“シャドーハウス”――そこには多くの“シャドー”とその世話係である“生き人形”たちが暮らしていた。“シャドー”一族の少女・ケイトのもとに一人の“生き人形”がやってくる。最初はぎこちなかった二人だったが一緒に過ごすうちに距離が近づく。そしてケイトは“生き人形”に“エミリコ”と名付けた。

ケイトに仕えることも慣れた頃、エミリコは他の“生き人形”たち同様に屋敷内の掃除をすることになった。ローズマリーの班に配属され、ミア、ルウと共に掃除に勤しむ。さらにミアが仕えるシャドー・サラにも出会うが、主のケイトよりも先に話すエミリコは「失敗作」と言われてしまう。

シャドーハウス”のことを学ぶ『授業』に参加したエミリコ。屋敷内をローズマリーに案内してもらいながら、『お披露目』のことを聞こうとするが、「生き人形はシャドー家に対して忠誠以外の心を持ってはいけない」と詳細は教えてもらえなかった。その時、掃除用具の間に“こびりつき”が現れて…。

先日の騒動の原因について“星つき”の“生き人形”・バービーによる取り調べが行われた。その中で一方的に犯人扱いされたラム。バービーに口答えをしたエミリコとショーンはラムと共に原因を究明することになり、深夜に屋敷内の見回りを始める。三人は果たして原因をつきとめることが出来るのか…？

ケイト、ジョン、ルイーズ、パトリック、シャーリーとそれぞれの“生き人形”たち5組は、それぞれの想いや決意を胸に『お披露目』に挑む。『おじい様と共にある棟』に住む特別な“生き人形”・エドワードの主導でいよいよ『お披露目』が開始――！

合格への道を模索しながら『お披露目』に挑む5組。生き人形たちは、すす時計が落ち切る約2時間以内に、庭園に広がる迷路のどこかにいる主人を見つけ出し共に出口にたどり着くようにと試験官のエドワードから指示を受ける。時に協力しながら主人を探すエミリコ達。一方、ケイトは『お披露目』が何者かに監視されていることに気づき…。

手渡された地図や道具を頼りに囚われた主人の元に急ぐ“生き人形”ごにん。しかし、庭園には様々な仕掛けが施されておりその行く手を阻む。ごにんはそれぞれの主人と再会し時間内に出口にたどり着き、無事『お披露目』に合格することが出来るのか…

主人と再会する“生き人形”も出始める中、エミリコに勇気づけられたラムは互いに合格してまた会うことを誓い、主人の元へ向かうのであった。全員が順調に合格に近づいている展開は『お披露目』で、誰かを落とさなければならないエドワードにとっては想定外であるにもかかわらず、彼は動揺もせずピアノを弾き悦に浸るのであった。

各々の状況が刻一刻と変化しながら『お披露目』は終幕に近づいていく。エミリコがたどり着いた先に居たのは鳥籠型の檻に囚われたケイトだった。すすに反応して段々と外れる鳥籠を支える鎖。下には棘だらけの木が待ち受けている。エミリコはケイトを助けられるのだろうか…

持ち前の気転と丈夫さを活かしてなんとかケイトを助け出したエミリコ。再会の喜びに浸る間もなく、すす時計は『お披露目』時間が残りわずかだということを示していた。果たしてふたりは時間内に出口までたどり着き『お披露目』に合格することはできるのか、……そして、明らかになるシャドー家の目的とは一体…？

お披露目会場で”特別な珈琲”を飲み、シャドー家への忠誠心で満たされるエミリコ。その様子にショックを受けるケイトはエミリコの部屋にあった考えないノートをもとに洗脳を和らげることに成功する。そして、ケイトは横たわるエミリコの手に自分の手を重ね、ふたりだけの秘密の話を打ち明けるのだった。

何者かに連れ去られたエミリコ。ケイトはジョン達と相談し犯人に目星をつけ、おじい様と共にある棟へ侵入し助け出すことを決める。お披露目を乗り越えた皆に協力してもらい、ケイトは栄光の廊下へと足を踏み出すのであった。

エミリコの元にたどり着いたケイトだが、すべてはエドワードの思惑通りに事が運んでいた。捕らえられたふたりはこのまま朝になれば、反乱分子としての処分は免れられない。絶望とも思える状況の中、怪しく動く”影”がふたつ……果たしてふたりはエドワードの手から逃れることが出来るのか――！？

エドワードがエミリコを攫った事件からしばらくしたある日。夜中に星つきに呼び出された生き人形たちは、バービーからローブをまとった怪しい影が大広間に現れたという話を聞かされる。真っ先にバービーから疑われたエミリコは経緯をケイトに話すことに。

バービーから体調を心配されながらも、星つきとしての役目を果たそうとするバーバラ。しかしこどもたちの棟で次々と起こる騒ぎに頭を悩ませ、”前のリーダー”であれば何か違ったかもしれないと考えていた。一方ケイトからもらった手紙を部屋で読んでいたジョンはなぜかショックを受けていて……？

館の秘密に迫るため、星つきを目指すことを決めたケイトたちは、情報収集をするべく行動を始める。しかしその矢先、生き人形たちが”喜びの会”のため大広間に集まっていると大量のこびりつきに襲われ、二度目の”亡霊騒ぎ”が起きてしまう。

亡霊の発生源はすす管であると突き止めた星つきたち。バーバラはひとまずこどもたちの棟の混乱を鎮めるため、”珈琲”を割った双子のベルにすす管清掃の罰を与える。しかし、事件の真犯人をつかみきれずにいた星つきたちはケイトに疑いの目を向ける。

思いがけず研究班の研究の間（ラボラトリー）に迷い込んだケイトたち。研究班の班員にもみくちゃにされながら、ケイトたちはローブ様の正体を掴むべく、犯人のヒントを探る。

ケイトたちが同期会を決行している裏で、エミリコとショーンは屋根の上で自身の出自を語り合う。満天の星空の下、それぞれに思いを馳せた夜は静かに過ぎていくかのように思われたが……。

それぞれに調査を開始する同期たち。ルイーズとルウはすす能力の調査を進めるため、星つきの居住棟へ向かう。一方、パトリックも館の同期関係を調べるために行動するが、一つの”疑問”を持ち始める。

ケイトたちはそれぞれが得た情報を共有するため、パトリックの部屋で同期会を開くことに。亡霊騒ぎの犯人とローブ様の正体を絞り込んでいくが、エミリコがあることに気が付く。

遂にローブ様の正体がマリ―ローズであることを突き止めたケイトたち。亡霊騒ぎを起こした彼女の真意を追求する中で、マリ―ローズの口から語られたのは館の残酷な秘密だった。

大量のこびりつきと亡霊を操るマリ―ローズに敵わず、館から逃げ出したケイトとジョン。巧みな作戦により徐々に追いつめられる彼女たちだったが、逆転の秘策を思いつく。

ケイトたちによって捕らえられたマリ―ローズとローズマリーは星つきに引き渡される。マリ―ローズがバーバラと言葉を交わすと、果たせなかった約束の悔恨とともに物語は秘められた過去の記憶へと流れ出す。

マリ―ローズとローズマリーが”栄光の廊下”から飛び降り、最悪の形で亡霊騒ぎは終結する。館が緩やかに日常に戻ろうとする中、ケイトとエミリコの疑心は大きくなり確固たる決意が生まれる。