Manusjes-van-alles Yun en Haberu onderzoeken geluiden die uit een leegstaand herenhuis komen. Ze vinden de bron in de buurt. Mei hoort hetzelfde deuntje.

Yun, Goro en hun robot Jet Jaguar stuiten op een Rodan, een vijandige pterosauriërachtige kaiju. Mei reist naar Tokio om een wereldberoemde onderzoeker te ontmoeten.

Een legioen van Rodans zwermt naar Nigashio. De crew van de Otaki-fabriek probeert ze weg te lokken uit de stad, maar wordt al snel omsingeld.

Yun en Haberu concluderen dat de inval van Rodans mogelijk met Misakioku te maken heeft. Mei woont Li's lezing in Dubai bij. De professor onthult nieuw materiaal.

In een wolk van rode stof komt Salunga tevoorschijn uit de diepten van het Upala-onderzoeksstation. Ondertussen merkt Yun een buitengewone gave op bij Anguirus.

Mei ontdekt een mysterieuze code in het onderzoek van professor Ashihara. De Otaki-crew valt Anguirus aan als onderdeel van de vernietigingspogingen van de stad.

Na een groep Manda's komt er een reusachtige kaiju in Tokio aan land. De vlucht van Mei en professor Li richting Londen moet door rode stof afwijken naar Milaan.

Grondtroepen onder bevel van Matsubara reageren op Godzilla's aanval op Tokio. Mei is nu in Londen en probeert Ashihara's onderzoek te ontcijferen.

Godzilla nadert Tokio en bedekt de stad met rode stof. De Otaki-crew haast zich om iemand te redden die in de val is gelokt door een spinachtige kaiju.

In het landhuis van Ashihara proberen Yun en Haberu met behulp van Jet Jaguar het onderzoek van de professor te ontcijferen. Lina neemt Mei in India mee naar BB.

BB biedt Mei een blik op het Singuliere punt voordat ze naar de Superdimensie-calculator gaan. De Otaki-crew vertrekt naar Tokio om Godzilla te verslaan.

Mei ontdekt dat Ashihara's calculator lang geleden een grote explosie heeft veroorzaakt. Kanoko geeft Matsubara de Orthogonale diagonaliseur als wapen tegen Godzilla.

Mei, BB en Pelops II proberen de catastrofe te voorkomen, maar Salunga lokt ze in een hinderlaag. De Otaki-crew valt ondertussen Godzilla een laatste keer aan.