ドームシティ「ロムド」の極秘研究施設から長年眠り続けていた異形の怪人が突如目覚め、逃亡するという事件が起こった。若き情報局職員リル・メイヤーは、コギト・ウィルスに感染したオートレイヴの事件の捜査途中、逃亡した怪人に遭遇する。

怪人に遭遇した事を説明するリル。だが、謎の怪人はリルの見た幻として処理され、誰一人信じようとしない。傷つけられたプライドの回復と己の探究心を満たす為、リルは独自に捜査を開始する。

自分の保護観察下にある移民の男と怪人との接点を見つけるリル。その男との接触を試みようとするリルだったが、男は別の事件の容疑者として追われて街から姿を消した後だった。

ロムド側の追撃を振り切り、遂にコミューンからの脱出に成功したビンセントたちは、一路ビンスの故郷モスコ・ドームを目指し極寒の大地を突き進む。だが人に過酷すぎる環境が次々に生き残った人の命を奪っていく。

人々から「楽園」と呼ばれ完全管理統制されたロムドのシステムに綻びが生じ始めていた。それに気づきシステムの改善を主張するラウルとデダルス。互いの思惑を胸に秘めた対話が繰り広げられる。しかし、ドノブ執国はまったく聞き入れず、意見を退ける。

旅を続けるビンセント一行は休息の為、奥深い森の中へその身を隠す。ピノは、ビンセントに頼まれた手伝いを嫌がり、森の奥へと探検に出かけてしまう。そこで花を摘んでいる一人の少女に出会うピノ。だが彼女は、ピノに気づくとすぐに森の中へと消え去ったのだった。

花の少女の後を追いかけ、森の奥深くへと分け入り洞窟を発見するピノ。薄暗い洞窟の中を進むピノの目前に現れたのは、少女と並んで座る謎の巨漢。その頃、ピノの行方を捜していたビンセントの背後に近づく影。旅の行く手を阻むそれぞれの出会いが見えない運命を繋ぐ。

ある無人のドームへ補給の為に立ち寄ったビンス一行。ドーム内探索中のリルの前に美しい緑に覆われた庭園が姿を現す。歩みを進め中央にある泉を眺めるリル。だが彼女を見つめる視線にリルはまったく気づいていなかった。