1998年9月15日。駒木咲代子は日本帝国軍佐渡基地の戦術機部隊に着任する。僚機となる草野に基地を案内される中、この地に生きる人々の暮らしぶりを垣間見、国民に道を示せていないと嘆く…。そして、大規模なBETA群が佐渡島に迫るー

2001年10月22日。白銀武は目覚めると自分の部屋にいた。家を出ると見覚えのある廃墟と荒野が広がっていた。”あの日”に戻ったことを確信した武はある人物の元へ向かう。今度こそ人類を救うために――

2001年10月24日。再び訓練兵となった白銀武は、その体に刻まれた記憶を活かし、自分を知らぬ、かつての友の成長を促した。しかし、そのあまりに遅い歩みは、武の胸を焼く焦りを消すことはできなかった。何かを変えなければ世界は変わらない。白銀武は己の記憶を探り、香月夕呼に予言した。その日、多くの人々が命を落とす――

2001年11月24日。総合戦闘技術評価演習を優秀な成績でクリアした白銀武たちは、いよいよ戦術機操縦訓練へと移った。初めてのシミュレータで前人未到のスコアを叩き出す武。高く評価された武たちには訓練用の戦術機が充てがわれることとなった。そして訪れた格納庫で武は、この国で唯ひとつ―将軍専用の戦術機を目撃するのだった。

2001年11月28日。珠瀬壬姫の父親・珠瀬国連事務次官が横浜基地を訪れた。しかし、滅多に会えぬ父を喜ばせるため、壬姫は小さな嘘をしたためた手紙を送ってしまっていた。自己嫌悪に苛まれる壬姫を救うため、白銀武の極秘計画が発動する。

2001年12月1日。白銀武の「元の世界の自分に聞け」との言葉から着想を得た香月夕呼は、オルタネイティヴⅣの鍵を握る数式を回収するために武を元の世界に戻す実験を行う。実験には武が社霞と同じ部屋で暮らすことも含まれていて―

元の世界に戻った白銀武は鑑純夏と再会し、「元の世界」へ帰るために「この世界」を救う未来を勝ち取る決意を固める。2001年12月4日。民間人の居住が許されない危険地域への帰還を強行した元住民の救出作戦を帝国軍が実施したとの報道を見た武は、また時間を短縮できたと喜ぶ。そんな武に冥夜は、この国は力無き者に負担を強いていると怒りを露にするのだった。

2001年12月5日。帝都でクーデターが発生。千鶴の父・榊是親首相（※）を初め閣僚数名が沙霧尚哉大尉率いるクーデター部隊によって暗殺された。武たち207B分隊にも実戦想定の出撃待機命令が下る。出撃を前に慧は、自分に送られてきていた手紙は沙霧大尉からのものであることを武に告げる。

神宮司教官を隊長として臨時編成された武たち第207小隊は、後方警備任務として箱根の塔ヶ島離城に配置された。離城には冥夜と容姿が瓜二つの政威大将軍・煌武院悠陽が戦場となった帝都から脱出してきていた。第207小隊は悠陽を横浜基地へ送り届ける作戦を開始する。

追う者、追われる者――時間と共に狭まっていく包囲網。繰り返される加減速は煌武院悠陽の肉体を蝕んでいく。この難局を突破するためには窒息の危険を伴う薬剤を彼女に射たねばならない。白銀武は将軍という立場に課せられた重責を知り、逡巡するのだった。

束の間の停戦―仲間たちの想いを白銀武は訴える。そして立脚点の異なる者たちの因縁を聞き遂げた煌武院悠陽は、自らの手で忠臣たちを誅すると決意した。だが、その御前に御剣冥夜が現れる。幼き頃に分かたれた姉妹の運命が再び交錯し、戦場は新たな展開を模索する。

１発の砲弾がすべてを破壊した。平和を求める願いも虚しく戦場は再び炎に包まれる。斬る者、斬られる者―同胞たちの争いは、ひとつの結末を迎えた。流された血に見合う何かはあったのだろうか。

「この世界」を救うため、白銀武は再び「元の世界」へ行き、香月夕呼からオルタネイティヴⅣの鍵となる 数式の回収を果たす。そして「この世界」へと戻ってきた翌日、第207B分隊に招集がかかる 。そこで告げられたのは、第２０７衛士訓練小隊の解散――それは、武たちが訓練兵から正規兵になったことを意味していた。

念願の正規兵となった第207小隊は、白銀武が考案し、自分たちで育てた新型OS・XM3の有用性を実証するためのトライアルに参加する。歴戦の衛士たちを相手に、XM3の性能を十分に見せつける武たち。その最中、演習場にBETAが出現。BETAとの戦いに逸った武は突撃するが、返り討ちにあい、己の無力さを痛感する。

白銀武が変えようとした未来は、神宮司まりもの死という形で歴史を紡いだ。己が変えようとした未来の結果に絶望した武は「元の世界」へ逃げ場を求める。元の世界で生きているまりもに安堵する武。しかし、因果導体となった武の存在は元の世界にまで影響を及ぼすことになるのだった。

白銀武を基点に「元の世界」が歪み始める。因果によって生じた歪みは武の周りの人々を侵蝕し、武をさらに苦しめることとなる。

逃げ出したことで世界を跨いで振り撒かれた災いを全て無かったことにするには、「向こうの世界」に戻って白銀武を因果導体にした原因を取り除かなくてはならない。武と夕呼は白陵大学の原子力研究施設に転送装置を運び込む。武は再び「向こうの世界」へ飛び立てるだろうのか…？

完成した00ユニットは鑑純夏の姿をしていた。白銀武は一週間後に控えた運用評価試験に向けて、純夏の調律を命じられる。BETAへの憎悪以外の感情が欠落してしまっている純夏だったが…

2001年12月23日。佐渡島ハイヴの制圧を目的とした大規模作戦「甲21号作戦」が発令された。作戦成功のカギを握るのは、戦略航空機動要塞『凄乃皇・弐型』とそれに搭乗する00ユニット。そして彼女を護衛する特殊任務部隊A-01・伊隅ヴァルキリーズ。本格的な反攻作戦を前に、緊張を隠せない白銀武たちは……。

2001年12月25日。「甲21号作戦」の火蓋が切られた。帝国と国連を中心とした連合軍は上陸を開始。だが異星起源種に占拠された佐渡島の守りは固い。状況を打開すべく、白銀武たち伊隅ヴァルキリーズは凄乃皇・弐型によるハイヴ攻撃のため、狙撃開始ポイントの制圧に向かう。

戦闘は続いていた。爆炎が瞬く度に異星起源種が、あるいは人類がその動きを永遠に止めた。そして伊隅ヴァルキリーズに護衛された凄乃皇・弐型の荷電粒子砲が火を噴く。その輝きは地表構造物を吹き飛ばし、人類に確かな未来を予感させるものだった。凄乃皇・弐型の圧倒的な火力を前に、誰もが作戦の成功を確信したが……。

システムエラーを起こした00ユニットの回収へ向かった白銀武と伊隅みちる。武は仲間の援護を受けながら鑑純夏を回収、ひとり残った伊隅は凄乃皇・弐型の再起動を試みる。しかし、そこへ殲滅したはずのBETAの大軍が現れて……。

00ユニットを回収した白銀武は仲間たちの援護を受け、佐渡島からの脱出を成功させた。だが、擱座した凄乃皇・弐型に残った伊隅みちるは人類とオルタネイティヴⅣを守るため、最後の手段を選ぶこととなった。わずかに残された時間の中、伊隅みちるは仲間たちに自らの想いを語り始めた。

多くの犠牲を払ったが「甲21号作戦」は一応の成功を収め、帝国からBETAは一掃された。しかし、人類が勝利の美酒に酔える日は、まだ遥か彼方。白銀武の目指した未来へ、第一歩を踏み出したばかりにすぎない。BETAに完全勝利するその日まで、人類の戦いは続く……。