例行的警戒飛行演變為激烈的戰鬥，宮國引以為傲的最強小組——暴風組陷入困境。阿姆利亞和奈比利爾寄希望於傳說的紋章——翠玉紋章，然而繪製的失敗引發了巨大的爆炸……慘痛的經歷過後，暴風組的狀況猶如一盤散沙。為了重整編織，補充人員里莫奈和阿艾爾分別來到了母艦上。面對來襲的敵人，阿艾爾的反應是……？

阿艾爾使用模擬機完成了驚豔的出擊，暴風組的西貝拉們反應不一。奈比利爾為了收拾心情決定陪艾里到“泉”進行成人儀式，而對“黃金西貝拉”十分好奇的阿艾爾則執意要成為奈比利爾的搭檔……從“泉”中走出的艾里為何哭泣，飛向青空的奈比利爾又在追求什麼呢？

新晉暴風組的西貝拉摩里娜斯是個對simoun感興趣的另類人士，機庫因為她的到來而變得十分熱鬧，而新的一天就這樣在阿艾爾的隔窗遠眺中開始了……為了振奮休整中暴風組的士氣，帕拉耶特決定下午3時在練習池裡面進行紋章練習……練習因奈比利爾這個“主心骨”的到來而變得有條理，而戰場的硝煙真的遠離暴風組了麼？

因悠閒而略覺焦躁的阿艾爾開始在小組裡面挑選適合自己的搭檔。某個夜晚，阿艾爾為了向里莫奈證明實力,兩人私自駕駛SIMOUN出擊，殊不知敵人的埋伏已經悄悄逼近...她們所見證的，是悲哀的現實還是絕望的祈願呢？

雖然恢復了白天任務，但暴風組已經失去了以往的狀態。秘密部隊-右手組的唯一倖存者多米努拉被指派到暴風組，希望由里莫奈入手設法恢復暴風組的實力。阿艾爾告訴迷惘中的里莫奈，只要“自己決定”就可以了……雪域荒原中的“銀之紋章”，是天空中最美麗的麼？

消沉的奈比利爾，緊追不捨的阿艾爾，以及因此而迷惘的帕拉耶特……嘗試性的交談以失敗告終，帕拉耶特痛苦著，就在這時，凱姆出現在她面前……果然，衝破那層心理屏障的任務只能交給阿艾爾了麼？

由於組內的衝突，暴風小隊陷入了將被解散的困境，而眾人各異的想法也一時間摩擦起來。安格拉斯為何不肯叫自己的名字？為何要劫持凱姆？為何要甘願葬身於火海中呢？——“阿艾爾”，那是獻給神的，至高的愛……

保護了奧克斯普利姆，暴風組成員們的心連結在了一起。而暴風小組的解散與否被搬上了議程，奈比利爾隻身前往議院接受審判團的審判。另一方面，剩下的隊員們開始為逝去的同伴們進行祈禱……閃耀於雲巔的“鋼鐵紋章”再次將少女們集合起來……

逃過解散危機的暴風小組，因為奧克斯普利姆修理的緣故，被"暫時"調度到中古戰艦梅希斯上面。設備的陳舊、鼠患的嚴重著實讓西貝拉們手忙腳亂了一陣，不過阿艾爾和瑪密娜倒是十分適應。敵襲在即，羅德雷亞蒙和瑪密娜交談的結果是……？

瑪密娜更好地融入了集體之中，同時為了執行前線任務，梅希斯和宮國的陸軍匯合了。軍人,西貝拉,被"不恰當"地安排在了一起。然而，弗羅耶與一位同乘兵士之間卻萌發了感情…為了保護中計的陸軍，天空中閃耀著紋章的光芒，然而那究竟是天使的祈禱、還是惡魔的詛咒呢？

多米努拉提案讓阿爾緹和凱姆組隊，然而兩人之間卻發生了齟齬，那一晚究竟發生了什麼呢？……失控的simoun將少女引導至敵人的空中基地，凱姆和阿爾緹姐妹間的心結究竟能否解開呢？

西貝拉在梅希斯上的生活逐漸變得平淡而溫馨，但阿艾爾“來畫翠玉紋章”的提議打破了這一氛圍。被失敗陰影籠罩著的奈比利爾陷入了傷痛的回憶中，然而面對阿艾爾主動的攻勢，她的反應是……？難道，我在渴求著阿艾爾麼……？

梅希斯上的生活表面如常，然而，敵國的結盟卻迫使多米努拉急著要揭開SIMOUN的秘密，她暗中要求華波里夫解體SIMOUN……在"侮辱神明"和"探求真理"之間，華波里夫迷惑了...而在那螺旋的盡頭，多米努拉看到的又是什麼呢？

在多米努拉失態、奈比利爾低落的狀況下，帕拉耶特的指導方式過於強硬，而暴風組的凝聚力也變得散亂。當多米努拉重新振作之後，西貝拉們已經陷入了十分危險的境地，而在這期間，多米努拉和里莫奈之間又發生了什麼呢？

數量眾多的敵機使梅希斯陷入險境，對奈比利爾的擔心使得帕拉耶特方寸大亂……在這生死存亡的關頭，天空中被勾畫的，是翠玉紋章……而來自云端的暗影又是什麼呢？

回到奧克斯普利姆上面的暴風組因多米努拉和里莫奈的失踪而情緒低落，緊接著卻被指派到遺跡裡面執行任務。然而，在那天空中飛翔的難道也是simoun麼？在那遺蹟的深處，為何有第二個“泉”存在，為什麼明明已經死去的人卻……

宮國官員為死亡的嶺國巫女舉行了葬禮，但是阿艾爾和瑪密娜卻被排除在外。回顧近來發生的種種，奈比利爾對阿艾爾的過去產生了興趣，瑪密娜和羅德雷亞蒙也更加親密，帕拉耶特則因為自責而陷入了迷惘……新的一天到來，暴風組去執行艱鉅的任務，被留下來的阿艾爾和詠恩會……？

被拆散的simoun小隊準備向礁國的空中基地發動總攻擊，偵查途中，奈比利爾的simoun不幸中彈，落入敵方陣地中，決意保護她的瑪密娜會……“阿艾爾”，那是對將逝者最後的祝福……

失去了暴風組的重要一員，西貝拉們陷入了深深地痛苦中，詠恩從奧林西亞手中接過的，是瑪密娜靈魂寄宿的地方。另一方面，司兵官則強硬地為暴風小組補足成員以保持戰力。夜幕降臨的天空中被勾畫的——是對真正西貝拉的祝福和緬懷……

宮守大人突然要求阿艾爾和奈比利爾一同打開通向新天地的門……而在另一個時空中做出決斷的是……與此同時，宮國的境況卻是越來越危急……

就在聯合軍的侵襲越來越猛烈，宮國正在忙於招架的時候，一份"和平條約"出台了，彷彿最後通牒的進攻，以及暴風組的出擊，戰鬥的結局會怎麼樣呢？

在母艦內，礁國士兵和嶺國巫女對西貝拉的態度截然不同。隻身來到泉的詠恩想做什麼，宮守急切要求進行翠玉紋章意味著什麼，奈比利爾和阿艾爾之間又能否解開心結呢？

西貝拉們被強制命令要到“泉”選擇性別了，在最後的幾天裡，眾人都抱著各自的想法……

在“泉”迎接少女們的是……而奈比利爾和阿艾爾則因為沒有去泉而受到了宮國和領國的禁錮。在監牢裡，患難中，兩人下定了決心....

戰爭結束了，而故事還在繼續，在世界不同的角落，乃至在不同的時空中……“永遠的少女”，那是一個，美麗的夢……