例行的警戒飞行演变为激烈的战斗，宫国引以为傲的最强小组——暴风组陷入困境。阿姆利亚和奈比利尔寄希望于传说的纹章——翠玉纹章，然而绘制的失败引发了巨 大的爆炸……惨痛的经历过后，暴风组的状况犹如一盘散沙。为了重整编织，补充人员里莫奈和阿艾尔分别来到了母舰上。面对来袭的敌人，阿艾尔的反应是……？

阿艾尔使用模拟机完成了惊艳的出击，暴风组的西贝拉们反应不一。奈比利尔为了收拾心情决定陪艾里到“泉”进行成人仪式，而对“黄金西贝拉”十分好奇的阿艾尔则执意要成为奈比利尔的搭档……从“泉”中走出的艾里为何哭泣，飞向青空的奈比利尔又在追求什么呢？

新晋暴风组的西贝拉摩里娜斯是个对simoun感兴趣的另类人士，机库因为她的到来而变得十分热闹，而新的一天就这样在阿艾尔的隔窗远眺中开始了……为了振奋休整 中暴风组的士气，帕拉耶特决定下午3时在练习池里面进行纹章练习……练习因奈比利尔这个“主心骨”的到来而变得有条理，而战场的硝烟真的远离暴风组了么？

因悠闲而略觉焦躁的阿艾尔开始在小组里面挑选适合自己的搭档。某个夜晚，阿艾尔为了向里莫奈证明实力,两人私自驾驶SIMOUN出击，殊不知敌人的埋伏已经悄悄逼近...她 们所见证的，是悲哀的现实还是绝望的祈愿呢？

虽然恢复了白天任务，但暴风组已经失去了以往的状态。秘密部队-右手组的唯一幸存者多米努拉被指派到暴风组，希望由里莫奈入手设法恢复暴风组的实力。阿艾尔告诉迷惘中的里莫奈，只要“自己决定”就可以了……雪域荒原中的“银之纹章”，是天空中最美丽的么？

消沉的奈比利尔，紧追不舍的阿艾尔，以及因此而迷惘的帕拉耶特……尝试性的交谈以失败告终，帕拉耶特痛苦着，就在这时，凯姆出现在她面前……果然，冲破那层心理屏障的任务只能交给阿艾尔了么？

暴风组为了在仪式上勾画纹章而练习，然而状态并不良好。最后两名西贝拉到来，暴风组恢复了六机编织。奈比利尔被指定与玛密娜搭档，然而奈比利尔依旧迷惘着。过于急切的玛密娜与阿艾尔起了冲突，到底是什么原因让她如此执着呢？

由于组内的冲突，暴风小队陷入了将被解散的困境，而众人各异的想法也一时间摩擦起来。安格拉斯为何不肯叫自己的名字？为何要劫持凯姆？为何要甘愿葬身于火海中呢？——“阿艾尔”，那是献给神的，至高的爱……

保护了奥克斯普利姆，暴风组成员们的心连结在了一起。而暴风小组的解散与否被搬上了议程，奈比利尔只身前往议院接受审判团的审判。另一方面，剩下的队员们开始为逝去的同伴们进行祈祷……闪耀于云巅的“钢铁纹章”再次将少女们集合起来……

逃过解散危机的暴风小组，因为奥克斯普利姆修理的缘故，被"暂时"调度到中古战舰梅希斯上面。设备的陈旧、鼠患的严重着实让西贝拉们手忙脚乱了一阵，不过阿艾尔和玛密娜倒是十分适应。敌袭在即，罗德雷亚蒙和玛密娜交谈的结果是……？

玛密娜更好地融入了集体之中，同时为了执行前线任务，梅希斯和宫国的陆军汇合了。军人,西贝拉,被"不恰当"地安排在了一起。然而，弗罗耶与一位同乘兵士之间却萌发了感情…为了保护中计的陆军，天空中闪耀着纹章的光芒，然而那究竟是天使的祈祷、还是恶魔的诅咒呢？

多米努拉提案让阿尔缇和凯姆组队，然而两人之间却发生了龃龉，那一晚究竟发生了什么呢？……失控的simoun将少女引导至敌人的空中基地，凯姆和阿尔缇姐妹间的心结究竟能否解开呢？

西贝拉在梅希斯上的生活逐渐变得平淡而温馨，但阿艾尔“来画翠玉纹章”的提议打破了这一氛围。被失败阴影笼罩着的奈比利尔陷入了伤痛的回忆中，然而面对阿艾尔主动的攻势，她的反应是……？难道，我在渴求着阿艾尔么……？

梅希斯上的生活表面如常，然而，敌国的结盟却迫使多米努拉急着要揭开SIMOUN的秘密，她暗中要求华波里夫解体SIMOUN……在"侮辱神明"和"探求真理"之间，华波里夫迷惑了...而在那螺旋的尽头，多米努拉看到的又是什么呢？

在多米努拉失态、奈比利尔低落的状况下，帕拉耶特的指导方式过于强硬，而暴风组的凝聚力也变得散乱。当多米努拉重新振作之后，西贝拉们已经陷入了十分危险的境地，而在这期间，多米努拉和里莫奈之间又发生了什么呢？

回到奥克斯普利姆上面的暴风组因多米努拉和里莫奈的失踪而情绪低落，紧接着却被指派到遗迹里面执行任务。然而，在那天空中飞翔的难道也是simoun么？在那遗迹的深处，为何有第二个“泉”存在，为什么明明已经死去的人却……

宫国官员为死亡的岭国巫女举行了葬礼，但是阿艾尔和玛密娜却被排除在外。回顾近来发生的种种，奈比利尔对阿艾尔的过去产生了兴趣，玛密娜和罗德雷亚蒙也更加亲密，帕拉耶特则因为自责而陷入了迷惘……新的一天到来，暴风组去执行艰巨的任务，被留下来的阿艾尔和咏恩会……？

被拆散的simoun小队准备向礁国的空中基地发动总攻击，侦查途中，奈比利尔的simoun不幸中弹，落入敌方阵地中，决意保护她的玛密娜会……“阿艾尔”，那是对将逝者最后的祝福……

失去了暴风组的重要一员，西贝拉们陷入了深深地痛苦中，咏恩从奥林西亚手中接过的，是玛密娜灵魂寄宿的地方。另一方面，司兵官则强硬地为暴风小组补足成员以保持战力。夜幕降临的天空中被勾画的——是对真正西贝拉的祝福和缅怀……

宫守大人突然要求阿艾尔和奈比利尔一同打开通向新天地的门……而在另一个时空中做出决断的是……与此同时，宫国的境况却是越来越危急……

就在联合军的侵袭越来越猛烈，宫国正在忙于招架的时候，一份"和平条约"出台了，仿佛最后通牒的进攻，以及暴风组的出击，战斗的结局会怎么样呢？

在母舰内，礁国士兵和岭国巫女对西贝拉的态度截然不同。只身来到泉的咏恩想做什么，宫守急切要求进行翠玉纹章意味着什么，奈比利尔和阿艾尔之间又能否解开心结呢？

西贝拉们被强制命令要到“泉”选择性别了，在最后的几天里，众人都抱着各自的想法……

在“泉”迎接少女们的是……而奈比利尔和阿艾尔则因为没有去泉而受到了宫国和领国的禁锢。在监牢里，患难中，两人下定了决心....

战争结束了，而故事还在继续，在世界不同的角落，乃至在不同的时空中……“永远的少女”，那是一个，美丽的梦……