衛士たちを相手に、XM3の性能を十分に見せつける武たち。その最中、演習場にBETAが出現。BETAとの戦いに逸った武は突撃するが、返り討ちにあい、己の無力さを痛感する。

白銀武が変えようとした未来は、神宮司まりもの死という形で歴史を紡いだ。己が変えようとした未来の結果に絶望した武は「元の世界」へ逃げ場を求める。元の世界で生きているまりもに安堵する武。しかし、因果導体となった武の存在は元の世界にまで影響を及ぼすことになるのだった。

白銀武を基点に「元の世界」が歪み始める。因果によって生じた歪みは武の周りの人々を侵蝕し、武をさらに苦しめることとなる。

逃げ出したことで世界を跨いで振り撒かれた災いを全て無かったことにするには、「向こうの世界」に戻って白銀武を因果導体にした原因を取り除かなくてはならない。武と夕呼は白陵大学の原子力研究施設に転送装置を運び込む。武は再び「向こうの世界」へ飛び立てるだろうのか…？

完成した00ユニットは鑑純夏の姿をしていた。白銀武は一週間後に控えた運用評価試験に向けて、純夏の調律を命じられる。BETAへの憎悪以外の感情が欠落してしまっている純夏だったが…

2001年12月23日。佐渡島ハイヴの制圧を目的とした大規模作戦「甲21号作戦」が発令された。作戦成功のカギを握るのは、戦略航空機動要塞『凄乃皇・弐型』とそれに搭乗する00ユニット。そして彼女を護衛する特殊任務部隊A-01・伊隅ヴァルキリーズ。本格的な反攻作戦を前に、緊張を隠せない白銀武たちは……。

2001年12月25日。「甲21号作戦」の火蓋が切られた。帝国と国連を中心とした連合軍は上陸を開始。だが異星起源種に占拠された佐渡島の守りは固い。状況を打開すべく、白銀武たち伊隅ヴァルキリーズは凄乃皇・弐型によるハイヴ攻撃のため、狙撃開始ポイントの制圧に向かう。

戦闘は続いていた。爆炎が瞬く度に異星起源種が、あるいは人類がその動きを永遠に止めた。そして伊隅ヴァルキリーズに護衛された凄乃皇・弐型の荷電粒子砲が火を噴く。その輝きは地表構造物を吹き飛ばし、人類に確かな未来を予感させるものだった。凄乃皇・弐型の圧倒的な火力を前に、誰もが作戦の成功を確信したが……。

システムエラーを起こした00ユニットの回収へ向かった白銀武と伊隅みちる。武は仲間の援護を受けながら鑑純夏を回収、ひとり残った伊隅は凄乃皇・弐型の再起動を試みる。しかし、そこへ殲滅したはずのBETAの大軍が現れて……。

00ユニットを回収した白銀武は仲間たちの援護を受け、佐渡島からの脱出を成功させた。だが、擱座した凄乃皇・弐型に残った伊隅みちるは人類とオルタネイティヴⅣを守るため、最後の手段を選ぶこととなった。わずかに残された時間の中、伊隅みちるは仲間たちに自らの想いを語り始めた。

多くの犠牲を払ったが「甲21号作戦」は一応の成功を収め、帝国からBETAは一掃された。しかし、人類が勝利の美酒に酔える日は、まだ遥か彼方。白銀武の目指した未来へ、第一歩を踏み出したばかりにすぎない。BETAに完全勝利するその日まで、人類の戦いは続く……。