14살의 소녀 오오토 아이는 늦은 밤 산책하던 도중 이상한 목소리에 이끌려 정체를 알 수 없는 '에그'를 손에 넣는다. 에그를 어떻게 처리할지 몰랐던 아이는 다음날 어제 그 장소에 다시 한번 찾아가기 위해 현관문을 열자, 문밖은 어째서인지 어느 학교의 교정과 연결되어 있었다. 이상한 분위기가 감도는 학교에 당황해 화장실로 도망쳐 들어온 아이는, 알 수 없는 목소리에 재촉당해 드디어 '에그'를 깨게 되는데.

아카와 우라아카의 목소리에 이끌려 도착한 지하 정원에서 아이는 대량의 에그를 구입한 소녀 아오누마 네이루와 만난다. 같은 처지에 있는 상대에게 아이는 흥미가 가득했지만 네이루는 그런 아이에게서 거리를 둔다. 또다시 혼자서 에그의 세계에 들어간 아이는, 그곳에서 레오타드 차림의 소녀 스즈하라 미나미와 마주하게 된다. 싸움에 임하는 아이에게 아카와 우라아카는 '원더 킬러를 쓰러뜨려라'라고 말하는데.

평소랑 다를 거 없이 지하 정원에서 에그를 사서 집으로 돌아가는 아이의 앞에 돌연 나타난 소녀 카와이 리카. 아이와 다를 거 없이 에그의 세계에서 싸우는 리카는 처음 만난 아이에게 돈을 빌려달라고 하거나, 집에 찾아오거나 하는 등 아이의 일상을 마구 휘저어놓는다. 누구에게나 스스럼없이 구는 리카를 네이루는 미덥지 않게 보지만, 아이의 집에서 머무르게 된 리카는 자신의 이야기를 꺼내는데.

리카가 전선에서 이탈해 미코와 마코를 지키면서 적과 싸워야 하는 상황에 처한 아이. 훨씬 불리해진 전황에 아이가 힘겨워하자 미코와 마코는 그들만의 방법으로 아이를 돕는다. 한편으로 또 다른 에그의 세계에선 사와키 모모에가 아이 일행처럼 싸우고 있었다. 모모에의 늠름한 모습에 에그 세계의 여자아이들이 연심을 품는 가운데, 이러한 소녀들의 감정은 모모에에게 과거에 있었던 어떤 사건을 떠오르게 했는데.

에그를 계기로 만나 우정을 다지게 된 아이, 네이루, 리카, 모모에 4인방. 매일같이 싸움에 임하는 4명 가운데서도 네이루는 남들보다 많은 싸움에 몸을 던져, 갖가지 생각을 가지고 있는 소녀들과 만나왔다. 세상만사를 냉정하게, 그리고 논리적으로 받아들여 버리는 바람에 네이루는 그녀들의 생각을 잘 이해하지 못하고 있었다. 어느 날, 네이루는 리카, 모모에와 함께 아이의 집에 놀러 오게 되는데.

싸움에 점점 익숙해져 가는 주인공 일행의 앞에, 본체만체의 일부가 갑자기 '안티'가 되어 나타났다. 안티들이 노리는 것은 에그 안의 소녀들이 아니라 아이를 포함한 주인공 일행들. 새로운 적의 출현에 고전하는 주인공 일행에게 아카와 우라아카는 어떤 '보조 아이템'을 나눠준다. 에그 세계에서의 싸움이 점점 변화해가는 가운데, 현실 세계에서 아이의 엄마인 타에가 꺼낸 어떤 제안은 아이의 마음을 크게 뒤흔들어놓는데.

리카의 생일 축하를 위해서 아이 일행이 모였다. 약간 늦게 도착한 리카가 '내 푸념을 들어줘야겠어'라며 꺼낸 것은, 자신의 아빠라고 추정되는 5명의 남자들의 사진이었다. 엄마인 치아키와 나눴던 '중학생이 되면 아빠와 만나게 해주겠다' 라는 약속이 이뤄지지 못하고, 아빠에 대한 그리움과 엄마에 대한 원망이 커져가는 가운데 리카는 욕지거리를 했다. 그런 태도를 좋게 타일러보려 했던 네이루와 모모에는 리카와 충돌하게 되는데.

'어라, 새로운 손님인가...?"여기까지 왔다는 건, 너에게도 되찾고 싶은 게 있어서겠지."그런 거라면 이 에그를 깨면 돼.' '여기까지 찾아온 너에게는 서비스로 하나 줄게."원더 에그가 뭐냐고?"그건 깨고 나서의 즐거움으로 남겨두지.' '망설일 거 없어. 너는 그냥 에그를 깨면 되는 거야.'용기가 나질 않는다면, 우리 단골손님 4명의 이야기를 들려줄게.' '다 듣고 나서 결정해도 돼. 에그를 가지고 돌아갈지 말지를 말이야.'

어느 날, 회사에 살고 있는 네이루에게 아이 일행이 놀러 왔다. 네이루는 그녀들에게 아와노 코토부키라 하는 소녀를 소개했다. 그녀는 어느 실험을 한 이후로 영원히 잠든 상태였다. 그런 그녀의 상태를 네이루는 받아들이기 어려워하고 있었지만, 네이루는 에그에서 코토부키가 나타나자 깜짝 놀라고 말았다. 코토부키가 네이루에게 남긴 최후의 부탁을 둘러싸고 넷의 의견은 엇갈리기 시작했는데.

아카와 우라아카가 네이루의 비서와 있는 현장을 목격한 리카는 그 셋의 관계에 대해서 추궁해댔다. 그렇게 그들의 어느 비밀이 밝혀지고, 거기에 더해 모모에로부터 '남자로부터 고백받아서 데이트했다'라는 연락이 왔다. 갑자기 날아 들어온 연애담에 아이 일행은 흥분 상태에 빠졌지만, 어째서인가 모모에는 왜인지 들뜬 모습이 아니었다. 그런 일상의 뒷면에서는 에그 세계에서의 싸움이 한층 더 격렬해지고 있었는데.

모모에의 앞에 갑자기 나타나 패닉의 목숨을 앗아간 이형의 존재 '하이픈'. 에그 세계의 이변은 리카에게까지 찾아왔다. 한편, 모모에와 리카에게 일어난 상황을 모른 채 아이는 지하 정원에 있는 저택에 발을 들였다. 산더미처럼 쌓인 자료들이 가득한 저택 안에서 아이는 우라아카와 만나게 되고, 재팬 플래티의 창시자이자 한때 과학자였다고 하는 우라아카는 한 옛날얘기를 들려주는데.

패닉과 만넨에게 일어난 비극을 전해 들은 아이는, 에그 세계에서 안티와 싸울 때도 레온을 꺼내지 않은 채로 응전하려 했다. 아이는 그렇게 에그를 깨보지조차 못한 채 열세에 몰렸다. 그 모습을 모니터로 지켜보고 있던 아카는 아이 대신 레온을 불러내고, 미션 수행이 최우선이라고 상기시켰다. 아이는 갈등한 끝에 에그를 깼지만, 에그로부터 나타난 사람과 원더 킬러는 전혀 예상치 못한 인물들이었는데.