Yun, Goro en hun robot Jet Jaguar stuiten op een Rodan, een vijandige pterosauriërachtige kaiju. Mei reist naar Tokio om een wereldberoemde onderzoeker te ontmoeten.

Een legioen van Rodans zwermt naar Nigashio. De crew van de Otaki-fabriek probeert ze weg te lokken uit de stad, maar wordt al snel omsingeld.

Yun en Haberu concluderen dat de inval van Rodans mogelijk met Misakioku te maken heeft. Mei woont Li's lezing in Dubai bij. De professor onthult nieuw materiaal.

In een wolk van rode stof komt Salunga tevoorschijn uit de diepten van het Upala-onderzoeksstation. Ondertussen merkt Yun een buitengewone gave op bij Anguirus.

Mei ontdekt een mysterieuze code in het onderzoek van professor Ashihara. De Otaki-crew valt Anguirus aan als onderdeel van de vernietigingspogingen van de stad.

BB biedt Mei een blik op het Singuliere punt voordat ze naar de Superdimensie-calculator gaan. De Otaki-crew vertrekt naar Tokio om Godzilla te verslaan.

Mei, BB en Pelops II proberen de catastrofe te voorkomen, maar Salunga lokt ze in een hinderlaag. De Otaki-crew valt ondertussen Godzilla een laatste keer aan.